| 查看: 2394 | 回复: 10 | ||||
liuchenhan新虫 (小有名气)
|
[求助]
有关create_atoms相关命令 已有1人参与
|
|
本人脚本中先读结构文件nanonew.xyz，原子类型1-12，然后利用create_atoms命令生成一些其他原子，想安排这些原子的类型为13，但总是报错，请各位帮忙指导一下，实现我想要的功能，非常感谢。 units metal dimension 3 boundary s s s neighbor 2.0 nsq #force field ******************************************************* atom_style atomic read_data nanonew.xyz lattice custom 4.32 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.5 0.0 basis 0.3333333333333 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.0 basis 0.83333333333 0.0 0.0 #lattice custom 3.52 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.0 0.0 region boxx block 0 3 0 3 0 2 #create_box 1 box create_atoms 13 region boxx mass 13 28.0 pair_style lj/cut 3.0 pair_coeff * * 0.024 3.4 velocity all create 300 58127640 mom yes rot yes dist gaussian units box #300K fix 3 all temp/berendsen 300 300 0.05 #set the T of mobile is 300K while the initial value is300K thermo_style custom step temp etotal vol #thermo_modify lost warn thermo 100 timestep 0.0005 dump id1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z compute mytempall all temp/com fix Tall all ave/time 1 100 100 c_mytempall file Tall.txt dump last all custom 40000 dump.last type x y z run 40000 报错信息如下： LAMMPS (14 May 2013) Reading data file ... orthogonal box = (-0.1 -0.1 -0.1) to (28.7 40.7 100) 1 by 1 by 1 MPI processor grid 240 atoms Lattice spacing in x,y,z = 4.32 2.49415 4.32 ERROR: Illegal create_atoms command (../create_atoms.cpp:109) |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学 |
» 猜你喜欢
急需调剂
已经有8人回复
-
申博/考博
已经有4人回复
-
化工学硕294分，求导师收留
已经有37人回复
-
求调剂
已经有11人回复
-
260求调剂
已经有4人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有19人回复
-
304求调剂
已经有7人回复
-
求博导｜生物质基多孔碳/超级电容方向，已有相关成果，寻能源材料/碳材料方向老师
已经有3人回复
-
二苯甲酮酸类衍生物
已经有6人回复
-
接受任何调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps运行出错：ERROR: Illegal fix nvt/npt/nph command (fix_nh.cpp:317)
已经有7人回复
- 【求助】关于LAMMPS建模
已经有9人回复
- pair_style coul/cut 的测试
已经有3人回复
- 关于fix wall/region命令的问题
已经有7人回复
- 关于lammps中的in文件运行时的错误问题查找
已经有10人回复
- 关于用Lammps模拟Cu熔点的例子问题
已经有7人回复
- 关于restart，geom=check，guess=read命令使用的问题
已经有8人回复
- 【讨论】想学lammps是否应该先学习C++
已经有28人回复
2楼2014-06-25 19:51:23
liuchenhan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1536.5
- 散金: 4
- 帖子: 170
- 在线: 108小时
- 虫号: 1508714
- 注册: 2011-11-25
- 专业: 传热传质学
3楼2014-06-26 08:30:16
liuchenhan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1536.5
- 散金: 4
- 帖子: 170
- 在线: 108小时
- 虫号: 1508714
- 注册: 2011-11-25
- 专业: 传热传质学
4楼2014-06-26 09:38:16
newhoperoad
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 662.5
- 散金: 675
- 帖子: 499
- 在线: 112.2小时
- 虫号: 1395519
- 注册: 2011-09-08
- 性别: GG
- 专业: 力学中的基本问题和方法
5楼2014-07-23 08:11:43
6楼2014-12-03 15:23:13
fei5122917
新虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 164.8
- 红花: 1
- 帖子: 44
- 在线: 29.9小时
- 虫号: 3310778
- 注册: 2014-07-07
- 专业: 微/纳机械系统
7楼2014-12-11 15:10:39
liuchenhan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1536.5
- 散金: 4
- 帖子: 170
- 在线: 108小时
- 虫号: 1508714
- 注册: 2011-11-25
- 专业: 传热传质学
8楼2014-12-12 08:37:24
liuchenhan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1536.5
- 散金: 4
- 帖子: 170
- 在线: 108小时
- 虫号: 1508714
- 注册: 2011-11-25
- 专业: 传热传质学
9楼2014-12-12 08:37:42
liuchenhan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1536.5
- 散金: 4
- 帖子: 170
- 在线: 108小时
- 虫号: 1508714
- 注册: 2011-11-25
- 专业: 传热传质学
10楼2014-12-12 08:38:00
