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inovermyhead

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[求助] 求助，第一次用MrBayes算进化树的问题。已有2人参与

我用MrBayes运算进化树，MCMC抽样，已经运算了1000万代了（48小时），但是Average standard deviation of split frequencies 始终在0.02以上，从600万代以后就降不下了，请问如何能降下来？ lset nst = 6 rates = invgamma ，samplefreq = 5000。
是否和比对后序列的剪切有关，我没有剪切序列。请问还能设定那些参数？

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1楼 2014-05-15 16:23:07

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growlywolf

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【答案】应助回帖

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inovermyhead(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-17 19:13:30
inovermyhead: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢你，我剪切了一下序列，好点了，其他参数设置上有没有什么优化？ 2014-05-19 08:45:12

序列差异较大的情况下做进化树是会出现这个问题。
如果是编码序列，可以考虑只用核心保守结构域。
另外，不要用clustal做序列比对了，准确性太低。推荐muscle