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huhaibing123

新虫 (初入文坛)

[求助] 高通量测序时，针对16S rRNA, 可以测不同的V区，我们确定V区的依据是什么呢？ 已有3人参与

高通量测序时，针对16S rRNA, 可以测不同的V区，我们确定V区的依据是什么呢？
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1楼 2014-07-15 15:54:39
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biolinker

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huhaibing123: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-07-15 17:25:56
您可以查看相关的文献。根据不同的测序仪，它们的测序的长度不同，所以您扩增的区域可能有点差别。而且不同V区的通用引物不同，我们要考虑通用引物的扩增效果好不好，这也是您考虑做哪个区域的考虑因素。您选择扩增区域的话，可以从通用引起扩增效果和区分效果去判断做哪个区域。

从我们以往分析过的大量样品来看，以V1-V3区分析效果很不错。相同样本V1-V3区PCR产物电泳检测亮度最高，且文献报道反向引物533R扩增的特异性及灵敏度更高；其次V1-V3区较其他V区长度更长，这样测序结果包含的物种的信息量就更大，物种分类的结果就更准确。

以上信息供您参考。
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2楼2014-07-15 16:10:11
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huhaibing123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by biolinker at 2014-07-15 16:10:11
您可以查看相关的文献。根据不同的测序仪，它们的测序的长度不同，所以您扩增的区域可能有点差别。而且不同V区的通用引物不同，我们要考虑通用引物的扩增效果好不好，这也是您考虑做哪个区域的考虑因素。您选择扩增 ...

谢谢你的解答，受益颇多！
我是要做 微生物多样性的分析，很多文献中指给出他们测 那个区或者哪几个区，选区的依据没有给出，这就是我纳闷的地方！
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3楼2014-07-15 17:25:19
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biolinker

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by huhaibing123 at 2014-07-15 17:25:19
谢谢你的解答，受益颇多！
我是要做 微生物多样性的分析，很多文献中指给出他们测 那个区或者哪几个区，选区的依据没有给出，这就是我纳闷的地方！...

不用客气，我了解的也不是很透彻，您是准备找公司做吗？
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4楼2014-07-15 17:35:38
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biolinker

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by huhaibing123 at 2014-07-15 17:25:19
谢谢你的解答，受益颇多！
我是要做 微生物多样性的分析，很多文献中指给出他们测 那个区或者哪几个区，选区的依据没有给出，这就是我纳闷的地方！...

方便的话，可以加个qq不？有问题的话，我可以帮您解决。我们一起学习。2035709638
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5楼2014-07-15 17:37:32
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
高通量测序做16s rRNA， 用V3 V4的比较多
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6楼2014-07-16 20:49:20
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DoRbIr

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by huhaibing123 at 2014-07-15 17:25:19
谢谢你的解答，受益颇多！
我是要做 微生物多样性的分析，很多文献中指给出他们测 那个区或者哪几个区，选区的依据没有给出，这就是我纳闷的地方！...

有的文献是参考别人，有可变区是别人计算过的。
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7楼2015-01-08 21:17:08
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