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992648352

银虫 (小有名气)

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[求助] 一些关于模拟汽液相平衡的问题（towhee新手）已有1人参与

本人最近在学习Towhee，尝试自己模拟简单的纯物质。出现了不少问题，想在这里请教一下大家。希望高手们解答！
1、自己写的input文件，charge_assignment这块我写的是bond-increment,但是运行的时候老是说找不到参数
parameters not found for bond increment
atoms  1 and  2 vib  1
names [CH    ]  [CH       ]
下面是力场文件相应的部分（格式应该不会错，我照着example写的）。
Bond Increment Type Number
         1
Bond Increment Value
0.0000000000E+00
Bond Increment Order
aromatic
Force Field Name
TraPPE-UA
Atom Names
CH       CH
2、后来这个问题得不到解决，因为所想模拟的物质不考虑电荷，所以就把”charge_assignment“这块改成了”none“。然后运行，但是模拟结果
的汽液密度最终都差不多一样了，这样的话就是不分相了。后来尝试改变盒子的大小，但是都得到的不分相。
“盒子里面的分子数目都是50/250，盒子的大小根据实际的文献密度给的（大致）。”
3、还有像请问下是不是各种move的概率问题，我大致给的概率是转动和平动分别是0.35,0.3。体积给的是0.002、交换给的是0.003、pmcb给的是0.29。

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1楼 2014-06-21 22:17:22

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豆豆sk8

银虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
992648352(月只蓝代发): 金币+5, 鼓励交流！ 2014-06-25 13:56:43

把力场文件贴上来吧，目测是你的格式有问题，比如 type number的1，前面的空格数可能不对。自己去原力场里面看看它的位置。
汽液相分不开，先试试减小汽液相盒子体积，你的汽液相盒子大小分别是多少？温度？温度有没有接近临界温度。
另外你的cut值设的多少？可以尝试减小截断半径值。

如果还不行，请帖输入和力场文件看看。

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Justskate

2楼2014-06-22 20:21:42

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992648352

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 豆豆sk8 at 2014-06-22 20:21:42
把力场文件贴上来吧，目测是你的格式有问题，比如 type number的1，前面的空格数可能不对。自己去原力场里面看看它的位置。
汽液相分不开，先试试减小汽液相盒子体积，你的汽液相盒子大小分别是多少？温度？温度有 ...

