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Xelnagaa

新虫 (初入文坛)

[交流] 有机大分子用什么密度泛函比较好？ 已有3人参与

之前我接触过一点Gaussian09,最近在用ADF做有机大分子的几何优化，请问用哪种密度泛函比较合适？另外我看tutorial范例用LDA，LDA在高斯里是没有的，这也是一种密度泛函吗？大分子可以用它吗？
新人跪求各位大神解答！
谢谢了！
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1楼 2014-06-28 08:36:10
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lao7

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 值得讨论。 2014-07-08 16:00:41
什么样的大分子？要考察什么作用？一半是密度泛函数，但普通泛函数对弱力优化并不好，几十个原子，用50G内存，32核心就耗费一周的时间，例如DFT，下的WB97XD优化带有弱力的分子结构，蛋白质、DNA等。但很耗时间。
    如果不考虑弱力，可以用b3lyp, 基组选用6-31G即可。
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2楼2014-07-01 23:26:25
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qinqs

铜虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by lao7 at 2014-07-01 23:26:25
什么样的大分子？要考察什么作用？一半是密度泛函数，但普通泛函数对弱力优化并不好，几十个原子，用50G内存，32核心就耗费一周的时间，例如DFT，下的WB97XD优化带有弱力的分子结构，蛋白质、DNA等。但很耗时间。
...

请问，gaussian优化大分子（八十个轻原子）的时候是用默认收敛标准码？谢谢！我计算的时候，力能达到收敛标准，但最大位移一直打不到收敛标准
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3楼2014-07-21 20:41:19
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-22 18:54:04
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4楼2014-07-21 23:13:42
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lao7

金虫 (正式写手)
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3楼: Originally posted by qinqs at 2014-07-21 20:41:19
请问，gaussian优化大分子（八十个轻原子）的时候是用默认收敛标准码？谢谢！我计算的时候，力能达到收敛标准，但最大位移一直打不到收敛标准...

我出差了，才回来看到。
    用默认就行，如果仅仅是收敛，有些作者只要前两个收敛就行了，后两个收敛不了。如果想都收敛，把收敛标准放宽即可。个人经验，前两个收敛就行，有时候要后两个强制收敛，很容易报错。
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5楼2014-07-26 11:33:58
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lao7

金虫 (正式写手)
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3楼: Originally posted by qinqs at 2014-07-21 20:41:19
请问，gaussian优化大分子（八十个轻原子）的时候是用默认收敛标准码？谢谢！我计算的时候，力能达到收敛标准，但最大位移一直打不到收敛标准...

另：用WB97XD计算很慢，很难四个值都收敛！~除非体系很小，百十个原子之内（计算机配置强大的情况下）差不多，否则经常出错。
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6楼2014-07-26 11:36:09
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qinqs

铜虫 (小有名气)
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5楼: Originally posted by lao7 at 2014-07-26 11:33:58
我出差了，才回来看到。
    用默认就行，如果仅仅是收敛，有些作者只要前两个收敛就行了，后两个收敛不了。如果想都收敛，把收敛标准放宽即可。个人经验，前两个收敛就行，有时候要后两个强制收敛，很容易报错。...

默认设置，由于最大位移两个参量没有收敛，会报错， 需要怎么设置，让它满足力的收敛就结束？谢谢

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2014-07-28 09:17:54
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lao7

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
把收敛标准放宽，说明书上会写。一般放宽到10-6，你查查看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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8楼2014-07-28 22:46:20
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