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旭simulation

金虫 (初入文坛)

[求助] 模拟方法求助

最近在看文献时遇到的问题：
文献名称：Membrane Binding and Insertion of a pHLIP Peptide Studied by All-Atom Molecular Dynamics Simulations
文献中讨论了在不同ph条件下多肽与膜的反映情况，如：pHLIP in system S can spontaneously insert into a POPC bilayer at acidic pH, while binding to the membrane surface at basic pH，文献中只说改变PH 就是让带电氨基酸进行质子化，但又没说怎样质子化，具体做法是什么，有大神能帮帮忙吗？
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1楼 2014-07-03 17:23:09
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earth

木虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:19:41
http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_1.9.0/
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2楼2014-07-03 19:06:11
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旭simulation

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by earth at 2014-07-03 19:06:11
http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_1.9.0/

灰常感谢，已解决！
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3楼2014-07-04 09:53:54
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yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 旭simulation at 2014-07-04 09:53:54
灰常感谢，已解决！...

楼主还在小木虫不，，，，我也想知道该怎么样质子化，楼主可否指导一下~楼上的网址我打不开了
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4楼2015-12-25 21:51:53
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