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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 势能面扫描固定部分坐标优化
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医无止境

木虫 (正式写手)

[求助] 势能面扫描固定部分坐标优化

没做个大分子的势能面扫描。再进尝试使用oniom扫描大分子的反应势能面，由于分子比较大，在扫描的每一步都需要固定一些自由度优化另一些自由度。看到gaussian说明书写着可以使用Variables和Constants分别选取所需要的自由度。尝试了一下，在gaussian读取输入文件的时候就错了，不知道该怎么办，麻烦大神帮一下。
输入文件如下：

%nprocshared=16
%mem=10GB
%chk=dock_mold.chk
#p opt=modredundant  oniom(cam-b3lyp/6-31g(d):am1) scf=(maxcycle=500,xqc,symm)

Title Card Required

0 2 0 2 0 2
N                0   -4.70228100    0.36328800    4.93434900 L
C                0            X1    0.65311800    3.82469700 L
C                0            X2            Y1    2.78614000 L
O                  3            B3    2            A2    1            D1    0 L
N                  3            B4    2            A3    1            D2    0 L
C                  5            B5    3            A4    2            D3    0 L
C                  6            B6    5            A5    3            D4    0 L
O                  7            B7    6            A6    5            D5    0 L
C                  6            B8    5            A7    3            D6    0 L
O                  9            B9    6            A8    5            D7    0 L
C                  9           B10    6            A9    5            D8    0 L
N                  7           B11    6           A10    5            D9    0 L
C                 12           B12    7           A11    6           D10    0 L
C                 13           B13   12           A12    7           D11    0 L
O                 14           B14   13           A13   12           D12    0 L
C                 13           B15   12           A14    7           D13    0 L
O                 16           B16   13           A15   12           D14    0 L
C                 16           B17   13           A16   12           D15    0 L
N                  1           B18    2           A17    3           D16    0 L
C                 19           B19    1           A18    2           D17    0 L
C                 20           B20   19           A19    1           D18    0 L
O                 21           B21   20           A20   19           D19    0 L
C                 20           B22   19           A21    1           D20    0 L
C                 23           B23   20           A22   19           D21    0 L
C                 24           B24   23           A23   20           D22    0 L
C                 24           B25   23           A24   20           D23    0 L
N                 25           B26   24           A25   23           D24    0 L
C                 27           B27   25           A26   24           D25    0 L
C                 26           B28   24           A27   23           D26    0 L
C                 28           B29   27           A28   25           D27    0 L
C                 29           B30   26           A29   24           D28    0 L
C                 30           B31   28           A30   27           D29    0 L
N                 21           B32   20           A31   19           D30    0 L
C                 33           B33   21           A32   20           D31    0 L
C                 34           B34   33           A33   21           D32    0 L
O                 35           B35   34           A34   33           D33    0 L
C                 34           B36   33           A35   21           D34    0 L
N                 35           B37   34           A36   33           D35    0 L
C                 38           B38   35           A37   34           D36    0 L
C                 39           B39   38           A38   35           D37    0 L
O                 40           B40   39           A39   38           D38    0 L
C                 39           B41   38           A40   35           D39    0 L
C                 42           B42   39           A41   38           D40    0 L
C                 43           B43   42           A42   39           D41    0 L
O                 44           B44   43           A43   42           D42    0 L
。。。 。。。

H                118          B275   79          A274   78          D273    0 H
H                118          B276   79          A275   78          D274    0 H
H                118          B277   79          A276   78          D275    0 H
O                120          B278  119          A277  118          D276    0 H
C                114          B279   66          A278   65          D277    0 H
H                280          B280  114          A279   66          D278    0 H
H                 92          B281   90          A280   91          D279    0 H
H                280          B282  114          A281   66          D280    0 H
O                114          B283   66          A282   65          D281    0 H
H                116          B284  115          A283  114          D282    0 H

Variables:

   B58            6.35170893
   B59            1.45091605
   B60            1.51755039
   B61            1.25839984
   B62            1.53097332
   B63            1.51985147
   B64            1.51667584
   B65            1.23440326
   B66            1.32838642
   B82            5.52427527
   B83            1.45415307
   B84            1.53387424
   B85            1.25840003
   B86            1.53127367
   B87            1.49722980
   B88            1.37883398
   B89            1.35361371
   B90            1.32191928
   B91            1.31983306
   B113           3.12147833
。。。 。。。

