| 查看: 2100 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
LAMMPS并行的问题，并行运行过程出错。
|
||
|
小弟刚刚开始接触lammps有些地方弄的不太懂，自己的写了一个in文件，但是并行运算的时候却出错了，刚刚安装好的时候用examples试试没出错啊 in文件： units real atom_style full dimension 3 boundary p p p read_data nacl.dat mass 1 22.990 mass 2 35.45 mass 3 12.011 pair_style lj/cut/coul/long 12.0 10.0 #pair_style lj/cut 10.0 pair_coeff 1 1 0.1247 2.8760 10.0 pair_coeff 1 2 0.1247 3.3305 10.0 pair_coeff 1 3 0.1715 3.0455 10.0 pair_coeff 2 2 0.1247 3.785 10.0 pair_coeff 2 3 0.2353 3.5 10.0 pair_coeff 3 3 0.23590 3.215 10.0 #pair_coeff 3 4 0.00000 0.0000 10.0 #pair_coeff 4 4 0.1554253 3.165492 10.0 #bond_style harmonic #bond_coeff 1 1059.162 1.0 #angle_style harmonic #angle_coeff 1 75.90 109.47 kspace_style pppm 1.0e-5 #region 1 block -1.000 111.0729 -1.000 111.0729 -1.000 19.7200 units box #group wall region 1 #group boundary union wall group wall type 3 velocity wall set 0.0 0.0 0.0 units box fix freeze wall setforce 0.0 0.0 0.0 #region 2 block 35.97588 74.18446 35.92865 74.42011 19.80574 57.4911 units box group salt type 1 2 velocity salt create 1500.0 4928459 dist gaussian #fix fixShake water shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 #fix 1 wall nvt temp 0.00 0.00 0.05 fix 1 salt nvt temp 1500.0 1500.0 50 #fix 1 all wall/region 1 lj126 1.0 1.0 10.0 #fix 1 all wall/lj126 v_wiggle 23.2 1.0 1.0 10.0 thermo_style custom step temp press pe etotal ke enthalpy evdwl ecoul epair ebond eangle emol vol lx ly lz thermo 100 timestep 0.5 compute 1 all temp dump 1 salt custom 100 dump.atom id type mass x y z xs ys zs vx vy vz fx fy fz #restart 100000 poly.restart run 50000 并行出现的错误：Step Temp Press PotEng TotEng KinEng Enthalpy E_vdwl E_coul E_pair E_bond E_angle E_mol Volume Lx Ly Lz 0 371.45178 nan nan nan 11584.918 nan 2.2250234e+08 -122066.63 nan 0 0 0 1132876.4 101.88 109.1452 101.88 ERROR on proc 0: Out of range atoms - cannot compute PPPM (../pppm.cpp:1905) application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 =================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 1 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGE 但是 让小弟有人说是timesetp太大，该了之后还是不行，但是用单机的lmp——serial却是可以跑！ 那就是说是并行问题，但是好多人都说是模型问题，真心求大神解释下是什么原因，怎么该才好 |
回复此楼» 猜你喜欢
304求调剂
已经有6人回复
-
材料工程专硕调剂
已经有6人回复
-
一志愿天大材料与化工（085600）总分338
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有3人回复
-
求材料调剂
已经有8人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有5人回复
-
一志愿华中科技大学，080502，354分求调剂
已经有4人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有6人回复
-
085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以）
已经有3人回复
-
330求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- vasp5.3.3并行编译出错
已经有10人回复
- 运行bands.x出错
已经有5人回复
- Lammps在fedora14下并行安装出错
已经有3人回复
- Fluent 14.5 并行计算问题
已经有10人回复
- 求助各位前辈帮我看看安装并行安装LAMMPS中的问题
已经有5人回复
- siesta并行计算出错
已经有5人回复
- LAMMPS并行安装问题
已经有4人回复
- MS服务器并行计算出错
已经有6人回复
- 关于运行lammps计算是的问题
已经有4人回复
- 并行vasp运行问题
已经有10人回复
- 请教matlab在linux下的并行问题
已经有18人回复
- LAMMPS并行计算的问题（cpu——time关系）
已经有17人回复
- mpirun并行运行问题
已经有3人回复
- 安装lammps并行编译时 出现的问题
已经有5人回复
- vasp 集群并行出错
已经有7人回复
- VASP并行计算出错
已经有9人回复
- 运行已经编译好的资源：vasp52opt.rar 出现并行不能用的问题！
已经有3人回复
- Windows下编译安装MuSic code
已经有22人回复
- 【求助】运行并行版的DL_POLY的时候，出现的问题
已经有8人回复
- 【求助】MS5.0并行安装出错了
已经有5人回复
- 【求助】turbomole并行的问题
已经有10人回复
- 【求助】Lammps 多机并行的问题
已经有11人回复
tyfx123
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5939.4
- 散金: 1332
- 红花: 5
- 帖子: 417
- 在线: 80.6小时
- 虫号: 722728
- 注册: 2009-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2018-06-26 19:32:55
mileyfan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 221.8
- 帖子: 53
- 在线: 42.4小时
- 虫号: 3333003
- 注册: 2014-07-21
- 专业: 气体放电与放电等离子体技
2楼2015-07-18 17:27:34
3楼2015-07-27 10:02:26
江夏青年
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 609.7
- 散金: 564
- 帖子: 160
- 在线: 130.2小时
- 虫号: 3907282
- 注册: 2015-06-03
- 性别: GG
- 专业: 金属结构材料
4楼2016-02-27 16:35:17
50