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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 截断半径设置问题
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)

[求助] 截断半径设置问题 已有2人参与

请教个问题：在用力场优化结构或者跑动力学的过程中，原则上截断半径应小于盒子最小边长的一半，但是我的结构用的盒子只有15-16A，
1、按照上述原则截断半径也太小了吧？
2、如果截断半径大于了盒子边长的一半对结果影响大吗？
3、文献中盒子大小跟我一样，但是没有提到具体截断半径数值
求指教！急！！
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1楼 2014-06-18 16:43:55
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-19 14:53:53
实际上并不是盒子半径，而是截断小于两倍的buffer，说盒子是因为把分子看成点来算的
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
2楼2014-06-18 17:01:39
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamthinking at 2014-06-18 17:01:39
实际上并不是盒子半径，而是截断小于两倍的buffer，说盒子是因为把分子看成点来算的

那我上面那个问题，改怎么解决呢？
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3楼2014-06-18 23:00:11
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-06-18 23:00:11
那我上面那个问题，改怎么解决呢？...

生物大分子来说，8-10埃的截断就可以了
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
4楼2014-06-18 23:17:14
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
如果计算只涉及能量，盒子尺寸大于截断半径即可；
如果要计算RDF等函数，盒子尺寸须大于截断半径的2两倍。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
5楼2014-06-19 08:40:26
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-06-19 08:40:26
如果计算只涉及能量，盒子尺寸大于截断半径即可；
如果要计算RDF等函数，盒子尺寸须大于截断半径的2两倍。

如果只计算能量的话，是不是截断半径必须得小于盒子尺寸？如果截断半径比盒子尺寸还大的话是不是结果不太准确？
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6楼2014-06-19 17:31:04
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 小虫_sang at 2014-06-19 17:31:04
如果只计算能量的话，是不是截断半径必须得小于盒子尺寸？如果截断半径比盒子尺寸还大的话是不是结果不太准确？...

对的。如果盒子尺寸比截断半径小的话，计算能量的时候，待考察原子团会和自己的周期性“镜像”作用。
扩展盒子尺寸很有必要。
如果一定要用目前的盒子的话，把截断半径设置得小一些。
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7楼2014-06-19 17:43:02
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小虫_sang

铁虫 (正式写手)
首先感谢回复，不过我还有点疑问：
计算能量时为什么要避免自身的“镜像”原子团的影响呢？其他原子的“镜像”不用避免吗？
例如：如果截断半径大于盒子尺寸一半了，那么粒子 i 岂不是同时与粒子 j 及其其镜像粒子 j’ 相互作用，这样可以吗？
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8楼2014-06-20 18:55:31
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