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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Material studio dynamics模拟后分子跑出盒子！
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] Material studio dynamics模拟后分子跑出盒子！ 已有1人参与

建立了3*3*3的晶胞以及一个水层，叠加后进行了200p的dynamics模拟，但是模拟后体系中部分分子跑出了盒子外。在display style--lattice中，有几个选项，分别是default/in-cell/original/none，选择了in-cell之后则盒子外的分子都不显示了，并且盒子内多出了一些分子（猜测是其他单元跑进来的？）。求问，选择in-cell进行分析是不是和default等价？或者能不能在动力学模拟的时候限制分子不跑出盒子外？
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1楼 2014-05-31 16:09:46
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
吉米爱多: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-06-01 09:04:45
跑出盒子不影响结果，display style中的设置主要是为了方便查看。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-05-31 18:12:08
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-05-31 18:12:08
跑出盒子不影响结果，display style中的设置主要是为了方便查看。

谢谢。我看别人的一些论文中模拟区域始终是在一个盒子内的，没有出现分子跑到盒子外面的情况，这样看起来也比较好看。如果我分析的时候选择in-cell会不会得到一样的结果呢？还是别人截图的时候只截了盒子内的图，而跑到盒子外的分子没有截？
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3楼2014-05-31 19:10:35
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2014-05-31 19:10:35
谢谢。我看别人的一些论文中模拟区域始终是在一个盒子内的，没有出现分子跑到盒子外面的情况，这样看起来也比较好看。如果我分析的时候选择in-cell会不会得到一样的结果呢？还是别人截图的时候只截了盒子内的图，而 ...

有周期性条件的限制，跑盒子不影响结果，display的方式和结果无关。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-05-31 20:27:08
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
经常被问到的问题 如果你理解"周期性"概念就不会问这问题了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2014-06-01 08:35:13
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2014-06-01 08:35:13
经常被问到的问题 如果你理解"周期性"概念就不会问这问题了

谢谢。因为原先盒子里的分子做了标记，模拟结束其他盒子内的分子跑进来是没有标记的，这样说来这两种分子应该是没有区别的~
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6楼2014-06-01 09:06:46
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-05-31 20:27:08
有周期性条件的限制，跑盒子不影响结果，display的方式和结果无关。...

感谢~
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7楼2014-06-01 09:07:13
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番茄龙利鱼

银虫 (正式写手)
我也遇到了同样的问题，跑出去是正常的?
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8楼2019-11-20 14:31:58
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pl950

禁虫
本帖内容被屏蔽
9楼2020-01-02 09:46:55
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pl810

禁虫
本帖内容被屏蔽
10楼2020-01-03 11:14:25
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