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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] Material studio dynamics模拟后分子跑出盒子!已有1人参与

建立了3*3*3的晶胞以及一个水层,叠加后进行了200p的dynamics模拟,但是模拟后体系中部分分子跑出了盒子外。在display style--lattice中,有几个选项,分别是default/in-cell/original/none,选择了in-cell之后则盒子外的分子都不显示了,并且盒子内多出了一些分子(猜测是其他单元跑进来的?)。求问,选择in-cell进行分析是不是和default等价?或者能不能在动力学模拟的时候限制分子不跑出盒子外?
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
吉米爱多: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-06-01 09:04:45
跑出盒子不影响结果,display style中的设置主要是为了方便查看。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-05-31 18:12:08
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-05-31 18:12:08
跑出盒子不影响结果,display style中的设置主要是为了方便查看。

谢谢。我看别人的一些论文中模拟区域始终是在一个盒子内的,没有出现分子跑到盒子外面的情况,这样看起来也比较好看。如果我分析的时候选择in-cell会不会得到一样的结果呢?还是别人截图的时候只截了盒子内的图,而跑到盒子外的分子没有截?
3楼2014-05-31 19:10:35
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2014-05-31 19:10:35
谢谢。我看别人的一些论文中模拟区域始终是在一个盒子内的,没有出现分子跑到盒子外面的情况,这样看起来也比较好看。如果我分析的时候选择in-cell会不会得到一样的结果呢?还是别人截图的时候只截了盒子内的图,而 ...

有周期性条件的限制,跑盒子不影响结果,display的方式和结果无关。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-05-31 20:27:08
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

经常被问到的问题 如果你理解"周期性"概念就不会问这问题了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2014-06-01 08:35:13
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2014-06-01 08:35:13
经常被问到的问题 如果你理解"周期性"概念就不会问这问题了

谢谢。因为原先盒子里的分子做了标记,模拟结束其他盒子内的分子跑进来是没有标记的,这样说来这两种分子应该是没有区别的~
6楼2014-06-01 09:06:46
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-05-31 20:27:08
有周期性条件的限制,跑盒子不影响结果,display的方式和结果无关。...

感谢~
7楼2014-06-01 09:07:13
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番茄龙利鱼

银虫 (正式写手)

我也遇到了同样的问题,跑出去是正常的?
8楼2019-11-20 14:31:58
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本帖内容被屏蔽

9楼2020-01-02 09:46:55
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本帖内容被屏蔽

10楼2020-01-03 11:14:25
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