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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 模拟荧光光谱出错，求助！~~~~~
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262413748

新虫 (小有名气)

[求助] 模拟荧光光谱出错，求助！~~~~~ 已有1人参与

1.找着说明书里例子重复，第二步，我输入文件和第一步放在一起，然后报错，如附件，麻烦大家帮忙指出，求指导~~~~~~~
2.我想先只算单分子的荧光发射，不用溶剂，是否可以省略哪些步骤直接做？

这是记录文件
%chk=02-ac
----------------------------------------------------------------------
#p rb3lyp/6-31+g(d,p) TD=NStates=6 SCRF=(Solvent=ethanol) geom=check g
uess=read
----------------------------------------------------------------------
1/29=2,38=1/1;
2/12=2,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=111,11=1,14=-4,16=1,25=1,30=1,70=2201,72=4,74=-5,116=1/1,2,8,3;
4/5=1/1;
5/5=2,38=6,53=4/2;
8/6=1,10=2,108=6/1;
9/41=6,42=1,70=2/14;
6/7=2,8=2,9=2,10=2/1;
99/5=1,9=1/99;
Leave Link    1 at Mon Jul  7 11:08:24 2014, MaxMem=           0 cpu:         0.1
(Enter /public/software/simulation/g09/l101.exe)
-----------------------------------------------------
acetaldehyde: linear response vertical excited states
-----------------------------------------------------
Structure from the checkpoint file:  "02-ac.chk"
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20997 Len=          20 IPos=           0 Q=  140736687184160


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    14 SizExt =    524288 WInBlk =    131072
                   defal = T LstWrd =     2228224 FType=2 FMxFil=10000

Number              0           501           502           598           989           991
Base          1835008        917504       1441792       1572864       1048576       1310720
End           2228224        918504       1445897       1572866       1068576       1317282
End1          2228224       1048576       1572864       1703936       1179648       1441792
Wr Pntr       1835008        917504       1441896       1572864       1048576       1310720
Rd Pntr       1835008        917504       1441792       1572864       1048576       1317282
Length         393216          1000          4105             2         20000          6562

Number            992           993           994           995           996           997
Base          1179648        786432        131072        655360        393216        524288
End           1179657        786632        131102        655380        393416        524362
End1          1310720        917504        262144        786432        524288        655360
Wr Pntr       1179648        786432        131072        655360        393216        524288
Rd Pntr       1179657        786632        131102        655380        393416        524362
Length              9           200            30            20           200            74

Number            998           999
Base           262144       1703936
End            262344       1806440
End1           393216       1835008
Wr Pntr        262144       1703936
Rd Pntr        262344       1706440
Length            200        102504


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =    131072
                   defal = F LstWrd =      262144 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base           131072
End            262144
End1           262144
Wr Pntr        131072
Rd Pntr        131072
Length         131072


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =    131072
                   defal = T LstWrd =      262144 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base           131072
End            262144
End1           262144
Wr Pntr        131072
Rd Pntr        131072
Length         131072
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
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1楼 2014-07-07 11:07:49
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 262413748 at 2014-07-07 12:37:32
先谢谢您！
1.那也就是说我在服务器算后，不断的提交文件，在前有的chk文件基础上计算就好了，是吧？剩下的我自己想想
2.那意思也就是只要算单分子（或者是二聚体）荧光发射都得这样七步法？没有其他方法了？我主 ...

1、是，chk文件会自动先读取再覆盖
2、不加溶剂的话不用七步，手册这个例子后面讲了，仔细看。
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4楼2014-07-07 13:00:21
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
第一个问题：两步的chk文件的文件名改成一样的就可以，之后几步也一样。

第二个问题： 去掉和scrf有关的一切输入即可。
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2楼2014-07-07 11:41:17
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262413748

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-07 11:41:17
第一个问题：两步的chk文件的文件名改成一样的就可以，之后几步也一样。

第二个问题： 去掉和scrf有关的一切输入即可。

先谢谢您！
1.那也就是说我在服务器算后，不断的提交文件，在前有的chk文件基础上计算就好了，是吧？剩下的我自己想想
2.那意思也就是只要算单分子（或者是二聚体）荧光发射都得这样七步法？没有其他方法了？我主要是想看看物质的荧光发射位置和红蓝移。
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3楼2014-07-07 12:37:32
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262413748

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-07 13:00:21
1、是，chk文件会自动先读取再覆盖
2、不加溶剂的话不用七步，手册这个例子后面讲了，仔细看。...

再麻烦问您下第三步出错，信息如下
Leave Link  101 at Mon Jul  7 15:16:38 2014, MaxMem=    33554432 cpu:         0.1
(Enter /public/software/simulation/g09/l124.exe)
SC-PCM: Self-consistent PCM reaction field calculation.
Using the following non-standard input for PCM:
noneq=read
End of line while reading PCM input.
Error termination via Lnk1e in /public/software/simulation/g09/l124.exe at Mon Jul  7 15:16:38 2014.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      5 Scr=      1
是不是在读取前面非平衡态的记录文档时候出错了？但是这步第一部分我看文档中式正常结束的额啊？
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5楼2014-07-07 14:51:21
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262413748

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-07 13:00:21
1、是，chk文件会自动先读取再覆盖
2、不加溶剂的话不用七步，手册这个例子后面讲了，仔细看。...

不好意思，请忽略5L，那个问题我已经搞清楚了。
第4步出现个报错，我不理解是很什么，请问下您。
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
Cartesian force constants read from checkpoint file:
"01-ac.chk"
Length of force constants on CHK file is     0 NAT3TT is   231
Error termination via Lnk1e in /public/software/simulation/g09/l103.exe at Mon Jul  7 21:49:02 2014.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      5 Scr=      1
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6楼2014-07-07 20:32:33
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 262413748 at 2014-07-07 20:32:33
不好意思，请忽略5L，那个问题我已经搞清楚了。
第4步出现个报错，我不理解是很什么，请问下您。
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initiali ...

你第三步或第二步是不是失败过？如果是的话opt=rcfc需要的信息并没有保存在chk文件中，你需要从最近的结构用数值方法计算导数。
详情请见opt里对rcfc的解释
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7楼2014-07-08 09:04:52
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527875531

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 262413748 at 2014-07-07 20:32:33
不好意思，请忽略5L，那个问题我已经搞清楚了。
第4步出现个报错，我不理解是很什么，请问下您。
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initiali ...

请问一下你第三步出错是怎么解决的呢？谢谢啊！
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8楼2014-10-07 17:03:12
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 527875531 at 2014-10-07 17:03:12
请问一下你第三步出错是怎么解决的呢？谢谢啊！...

楼主你好，我也是计算高斯09里面的粒子，我也是第三步出错，还有地6-7出错，一直卡住了，
不知道你是怎么解决的？期待你的回复。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7971150
这事我计算的时候的出错问题，一直没人回复，希望能和楼主多多交流
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
9楼2014-10-09 15:47:42
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-08 09:04:52
你第三步或第二步是不是失败过？如果是的话opt=rcfc需要的信息并没有保存在chk文件中，你需要从最近的结构用数值方法计算导数。
详情请见opt里对rcfc的解释...

你好，我想问一下，就是我的第一部和第二步都是按照说明书的操作的，
为什么第三步就一直出错？
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7971150
这是我计算时候的出错问题。
同时我的第四部已经完成了。借助第二步的.chk文件，
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7928054
这事我以前的帖子。
我计算出过问题了，当时给你发过消息，可能你忘记了。
还期望你的回复。谢谢
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
10楼2014-10-09 15:50:21
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