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liuchenhan

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[求助] 有关create_atoms相关命令已有1人参与

本人脚本中先读结构文件nanonew.xyz，原子类型1-12，然后利用create_atoms命令生成一些其他原子，想安排这些原子的类型为13，但总是报错，请各位帮忙指导一下，实现我想要的功能，非常感谢。
units          metal
dimension    3
boundary       s s s
neighbor       2.0 nsq

#force field *******************************************************
atom_style    atomic

read_data    nanonew.xyz
lattice       custom 4.32 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.5 0.0 basis 0.3333333333333 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.0 basis 0.83333333333 0.0 0.0
#lattice       custom 3.52 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.0 0.0
region       boxx block 0 3 0 3 0 2
#create_box    1 box
create_atoms 13 region boxx

mass          13 28.0
pair_style    lj/cut 3.0
pair_coeff    * * 0.024 3.4

velocity       all  create  300 58127640 mom yes  rot yes dist gaussian units box #300K

fix             3 all temp/berendsen  300 300 0.05 #set the T of mobile is 300K while the initial value is300K

thermo_style    custom step temp etotal vol
#thermo_modify    lost warn
thermo          100

timestep       0.0005

dump             id1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z

compute          mytempall all temp/com
fix             Tall all ave/time 1 100 100 c_mytempall file Tall.txt

dump             last all custom 40000 dump.last type x y z

run             40000

报错信息如下：
LAMMPS (14 May 2013)
Reading data file ...
  orthogonal box = (-0.1 -0.1 -0.1) to (28.7 40.7 100)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
  240 atoms
Lattice spacing in x,y,z = 4.32 2.49415 4.32
ERROR: Illegal create_atoms command (../create_atoms.cpp:109)

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1楼2014-06-25 08:22:07

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liuchenhan

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3楼: Originally posted by liuchenhan at 2014-06-26 08:30:16
但是box建立后是不能够读入read_data的啊。...

已经解决了，直接在data file里面说明有13中原子类型，但里面只有前12中原子的坐标，第13种用create_atoms命令创建就行了。

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4楼2014-06-26 09:38:16

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LoogCat

铁虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liuchenhan: 金币+1, ★有帮助, 没有解决问题 2014-06-26 09:36:54

应该先设定盒子，然后再在盒子里加region，在region里加原子。参考命令：
region       boxx block 0 5 0 5 0 4
create_box    1 box
region       boxx block 1 4 1 4 1 3
create_atoms 13 region boxx

另外，一般是先建立box，然后才能read_data导入数据，所以你需要调整输入命令的顺序！

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2楼2014-06-25 19:51:23

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liuchenhan

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引用回帖:

2楼: Originally posted by LoogCat at 2014-06-25 19:51:23
应该先设定盒子，然后再在盒子里加region，在region里加原子。参考命令：
region       boxx block 0 5 0 5 0 4
create_box    1 box
region       boxx block 1 4 1 4 1 3
create_atoms 13 region  ...

但是box建立后是不能够读入read_data的啊。

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3楼2014-06-26 08:30:16

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