   D277         121.47387150
   D278          14.23579764
   D279          59.41949639
   D280        -100.54343835
   D281        -114.62150212
   D282          -4.35333110

  Constants:

   X1            -3.81164200
   X2            -4.50460200
   B3             1.22836496
   B4             1.36690610
   B5             1.46124868
   B6             1.53715055
   B7             1.25839934
   B8             1.53926445
   B9             1.43324815
   B10            1.52109877
   B11            3.40052721
   B12            1.45586643
   B13            1.50808711
   B14            1.25840009
   B15            1.54277649
   B16            1.42700324
   B17            1.52058293
   B18            5.21084096
   B19            1.45336980
   B20            1.52877859
   B21            1.23810580
   B22            1.52972764
。。。。。。

   D265        -107.78595876
   D266           3.67484089
   D267         118.26808263
   D268         -65.54407510
   D269         -54.62799382

B281  4.42162975 s 35 -0.1
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1楼 2014-07-09 09:03:52
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
医无止境: 金币+5, ★有帮助 2014-07-09 09:34:09
没给出输出文件，都不知道具体报什么错让人难以判断啊。
从你的输入文件来判断，你要么按照scan的写法来定义B281，要么用modredundant的标准写法，即写相关的两个原子数来定义B281这个键长。
再好好看一下opt=modredundant的相关说明。
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2楼2014-07-09 09:27:07
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
医无止境: 金币+1, p指的是在输出文件中打印出计算的过程，如scf迭代每一步的能量和能量差等。 2014-07-09 09:37:21
刚输入就报错应该是syntax error吧。能发一下报错的link编号吗？
opt前面那个p是做什么的？如果指的是部分优化，应该是popt，当中没有空格。
另外可以检查空行的问题，虽然应该不是。
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16届本科在北美
3楼2014-07-09 09:35:22
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医无止境

木虫 (正式写手)
内容已删除
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4楼2014-07-09 09:35:46
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
医无止境: 金币+14, 这个好像是scan的，我想在扫描的过程中对部分结构进行优化，是不是应该用modredundant，不知道最后一句怎么写 2014-07-09 09:47:44
scan的例子：比如说你要scan 37号和58号的键长 从3.00扫到1.55

B 37 58 S 30 -0.05 3.00就可以了。或者你不设定最大最小值也可以，比如 B 37 58 S 30 -0.05，高斯就从你的当前值开始算。
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16届本科在北美
5楼2014-07-09 09:38:31
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医无止境

木虫 (正式写手)
报错是在l101，读取输入文件的时候有错
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6楼2014-07-09 09:38:42
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oinkmasta

金虫 (小有名气)
101就是syntax error了。也就是一是要调整scan的那一行，二是那个opt前面的p是干嘛的。。
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16届本科在北美
7楼2014-07-09 09:42:17
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医无止境

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-09 09:42:17
101就是syntax error了。也就是一是要调整scan的那一行，二是那个opt前面的p是干嘛的。。

加上p就可以在输出文件中出现计算的过程，把p去掉在输出文件中就看不到了
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8楼2014-07-09 10:01:05
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医无止境

木虫 (正式写手)
在读取最后一行的时候还是出错。
Undefined symbol, bond length, card  58.
Undefined symbol, angle alpha, card  58.
Undefined symbol, angle beta, card  58.
Undefined symbol, bond length, card 282.
Error termination via Lnk1e in /home/zhuangxh/programs/g09/l101.exe at Wed Jul  9 10:36:03 2014.
Job cpu time:  0 days  0 hours  5 minutes 30.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=     42 Scr=      1
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9楼2014-07-09 10:06:26
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oinkmasta

金虫 (小有名气)
出现undefined symbol，难道是oniom在这一行之前还需要一个layer？     我正在看gaussian的intro to oniom，以前从来没有用过它。
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16届本科在北美
10楼2014-07-09 10:28:53
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