| 查看: 1394 | 回复: 4 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
一些关于模拟汽液相平衡的问题（towhee新手） 已有1人参与
|
|||
|
本人最近在学习Towhee，尝试自己模拟简单的纯物质。出现了不少问题，想在这里请教一下大家。希望高手们解答！ 1、自己写的input文件，charge_assignment这块我写的是bond-increment,但是运行的时候老是说找不到参数 parameters not found for bond increment atoms 1 and 2 vib 1 names [CH ] [CH ] 下面是力场文件相应的部分（格式应该不会错，我照着example写的）。 Bond Increment Type Number 1 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH 2、后来这个问题得不到解决，因为所想模拟的物质不考虑电荷，所以就把”charge_assignment“这块改成了”none“。然后运行，但是模拟结果 的汽液密度最终都差不多一样了，这样的话就是不分相了。后来尝试改变盒子的大小，但是都得到的不分相。 “盒子里面的分子数目都是50/250，盒子的大小根据实际的文献密度给的（大致）。” 3、还有像请问下是不是各种move的概率问题，我大致给的概率是转动和平动分别是0.35,0.3。体积给的是0.002、交换给的是0.003、pmcb给的是0.29。 |
回复此楼» 猜你喜欢
266分，求材料冶金能源化工等调剂
已经有9人回复
-
085600 286分 材料求调剂
已经有8人回复
-
085701环境工程，267求调剂
已经有16人回复
-
286求调剂
已经有12人回复
-
320分，材料与化工专业，求调剂
已经有10人回复
-
一志愿北化085600材料专硕275|有文章专利｜求调剂
已经有4人回复
-
求调剂
已经有5人回复
-
283求调剂
已经有7人回复
-
317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求调剂
已经有4人回复
-
调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 运用Aspen Plus进行分析汽液相平衡关系
已经有3人回复
- 液相色谱平衡问题
已经有17人回复
- 液相色谱平衡问题
已经有11人回复
- 板式精馏塔设计中汽液相平衡曲线拟合
已经有5人回复
- 请教岛津高效液相仪平衡流动相以及换流动相时注意的问题
已经有3人回复
- 年产5000吨的醋酸甲酯生产工艺过程中最小回流比 塔板数 再沸器热负荷等的计算
已经有9人回复
- fluent可以模拟气液相反应吗？
已经有9人回复
- Aspen Plus 软件中气液平衡问题
已经有9人回复
- 液相色谱柱平衡时间过长
已经有11人回复
- 工艺开发中蒸汽压和气液平衡数据的具体作用
已经有3人回复
- aspen能否解决静态非平衡关系的热力学和PVT关系
已经有10人回复
- monte carlo 计算汽液
已经有6人回复
- 液相预热、柱平衡问题
已经有7人回复
- 液液相平衡中如何表示物料守恒
已经有11人回复
- 汽液平衡数据怎么算
已经有15人回复
- 液相鬼峰 每天平衡很久，求原因
已经有18人回复
- Gibbs系综和NPT系综的区别
已经有4人回复
- ASPEN 回归含盐汽液相平衡数据
已经有7人回复
- 液相平衡时总是会出现一些小细峰……
已经有4人回复
- 关于液相梯度洗脱的平衡的问题
已经有19人回复
- 使用towhee进行GEMC模拟相平衡的MC运动定义问题..
