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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 高通量测序中PCR扩增偏向性问题
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)

[求助] 高通量测序中PCR扩增偏向性问题 已有1人参与

谁能给一个好的详细的说明
最好有相关文献
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1楼 2014-05-18 14:34:05
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
大爷给跪了: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-05-18 15:05:22
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-18 17:19:38
曾经在测序公司工作过，现在不做测序很久了。无法给你相关文献。说说我对这个问题的理解吧。
无论是一代测序还是二代测序，都是对一群DNA分子的测序，就是说要经过PCR。据说三代测序可以实现单分子测序。
二代测序中，需要制备测序文库，在文库制备或者测序过程中就会出现提主所说的PCR偏向性问题了。在同一体系中，高GC、有二级结构的片段显然被扩增的机会相对少。在测序结果中，某一片段的重复数，究竟是样品本身真实情况还是由于PCR带来的，就会出现偏差。从而对测序结果产生影响。
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2楼2014-05-18 15:03:11
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by BioChen at 2014-05-18 15:03:11
曾经在测序公司工作过，现在不做测序很久了。无法给你相关文献。说说我对这个问题的理解吧。
无论是一代测序还是二代测序，都是对一群DNA分子的测序，就是说要经过PCR。据说三代测序可以实现单分子测序。
二代测序 ...

这可能和碱基配对中gc需要三个键以及二级结构的打开需要更多的能量有关。我也是这么觉得，但是一直都没找到相关的文献支持，只是猜测。

谢谢你
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3楼2014-05-18 15:09:18
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