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Xelnagaa

新虫 (初入文坛)

[交流] 有机大分子用什么密度泛函比较好? 已有3人参与

之前我接触过一点Gaussian09,最近在用ADF做有机大分子的几何优化,请问用哪种密度泛函比较合适?另外我看tutorial范例用LDA,LDA在高斯里是没有的,这也是一种密度泛函吗?大分子可以用它吗?
新人跪求各位大神解答!
谢谢了!
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lao7

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+2, 值得讨论。 2014-07-08 16:00:41
什么样的大分子?要考察什么作用?一半是密度泛函数,但普通泛函数对弱力优化并不好,几十个原子,用50G内存,32核心就耗费一周的时间,例如DFT,下的WB97XD优化带有弱力的分子结构,蛋白质、DNA等。但很耗时间。
    如果不考虑弱力,可以用b3lyp, 基组选用6-31G即可。
2楼2014-07-01 23:26:25
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qinqs

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by lao7 at 2014-07-01 23:26:25
什么样的大分子?要考察什么作用?一半是密度泛函数,但普通泛函数对弱力优化并不好,几十个原子,用50G内存,32核心就耗费一周的时间,例如DFT,下的WB97XD优化带有弱力的分子结构,蛋白质、DNA等。但很耗时间。
...

请问,gaussian优化大分子(八十个轻原子)的时候是用默认收敛标准码?谢谢!我计算的时候,力能达到收敛标准,但最大位移一直打不到收敛标准
在小木虫,与大家一起进步
3楼2014-07-21 20:41:19
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smutao

禁虫 (著名写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-22 18:54:04
本帖内容被屏蔽

4楼2014-07-21 23:13:42
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lao7

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by qinqs at 2014-07-21 20:41:19
请问,gaussian优化大分子(八十个轻原子)的时候是用默认收敛标准码?谢谢!我计算的时候,力能达到收敛标准,但最大位移一直打不到收敛标准...

我出差了,才回来看到。
    用默认就行,如果仅仅是收敛,有些作者只要前两个收敛就行了,后两个收敛不了。如果想都收敛,把收敛标准放宽即可。个人经验,前两个收敛就行,有时候要后两个强制收敛,很容易报错。
5楼2014-07-26 11:33:58
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lao7

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by qinqs at 2014-07-21 20:41:19
请问,gaussian优化大分子(八十个轻原子)的时候是用默认收敛标准码?谢谢!我计算的时候,力能达到收敛标准,但最大位移一直打不到收敛标准...

另:用WB97XD计算很慢,很难四个值都收敛!~除非体系很小,百十个原子之内(计算机配置强大的情况下)差不多,否则经常出错。
6楼2014-07-26 11:36:09
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qinqs

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by lao7 at 2014-07-26 11:33:58
我出差了,才回来看到。
    用默认就行,如果仅仅是收敛,有些作者只要前两个收敛就行了,后两个收敛不了。如果想都收敛,把收敛标准放宽即可。个人经验,前两个收敛就行,有时候要后两个强制收敛,很容易报错。...

默认设置,由于最大位移两个参量没有收敛,会报错, 需要怎么设置,让它满足力的收敛就结束?谢谢

[ 发自小木虫客户端 ]
在小木虫,与大家一起进步
7楼2014-07-28 09:17:54
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lao7

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
把收敛标准放宽,说明书上会写。一般放宽到10-6,你查查看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2014-07-28 22:46:20
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