已经有15人回复
- 【求助】液相在平衡时，基线一直不平。 怎么办？
已经有13人回复
- 求助一些汽液相平衡数据？
已经有1人回复
- 【讨论】液相平衡时间
已经有20人回复
- 【交流】液相色谱上样前平衡问题
已经有10人回复
|
温度为450°，临界温度579°。 我模拟的是纯噻吩。 老是出现下面的问题？？ using the TraPPE-UA force field charge_assignment: bond increment Building the input file for molecule type: 1 unit: 1 name:Scc(thio) unit: 2 name:CH unit: 3 name:CH unit: 4 name:CH unit: 5 name:CH parameters not found for bond increment atoms 1 and 2 vib 1 names [Scc(thio) ][CH ] 希望你能帮我看看，万分感谢！！ |
4楼2014-06-23 14:34:10
2楼2014-06-22 20:21:42
|
恩， towhee_ff Version 14 Number of Nonbonded Types 2 Potential Type Lennard-Jones Classical Mixrule Lorentz-Berthelot Atom Type Number 1 Nonbond Coefficients 0.4680000000E+01 0.1000000000E+02 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 Mass 0.1301910000E+02 Element C Bond Pattern sp2 Base Charge 0.0000000000E+00 Polarizability 0.1000000000E+01 Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH CH CH Atom Type Number 2 Nonbond Coefficients 0.3600000000E+01 0.1800000000E+03 0.0000000000E+00 0.0000000000E+00 Mass 0.3206500000E+02 Element S Bond Pattern null Base Charge 0.0000000000E+00 Polarizability 0.1000000000E+01 Force Field Name TraPPE-UA Atom Names Scc(thio) Scc(thio) Scc(thio) Scc(thio) Number of Bonded Terms 2 Bond Type Number 1 Bond Style 1 Bond Coefficients 0.1710000000E+01 Vibration Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names Scc(thio) CH Bond Type Number 2 Bond Style 1 Bond Coefficients 0.1400000000E+01 Vibration Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH Number of Angle Terms 3 Angle Type Number 1 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.1115000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH Scc(thio) Angle Type Number 2 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.0922000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH Scc(thio) CH Angle Type Number 3 Angle Style 0 Angle Coefficients 0.1124000000E+03 0.1000000000E-04 Angle Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 1 Atom Names CH CH CH Number of Torsion Terms 1 Torsion Type Number 1 Torsion Style 8 One-Four Nonbond Logical T One-Four Coulombic Scaling 0.5000000000E+00 Torsion Coefficients Torsion Order wild Force Field Name TraPPE-UA Number of Atoms with Same Parameters 5 Atom Names Scc(thio) CH CH CH CH CH CH CH CH CH CH Scc(thio) CH CH Scc(thio) CH CH Scc(thio) CH CH Number of Improper Terms 0 Number of Angle-Angle Terms 0 Number of One-Five Types 0 Number of Bond Increments 2 Bond Increment Type Number 1 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH Scc(thio) Bond Increment Type Number 2 Bond Increment Value 0.0000000000E+00 Bond Increment Order aromatic Force Field Name TraPPE-UA Atom Names CH CH 输入文件： inputformat 'Towhee' ensemble 'nvt' temperature 450.00d0 nmolty 1 nmolectyp 300 numboxes 2 stepstyle 'cycles' nstep 5000 printfreq 100 blocksize 1000 moviefreq 2000 backupfreq 2000 runoutput 'full' pdb_output_freq 1000 pressurefreq 10 trmaxdispfreq 100 volmaxdispfreq 100 potentialstyle 'internal' ffnumber 1 ff_filename /home/lc/towhee-7.0.4/ForceFields/towhee_ff_TraPPE-UA classical_potential 'Lennard-Jones' classical_mixrule 'Lorentz-Berthelot' lshift .false. ltailc .true. rmin 1.0d0 rcut 14.0d0 rcutin 10.0d0 electrostatic_form 'none' linit .TRUE. initboxtype 'dimensions' initstyle 'full cbmc' 'full cbmc' initlattice 'simple cubic' 'simple cubic' initmol 50 250 inix iniy iniz 3 5 4 7 6 6 hmatrix 50.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 50.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 50.0d0 30.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 30.0d0 0.0d0 0.0d0 0.0d0 30.0d0 pmvol 0.00020d0 pmvlpr 1.0d0 rmvol 0.1d0 tavol 0.5d0 pm2boxcbswap 0.015d0 pm2cbswmt 1.0d0 pm2cbswpr 1.0d0 pmcb 0.3d0 pmcbmt 1.0d0 pmall 1.0d0 pmtracm 0.65d0 pmtcmt 1.0d0 rmtrac 0.5d0 tatrac 0.5d0 pmrotate 1.0d0 pmromt 1.0d0 rmrot 1.0d0 tarot 0.5d0 cbmc_formulation 'Martin and Frischknecht 2006' cbmc_setting_style 'Martin and Frischknecht' #trappe-ua Thiophene input_style 'basic connectivity map' nunit 5 nmaxcbmc 5 lpdbnames .FALSE. forcefield 'TraPPE-UA' charge_assignment 'bond increment' unit ntype 1 'Scc(thio)' vibration 2 2 5 improper torsion 0 unit ntype 2 'CH' vibration 2 1 3 improper torsion 0 unit ntype 3 'CH' vibration 2 2 4 improper torsion 0 unit ntype 4 'CH' vibration 2 3 5 improper torsion 0 unit ntype 5 'CH' vibration 2 1 4 improper torsion 0 |
3楼2014-06-23 14:29:51
5楼2014-06-25 21:10:54
