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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 有关create_atoms相关命令
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liuchenhan

新虫 (小有名气)

[求助] 有关create_atoms相关命令 已有1人参与

本人脚本中先读结构文件nanonew.xyz，原子类型1-12，然后利用create_atoms命令生成一些其他原子，想安排这些原子的类型为13，但总是报错，请各位帮忙指导一下，实现我想要的功能，非常感谢。
units           metal
dimension       3
boundary        s s s
neighbor        2.0 nsq

#force field *******************************************************
atom_style      atomic

read_data       nanonew.xyz
lattice         custom 4.32 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.5 0.0 basis 0.3333333333333 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.0 basis 0.83333333333 0.0 0.0
#lattice         custom 3.52 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.0 0.0
region          boxx block 0 3 0 3 0 2
#create_box      1 box
create_atoms    13 region boxx

mass            13 28.0
pair_style      lj/cut 3.0
pair_coeff      * * 0.024 3.4

velocity          all  create  300 58127640 mom yes  rot yes dist gaussian units box #300K

fix               3 all temp/berendsen  300 300 0.05 #set the T of mobile is 300K while the initial value is300K

thermo_style      custom step temp etotal vol
#thermo_modify     lost warn
thermo            100

timestep          0.0005

dump                    id1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z

compute           mytempall all temp/com
fix               Tall all ave/time 1 100 100 c_mytempall file Tall.txt

dump              last all custom 40000 dump.last type x y z

run               40000


报错信息如下：
LAMMPS (14 May 2013)
Reading data file ...
  orthogonal box = (-0.1 -0.1 -0.1) to (28.7 40.7 100)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
  240 atoms
Lattice spacing in x,y,z = 4.32 2.49415 4.32
ERROR: Illegal create_atoms command (../create_atoms.cpp:109)
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1楼 2014-06-25 08:22:07
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LoogCat

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liuchenhan: 金币+1, ★有帮助, 没有解决问题 2014-06-26 09:36:54
应该先设定盒子，然后再在盒子里加region，在region里加原子。参考命令：
region          boxx block 0 5 0 5 0 4
create_box      1 box
region          boxx block 1 4 1 4 1 3
create_atoms    13 region boxx

另外，一般是先建立box，然后才能read_data导入数据，所以你需要调整输入命令的顺序！
赞一下 回复此楼
2楼2014-06-25 19:51:23
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liuchenhan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by LoogCat at 2014-06-25 19:51:23
应该先设定盒子，然后再在盒子里加region，在region里加原子。参考命令：
region          boxx block 0 5 0 5 0 4
create_box      1 box
region          boxx block 1 4 1 4 1 3
create_atoms    13 region  ...

但是box建立后是不能够读入read_data的啊。
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3楼2014-06-26 08:30:16
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liuchenhan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuchenhan at 2014-06-26 08:30:16
但是box建立后是不能够读入read_data的啊。...

已经解决了，直接在data file里面说明有13中原子类型，但里面只有前12中原子的坐标，第13种用create_atoms命令创建就行了。
赞一下 回复此楼
4楼2014-06-26 09:38:16
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newhoperoad

木虫 (正式写手)
学习了，谢谢
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IfWeShowTheWill,NatureWillFindTheWay.
5楼2014-07-23 08:11:43
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cooper小小

新虫 (初入文坛)
学习了 谢谢楼主
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6楼2014-12-03 15:23:13
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fei5122917

新虫 (初入文坛)
学习了 解决了我得一个疑问 谢谢
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7楼2014-12-11 15:10:39
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liuchenhan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by newhoperoad at 2014-07-23 08:11:43
学习了，谢谢

大家互相学习！
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8楼2014-12-12 08:37:24
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liuchenhan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cooper小小 at 2014-12-03 15:23:13
学习了 谢谢楼主

嗯，共同进步嘛。
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9楼2014-12-12 08:37:42
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liuchenhan

新虫 (小有名气)
不用谢！
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10楼2014-12-12 08:38:00
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