24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3177  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] Material studio dynamics模拟后分子跑出盒子! 已有1人参与

建立了3*3*3的晶胞以及一个水层,叠加后进行了200p的dynamics模拟,但是模拟后体系中部分分子跑出了盒子外。在display style--lattice中,有几个选项,分别是default/in-cell/original/none,选择了in-cell之后则盒子外的分子都不显示了,并且盒子内多出了一些分子(猜测是其他单元跑进来的?)。求问,选择in-cell进行分析是不是和default等价?或者能不能在动力学模拟的时候限制分子不跑出盒子外?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

番茄龙利鱼

银虫 (正式写手)

我也遇到了同样的问题,跑出去是正常的?
8楼2019-11-20 14:31:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
吉米爱多: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-06-01 09:04:45
跑出盒子不影响结果,display style中的设置主要是为了方便查看。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-05-31 18:12:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-05-31 18:12:08
跑出盒子不影响结果,display style中的设置主要是为了方便查看。

谢谢。我看别人的一些论文中模拟区域始终是在一个盒子内的,没有出现分子跑到盒子外面的情况,这样看起来也比较好看。如果我分析的时候选择in-cell会不会得到一样的结果呢?还是别人截图的时候只截了盒子内的图,而跑到盒子外的分子没有截?
3楼2014-05-31 19:10:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2014-05-31 19:10:35
谢谢。我看别人的一些论文中模拟区域始终是在一个盒子内的,没有出现分子跑到盒子外面的情况,这样看起来也比较好看。如果我分析的时候选择in-cell会不会得到一样的结果呢?还是别人截图的时候只截了盒子内的图,而 ...

有周期性条件的限制,跑盒子不影响结果,display的方式和结果无关。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-05-31 20:27:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +16 李李不服输 2026-03-26 16/800 2026-03-30 17:47 by wangjy2002
[考研] 297求调剂 +14 田洪有 2026-03-26 15/750 2026-03-30 17:42 by 晴空210210
[考研] 材料调剂 +11 匹克i 2026-03-23 11/550 2026-03-30 17:05 by 晴空210210
[考研] 303求调剂 +4 DLkz1314. 2026-03-30 4/200 2026-03-30 16:18 by JourneyLucky
[基金申请] 面上5B能上会吗? +7 redcom 2026-03-29 7/350 2026-03-30 12:44 by 爱搞研究的小孩
[考研] 318求调剂 +7 陈晨79 2026-03-30 7/350 2026-03-30 10:49 by 探123
[考研] 求调剂,一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-03-29 8/400 2026-03-30 10:41 by AZMK
[考研] 281求调剂 +4 亚克西good 2026-03-26 6/300 2026-03-29 21:06 by 啊李999
[考研] 【求调剂】085601材料工程专硕 | 总分272 | +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-29 20:21 by dophin1985
[考研] 08工科求调剂286 +3 tgs_001 2026-03-28 3/150 2026-03-29 18:29 by 1018329917
[考研] 291求调剂 +5 Y-cap 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:18 by mumin1990
[考研] 298求调剂 +3 种圣赐 2026-03-29 3/150 2026-03-29 12:06 by longlotian
[考研] 316求调剂 +7 江辞666 2026-03-26 7/350 2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 083000学硕274求调剂 +8 Li李鱼 2026-03-26 8/400 2026-03-28 20:33 by 加油向未来啊
[考研] 复试调剂 +3 raojunqi0129 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:27 by 落睿可思
[考研] 299求调剂 +7 嗯嗯嗯嗯2 2026-03-27 7/350 2026-03-28 13:09 by 唐沐儿
[考研] 085701环境工程求调剂 +9 多久上课 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:58 by fmesaito
[考研] 315调剂 +4 0860求调剂 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:23 by wangjy2002
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
信息提示
请填处理意见