| 查看: 11400 | 回复: 60 | ||||
| 【奖励】 本帖被评价47次，作者xuxm03增加金币 37.2 个 | ||||
[资源]
分子对接软件Ledock基础教程
|
||||
|
Ledock是最近开发的一个分子对接软件，简单易用。 另外，盒子位置的确定，我们也可以用pymol来做，对帖子http://bioms.org/thread-1226-1-1.html做了更新 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : Ledock_tutorial.pdf
2014-07-25 19:02:13, 2.11 M
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子对接 |
» 猜你喜欢
一志愿华东师范生物学326分，求调剂
已经有4人回复
-
071000生物学调剂求助
已经有11人回复
-
化学工程与技术324调剂
已经有16人回复
-
298求调剂
已经有4人回复
-
282，求调剂
已经有9人回复
-
考研调剂
已经有19人回复
-
308求调剂
已经有20人回复
-
中科院总分315求调剂
已经有3人回复
-
求调剂 材料与工程 324分 专硕
已经有3人回复
-
一志愿矿大，材料工程专硕314分，0856可调都可以
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 用autodock对接，用什么软件定点突变蛋白质
已经有14人回复
- 分子对接的免费软件？
已经有10人回复
- 【求助】分子对接软件到底哪个好？
已经有13人回复
- 【原创】分子对接，同源模建，分子动力学软件介绍帖
已经有35人回复
- 【讨论】各种分子对接软件的速度和精度比较
已经有15人回复
- 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
已经有7人回复
4楼2014-07-28 07:40:02
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-07-26 21:30:13
3楼2014-07-26 22:33:26
5楼2014-07-29 03:26:03
6楼2014-07-30 07:00:29
7楼2014-07-30 16:16:50
8楼2014-08-02 01:02:51
|
方便的话，能否告知一下PDB code，我这边看看是什么问题，有没有好的解决方法。小分子配体在蛋白中的结合构象是否合理不单只跟分辨率有关，跟解结构的化学基础也有很大关系，不少高分辨率结构中的配体是不合理的，参见最近acs med chem lett上的一篇viewpoint。 LeDock整体上而言可以获得90%以上的对接准确率（在多个测试集上测试过），还有5-10%对接结果不理想，主要是跟desolvation有关，这个也是现在分子对接软件的通病，以后会改进的。 如果是金属酶对接的话，最好把金属加上。某些情况下因为desolvation做的还不理想，保留几个水分子做对接也会大大改善对接结果，譬如bromodomain的配体对接。谢谢。 |
9楼2014-08-02 01:10:50
12楼2014-08-24 15:20:01
16楼2014-09-29 17:03:59
32楼2016-05-25 00:34:36
36楼2016-10-13 13:48:24
39楼2016-11-16 15:47:26
40楼2016-11-17 21:39:00
42楼2016-12-02 09:57:54
43楼2017-01-10 19:35:14
简单回复
lksyb10楼
2014-08-22 11:14
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
yangchaoc11楼
2014-08-24 13:32
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
坏猫懒懒13楼
2014-09-17 20:20
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
buddykongs14楼
2014-09-22 11:59
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
向日葵哈哈15楼
2014-09-28 16:08
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
fuz00017楼
2015-01-19 20:15
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
nosoho18楼
2015-02-02 10:46
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
y36989720119楼
2015-02-16 15:39
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
yilanding20楼
2015-02-20 12:13
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
xiexuanqing21楼
2015-03-05 10:26
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2015-05-10 16:25
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
102931244523楼
2015-06-11 21:44
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
wuzhilin24楼
2015-09-05 10:02
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
xiaochao11225楼
2015-09-30 16:37
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
weilan121026楼
2015-10-04 18:15
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
姜凯龙27楼
2015-10-14 21:10
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
ydianlove28楼
2015-12-12 16:42
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zahik071829楼
2015-12-20 22:19
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
向庄黑学习30楼
2015-12-28 19:47
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zjydxy31楼
2016-04-15 16:44
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
zjydxy33楼
2016-05-31 15:23
回复
顶一下，感谢分享！
lyp尘寰34楼
2016-08-16 17:03
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
阿狸120535楼
2016-09-21 11:02
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
LunadialGrau37楼
2016-11-06 21:06
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
gabby38楼
2016-11-16 15:47
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
csxyllx41楼
2016-11-18 17:25
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
yzzlcn44楼
2017-02-27 15:03
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
羽你同在45楼
2017-05-09 11:32
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
羽你同在46楼
2017-05-23 10:46
回复
顶一下，感谢分享！
arixxl47楼
2017-06-08 19:13
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
dd434248楼
2017-07-01 10:43
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
有你就足够49楼
2017-12-03 10:36
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
王茹茹50楼
2018-04-16 21:19
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
100