应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 有关create_atoms相关命令
51/1返回列表
查看: 2698  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

liuchenhan

新虫 (小有名气)

[求助] 有关create_atoms相关命令 已有1人参与

本人脚本中先读结构文件nanonew.xyz，原子类型1-12，然后利用create_atoms命令生成一些其他原子，想安排这些原子的类型为13，但总是报错，请各位帮忙指导一下，实现我想要的功能，非常感谢。
units           metal
dimension       3
boundary        s s s
neighbor        2.0 nsq

#force field *******************************************************
atom_style      atomic

read_data       nanonew.xyz
lattice         custom 4.32 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.5 0.0 basis 0.3333333333333 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.0 basis 0.83333333333 0.0 0.0
#lattice         custom 3.52 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.0 0.0
region          boxx block 0 3 0 3 0 2
#create_box      1 box
create_atoms    13 region boxx

mass            13 28.0
pair_style      lj/cut 3.0
pair_coeff      * * 0.024 3.4

velocity          all  create  300 58127640 mom yes  rot yes dist gaussian units box #300K

fix               3 all temp/berendsen  300 300 0.05 #set the T of mobile is 300K while the initial value is300K

thermo_style      custom step temp etotal vol
#thermo_modify     lost warn
thermo            100

timestep          0.0005

dump                    id1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z

compute           mytempall all temp/com
fix               Tall all ave/time 1 100 100 c_mytempall file Tall.txt

dump              last all custom 40000 dump.last type x y z

run               40000


报错信息如下：
LAMMPS (14 May 2013)
Reading data file ...
  orthogonal box = (-0.1 -0.1 -0.1) to (28.7 40.7 100)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
  240 atoms
Lattice spacing in x,y,z = 4.32 2.49415 4.32
ERROR: Illegal create_atoms command (../create_atoms.cpp:109)
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-06-25 08:22:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fei5122917

新虫 (初入文坛)
学习了 解决了我得一个疑问 谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2014-12-11 15:10:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

LoogCat

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liuchenhan: 金币+1, ★有帮助, 没有解决问题 2014-06-26 09:36:54
应该先设定盒子，然后再在盒子里加region，在region里加原子。参考命令：
region          boxx block 0 5 0 5 0 4
create_box      1 box
region          boxx block 1 4 1 4 1 3
create_atoms    13 region boxx

另外，一般是先建立box，然后才能read_data导入数据，所以你需要调整输入命令的顺序！
赞一下 回复此楼
2楼2014-06-25 19:51:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuchenhan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by LoogCat at 2014-06-25 19:51:23
应该先设定盒子，然后再在盒子里加region，在region里加原子。参考命令：
region          boxx block 0 5 0 5 0 4
create_box      1 box
region          boxx block 1 4 1 4 1 3
create_atoms    13 region  ...

但是box建立后是不能够读入read_data的啊。
赞一下 回复此楼
3楼2014-06-26 08:30:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuchenhan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuchenhan at 2014-06-26 08:30:16
但是box建立后是不能够读入read_data的啊。...

已经解决了，直接在data file里面说明有13中原子类型，但里面只有前12中原子的坐标，第13种用create_atoms命令创建就行了。
赞一下 回复此楼
4楼2014-06-26 09:38:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +3 简单化xn 2026-08-22 7/350 2026-08-22 19:46 by 简单化xn
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