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inovermyhead

新虫 (小有名气)

[求助] 求助,第一次用MrBayes算进化树的问题。 已有2人参与

我用MrBayes运算进化树,MCMC抽样,已经运算了1000万代了(48小时),但是Average standard deviation of split frequencies 始终在0.02以上,从600万代以后就降不下了,请问如何能降下来? lset nst = 6 rates = invgamma ,samplefreq = 5000。
是否和比对后序列的剪切有关,我没有剪切序列。请问还能设定那些参数?
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
inovermyhead(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-17 19:13:30
inovermyhead: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢你,我剪切了一下序列,好点了,其他参数设置上有没有什么优化? 2014-05-19 08:45:12
序列差异较大的情况下做进化树是会出现这个问题。
如果是编码序列,可以考虑只用核心保守结构域。
另外,不要用clustal做序列比对了,准确性太低。推荐muscle
2楼2014-05-17 11:42:05
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-06-03 16:17:12
不要意思,我用这玩意儿做进化树还是七八年前的事情,具体设置早就忘记了
3楼2014-05-19 10:43:20
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lq102021

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-06-03 16:17:15
你使用核酸还是蛋白序列啊?你的参数时怎么设置的,我用的是蛋白序列,用modeltest检测最适模型为JTT+I+G,但是我不知道如何设置lset 和prset,你是怎么设的? 我估计你的问题和我的问题是一样的。还是求有经验的人解答一下吧
4楼2014-06-02 20:31:28
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inovermyhead

新虫 (小有名气)

我用的核算序列,lset=6, 蛋白序列不会设啊.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2014-06-02 20:33:37
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