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haiyanqian木虫 (小有名气)
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[求助]
膜蛋白分子动力学模拟体系的构建
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| 本人想做跨膜蛋白的分子动力学模拟，蛋白同源模建后嵌入磷脂双分子层模型中，然后用Amber跑分子动力学。我的跨膜蛋白属于GPCR家族的，起初我是找了个rhodopsin加好膜和水的体系，我的蛋白跟rhodopsin的叠合后，将我的蛋白merge进去，然后保留了原来的膜和水。现在有个问题就是水层，因为loop区不一样，所以水层保留rhodopsin的水层会不会有问题？还有如果这种方法不行的话，怎样对已经加好的膜只加水层呢？急急急！！！在线等，麻烦哪位大侠给指导一下，不甚感激~~~ |
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