| 查看: 1838 | 回复: 7 | ||
margaretli银虫 (初入文坛)
|
[求助]
如何将像TXT那样的蛋白质结构信息变成可识别的PDB结构，求大神指点。。。拜托拜托 已有2人参与
|
|
REMARK Written by O version 9.0.7 CRYSTI 41.792 40.008 52.071 90.00 105.83 90.00 ORIGXl 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SCALEl 0.023928 -0.000001 0.006784 0.00000 SCALE2 0.000000 0.024995 -0.000001 0.00000 SCALES 0.000000 0.000000 0.019961 0.00000 ATOM 1 N ALA A 1 15.756 6.560 -10.373 1.00 30.78 ATOM 2 CA ALA A 1 16.093 6.323 -8.944 1.00 29.95 ATOM 3 CB ALA A 1 15.708 7.535 -8.107 1.00 30.54 ATOM 4 C ALA A 1 15.397 5.066 -8.426 1.00 29.34 ATOM 5 O ALA A 1 14.165 4.991 -8.415 1.00 29.88 ATOM 6 N ALA A 2 16.190 4.079 -8.013 1.00 28.31 ATOM 7 CA ALA A 2 15.653 2.839 -7.447 1.00 26.70 ATOM 8 CB ALA A 2 16.739 1.776 -7.330 1.00 27.15 ATOM 9 C ALA A 2 15.066 3.147 -6.080 1.00 25.29 ATOM 10 O ALA A 2 15.671 3.887 -5.294 1.00 25.34 ATOM 11 N ALA A 3 13.888 2.584 -5.813 1.00 23.09 ATOM 12 CA ALA A 3 13.185 2.797 -4.545 1.00 21.06 这种形式提供的蛋白质信息，我保存到TXT后把后缀名改成PDB。但是软件打开后什么也没显示。是我里面的格式不对吗？？应该是什么样格式的。。求指导》》》求变成PDB可识别格式。求方法。。。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : rc.txt
2014-06-08 21:27:20, 90.15 K
» 猜你喜欢
336求调剂，一志愿中科大
已经有6人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
071000生物学，一志愿深圳大学296分，求调剂
已经有3人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有19人回复
-
274求调剂求调剂
已经有7人回复
-
277工科求调剂
已经有10人回复
-
283分求调剂
已经有10人回复
-
295求调剂
已经有16人回复
-
0703化学
已经有23人回复
-
283求调剂
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？
已经有12人回复
- 求大神人帮忙画一个2，3-二氯丙烷的3D分子结构图
已经有3人回复
- 如何分析蛋白序列的二级结构和三级结构
已经有4人回复
- 怎样把膜的pdb文件转换成gro文件？
已经有9人回复
- 既然NAMD是模拟多肽的结构，为什么有需要一个pdb文件作为input呢？
已经有4人回复
- 谁能帮我从PDB库里下一个CDK1 ,CDK2，以及BCL-2蛋白质的PDB结构啊？
已经有9人回复
- 询问在PDB数据库查找蛋白质结构
已经有14人回复
2楼2014-06-08 21:52:14
keke_1210
木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 3050.7
- 红花: 1
- 帖子: 122
- 在线: 123.7小时
- 虫号: 1999637
- 注册: 2012-09-14
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
margaretli: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-06-09 12:01:51
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:54:16
感谢参与，应助指数 +1
margaretli: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-06-09 12:01:51
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:54:16
|
PDB文件的格式这里有个链接，你可以看下： http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html |
3楼2014-06-09 10:53:03
margaretli
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 672.5
- 帖子: 33
- 在线: 40.2小时
- 虫号: 2158144
- 注册: 2012-11-30
- 性别: MM
- 专业: 临床药理
4楼2014-06-09 12:01:42
margaretli
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 672.5
- 帖子: 33
- 在线: 40.2小时
- 虫号: 2158144
- 注册: 2012-11-30
- 性别: MM
- 专业: 临床药理
5楼2014-06-09 12:02:46
margaretli
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 672.5
- 帖子: 33
- 在线: 40.2小时
- 虫号: 2158144
- 注册: 2012-11-30
- 性别: MM
- 专业: 临床药理
6楼2014-06-13 12:00:05
【答案】应助回帖
★ ★
margaretli(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-06-17 15:54:30
margaretli(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-06-17 15:54:30
|
我猜你是直接在txt文件里修改的吧？ 你仔细看看你的文件和PDB文件格式对应上了吗？ |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : pdb文件格式.gif
2014-06-14 21:35:39, 22.91 K
7楼2014-06-14 21:35:56
margaretli
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 672.5
- 帖子: 33
- 在线: 40.2小时
- 虫号: 2158144
- 注册: 2012-11-30
- 性别: MM
- 专业: 临床药理
|
我对照http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html 网上的格式改过了。。有显示一小段蛋白质，，但是很多还是单个原子。。 |
8楼2014-06-15 20:59:37
