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一些关于模拟汽液相平衡的问题（towhee新手） 已有1人参与
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本人最近在学习Towhee，尝试自己模拟简单的纯物质。出现了不少问题，想在这里请教一下大家。希望高手们解答！ 1、自己写的input文件，charge_assignment这块我写的是bond-increment,但是运行的时候老是说找不到参数 parameters not found for bond increment atoms 1 and 2 vib 1 names [CH ] [CH ] 下面是力场文件相应的部分（格式应该不会错，我照着example写的）。 Bond Increment Type Number 1 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH 2、后来这个问题得不到解决，因为所想模拟的物质不考虑电荷，所以就把”charge_assignment“这块改成了”none“。然后运行，但是模拟结果 的汽液密度最终都差不多一样了，这样的话就是不分相了。后来尝试改变盒子的大小，但是都得到的不分相。 “盒子里面的分子数目都是50/250，盒子的大小根据实际的文献密度给的（大致）。” 3、还有像请问下是不是各种move的概率问题，我大致给的概率是转动和平动分别是0.35,0.3。体积给的是0.002、交换给的是0.003、pmcb给的是0.29。 |
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5楼2014-06-25 21:10:54
2楼2014-06-22 20:21:42
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恩， towhee_ff Version 14 Number of Nonbonded Types 2 Potential Type Lennard-Jones Classical Mixrule Lorentz-Berthelot Atom Type Number 1 Nonbond Coefficients 0.4680000000E+01 0.1000000000E+02 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 Mass 0.1301910000E+02 Element C Bond Pattern sp2 Base Charge 0.0000000000E+00 Polarizability 0.1000000000E+01 Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH CH CH Atom Type Number 2 Nonbond Coefficients 0.3600000000E+01 0.1800000000E+03 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 Mass 0.3206500000E+02 Element S Bond Pattern null Base Charge 0.0000000000E+00 Polarizability 0.1000000000E+01 Force Field Name TraPPE-UA Atom Names Scc(thio) Scc(thio) Scc(thio) Scc(thio) Number of Bonded Terms 2 Bond Type Number 1 Bond Style 1 Bond Coefficients 0.1710000000E+01 Vibration Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names Scc(thio) CH Bond Type Number 2 Bond Style 1 Bond Coefficients 0.1400000000E+01 Vibration Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH Number of Angle Terms 3 Angle Type Number 1 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.1115000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH Scc(thio) Angle Type Number 2 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.0922000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH Scc(thio) CH Angle Type Number 3 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.1124000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH CH Number of Torsion Terms 1 Torsion Type Number 1 Torsion Style 8 One-Four Nonbond Logical T One-Four Coulombic Scaling 0.5000000000E+00 Torsion Coefficients Torsion Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 5 Atom Names Scc(thio) CH CH CH CH CH CH CH CH CH CH Scc(thio) CH CH Scc(thio) CH CH Scc(thio) CH CH Number of Improper Terms 0 Number of Angle-Angle Terms 0 Number of One-Five Types 0 Number of Bond Increments 2 Bond Increment Type Number 1 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH Scc(thio) Bond Increment Type Number 2 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH 输入文件： inputformat 'Towhee' ensemble 'nvt' temperature 450.00d0 nmolty 1 nmolectyp 300 numboxes 2 stepstyle 'cycles' nstep 5000 printfreq 100 blocksize 1000 moviefreq 2000 backupfreq 2000 runoutput 'full' pdb_output_freq 1000 pressurefreq 10 trmaxdispfreq 100 volmaxdispfreq 100 potentialstyle 'internal' ffnumber 1 ff_filename /home/lc/towhee-7.0.4/ForceFields/towhee_ff_TraPPE-UA classical_potential 'Lennard-Jones' classical_mixrule 'Lorentz-Berthelot' lshift .false. ltailc .true. rmin 1.0d0 rcut 14.0d0 rcutin 10.0d0 electrostatic_form 'none' linit .TRUE. initboxtype 'dimensions' initstyle 'full cbmc' 'full cbmc' initlattice 'simple cubic' 'simple cubic' initmol 50 250 inix iniy iniz 3 5 4 7 6 6 hmatrix 50.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 50.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 50.0d0 30.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 30.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 30.0d0 pmvol 0.00020d0 pmvlpr 1.0d0 rmvol 0.1d0 tavol 0.5d0 pm2boxcbswap 0.015d0 pm2cbswmt 1.0d0 pm2cbswpr 1.0d0 pmcb 0.3d0 pmcbmt 1.0d0 pmall 1.0d0 pmtracm 0.65d0 pmtcmt 1.0d0 rmtrac 0.5d0 tatrac 0.5d0 pmrotate 1.0d0 pmromt 1.0d0 rmrot 1.0d0 tarot 0.5d0 cbmc_formulation 'Martin and Frischknecht 2006' cbmc_setting_style 'Martin and Frischknecht' #trappe-ua Thiophene input_style 'basic connectivity map' nunit 5 nmaxcbmc 5 lpdbnames .FALSE. forcefield 'TraPPE-UA' charge_assignment 'bond increment' unit ntype 1 'Scc(thio)' vibration 2 2 5 improper torsion 0 unit ntype 2 'CH' vibration 2 1 3 improper torsion 0 unit ntype 3 'CH' vibration 2 2 4 improper torsion 0 unit ntype 4 'CH' vibration 2 3 5 improper torsion 0 unit ntype 5 'CH' vibration 2 1 4 improper torsion 0 |
3楼2014-06-23 14:29:51
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温度为450°，临界温度579°。 我模拟的是纯噻吩。 老是出现下面的问题？？ using the TraPPE-UA force field charge_assignment: bond increment Building the input file for molecule type: 1 unit: 1 name:Scc(thio) unit: 2 name:CH unit: 3 name:CH unit: 4 name:CH unit: 5 name:CH parameters not found for bond increment atoms 1 and 2 vib 1 names [Scc(thio) ][CH ] 希望你能帮我看看，万分感谢！！ |
4楼2014-06-23 14:34:10
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