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margaretli银虫 (初入文坛)
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如何将像TXT那样的蛋白质结构信息变成可识别的PDB结构，求大神指点。。。拜托拜托已有2人参与
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REMARK Written by O version 9.0.7 CRYSTI 41.792 40.008 52.071 90.00 105.83 90.00 ORIGXl 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SCALEl 0.023928 -0.000001 0.006784 0.00000 SCALE2 0.000000 0.024995 -0.000001 0.00000 SCALES 0.000000 0.000000 0.019961 0.00000 ATOM 1 N ALA A 1 15.756 6.560 -10.373 1.00 30.78 ATOM 2 CA ALA A 1 16.093 6.323 -8.944 1.00 29.95 ATOM 3 CB ALA A 1 15.708 7.535 -8.107 1.00 30.54 ATOM 4 C ALA A 1 15.397 5.066 -8.426 1.00 29.34 ATOM 5 O ALA A 1 14.165 4.991 -8.415 1.00 29.88 ATOM 6 N ALA A 2 16.190 4.079 -8.013 1.00 28.31 ATOM 7 CA ALA A 2 15.653 2.839 -7.447 1.00 26.70 ATOM 8 CB ALA A 2 16.739 1.776 -7.330 1.00 27.15 ATOM 9 C ALA A 2 15.066 3.147 -6.080 1.00 25.29 ATOM 10 O ALA A 2 15.671 3.887 -5.294 1.00 25.34 ATOM 11 N ALA A 3 13.888 2.584 -5.813 1.00 23.09 ATOM 12 CA ALA A 3 13.185 2.797 -4.545 1.00 21.06 这种形式提供的蛋白质信息，我保存到TXT后把后缀名改成PDB。但是软件打开后什么也没显示。是我里面的格式不对吗？？应该是什么样格式的。。求指导》》》求变成PDB可识别格式。求方法。。。 |
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2014-06-08 21:27:20, 90.15 K
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2楼2014-06-08 21:52:14
keke_1210
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PDB文件的格式这里有个链接，你可以看下： http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html |
3楼2014-06-09 10:53:03
margaretli
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margaretli(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-06-17 15:54:30
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我猜你是直接在txt文件里修改的吧？ 你仔细看看你的文件和PDB文件格式对应上了吗？ |
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2014-06-14 21:35:39, 22.91 K
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margaretli
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我对照http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html 网上的格式改过了。。有显示一小段蛋白质，，但是很多还是单个原子。。 |
8楼2014-06-15 20:59:37