恩，
towhee_ff Version
      14
Number of Nonbonded Types
         2
Potential Type
Lennard-Jones
Classical Mixrule
Lorentz-Berthelot
Atom Type Number
         1
Nonbond Coefficients
0.4680000000E+01
0.1000000000E+02
0.0000000000E+00
0.0000000000E+00
Mass
0.1301910000E+02
Element
C
Bond Pattern
sp2
Base Charge
0.0000000000E+00
Polarizability
0.1000000000E+01
Force Field Name
TraPPE-UA
Atom Names
CH
CH
CH
CH
Atom Type Number
         2
Nonbond Coefficients
0.3600000000E+01
0.1800000000E+03
0.0000000000E+00
0.0000000000E+00
Mass
0.3206500000E+02
Element
S
Bond Pattern
null
Base Charge
0.0000000000E+00
Polarizability
0.1000000000E+01
Force Field Name
TraPPE-UA
Atom Names
Scc(thio)
Scc(thio)
Scc(thio)
Scc(thio)
Number of Bonded Terms
         2
Bond Type Number
         1
Bond Style
         1
Bond Coefficients
0.1710000000E+01
Vibration Order
wild
Force Field Name
TraPPE-UA
Number of Atoms with Same Parameters
         1
Atom Names
Scc(thio)  CH
Bond Type Number
         2
Bond Style
         1
Bond Coefficients
0.1400000000E+01
Vibration Order
wild
Force Field Name
TraPPE-UA
Number of Atoms with Same Parameters
         1
Atom Names
CH       CH
Number of Angle Terms
         3
Angle Type Number
         1
Angle Style
         0
Angle Coefficients
0.1115000000E+03
0.1000000000E-04
Angle Order
wild
Force Field Name
TraPPE-UA
Number of Atoms with Same Parameters
         1
Atom Names
CH       CH       Scc(thio)
Angle Type Number
         2
Angle Style
         0
Angle Coefficients
0.0922000000E+03
0.1000000000E-04
Angle Order
wild
Force Field Name
TraPPE-UA
Number of Atoms with Same Parameters
         1
Atom Names
CH       Scc(thio)  CH
Angle Type Number
         3
Angle Style
         0
Angle Coefficients
0.1124000000E+03
0.1000000000E-04
Angle Order
wild
Force Field Name
TraPPE-UA
Number of Atoms with Same Parameters
         1
Atom Names
CH       CH       CH
Number of Torsion Terms
         1
Torsion Type Number
         1
Torsion Style
         8
One-Four Nonbond Logical
T
One-Four Coulombic Scaling
0.5000000000E+00
Torsion Coefficients
Torsion Order
wild
Force Field Name
TraPPE-UA
Number of Atoms with Same Parameters
         5
Atom Names
Scc(thio)  CH       CH       CH
CH       CH       CH       CH
CH       CH       CH       Scc(thio)
CH       CH       Scc(thio)  CH
CH       Scc(thio)  CH       CH
Number of Improper Terms
         0
Number of Angle-Angle Terms
         0
Number of One-Five Types
         0
Number of Bond Increments
         2
Bond Increment Type Number
         1
Bond Increment Value
0.0000000000E+00
Bond Increment Order
aromatic
Force Field Name
TraPPE-UA
Atom Names
CH       Scc(thio)
Bond Increment Type Number
         2
Bond Increment Value
0.0000000000E+00
Bond Increment Order
aromatic
Force Field Name
TraPPE-UA
Atom Names
CH       CH
输入文件：
inputformat
'Towhee'
ensemble
'nvt'
temperature
450.00d0
nmolty
1
nmolectyp
300
numboxes
2
stepstyle
'cycles'
nstep
5000
printfreq
100
blocksize
1000
moviefreq
2000
backupfreq
2000
runoutput
'full'
pdb_output_freq
1000
pressurefreq
10
trmaxdispfreq
100
volmaxdispfreq
100
potentialstyle
'internal'
ffnumber
1
ff_filename
/home/lc/towhee-7.0.4/ForceFields/towhee_ff_TraPPE-UA
classical_potential
'Lennard-Jones'
classical_mixrule
'Lorentz-Berthelot'
lshift
.false.
ltailc
.true.
rmin
1.0d0
rcut
14.0d0
rcutin
10.0d0
electrostatic_form
'none'
linit
.TRUE.
initboxtype
'dimensions'
initstyle
'full cbmc'
'full cbmc'
initlattice
'simple cubic'
'simple cubic'
initmol
50
250
inix iniy iniz
3 5 4
7 6 6
hmatrix
50.0d0 0.0d0  0.0d0
0.0d0 50.0d0  0.0d0
0.0d0 0.0d0  50.0d0
30.0d0 0.0d0  0.0d0
0.0d0  30.0d0 0.0d0
0.0d0 0.0d0  30.0d0
pmvol
0.00020d0
      pmvlpr
      1.0d0
      rmvol
      0.1d0
      tavol
      0.5d0
pm2boxcbswap
0.015d0
      pm2cbswmt
      1.0d0
      pm2cbswpr
      1.0d0
pmcb
0.3d0
      pmcbmt
      1.0d0
      pmall
      1.0d0
pmtracm
0.65d0
      pmtcmt
      1.0d0
      rmtrac
      0.5d0
      tatrac
      0.5d0
pmrotate
1.0d0
      pmromt
      1.0d0
      rmrot
      1.0d0
      tarot
      0.5d0
cbmc_formulation
'Martin and Frischknecht 2006'
cbmc_setting_style
'Martin and Frischknecht'
#trappe-ua Thiophene
input_style
'basic connectivity map'
nunit
5
nmaxcbmc
5
lpdbnames
.FALSE.
forcefield
'TraPPE-UA'
charge_assignment
'bond increment'
unit ntype
1 'Scc(thio)'
vibration
2
2 5
improper torsion
0
unit ntype
2 'CH'
vibration
2
1 3
improper torsion
0
unit ntype
3 'CH'
vibration
2
2 4
improper torsion
0
unit ntype
4 'CH'
vibration
2
3 5
improper torsion
0
unit ntype
5 'CH'
vibration
2
1 4
improper torsion
0

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3楼2014-06-23 14:29:51

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引用回帖:

温度为450°，临界温度579°。
我模拟的是纯噻吩。
老是出现下面的问题？？
using the TraPPE-UA  force field
charge_assignment: bond increment
Building the input file for molecule type:    1
unit: 1 name:Scc(thio)
unit: 2 name:CH
unit: 3 name:CH
unit: 4 name:CH
unit: 5 name:CH
parameters not found for bond increment
atoms  1 and  2 vib  1
names [Scc(thio) ][CH       ]
希望你能帮我看看，万分感谢！！

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4楼2014-06-23 14:34:10

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