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lmylmy

木虫 (小有名气)

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[资源] Windows下编译安装MuSic code

最近学习了版主ghcacj关于Music的帖子，受益良多，终于成功的在Linux下重复了Tina主页提供的IRMOF1吸附甲烷的例子，在此对版主ghcacj的无私奉献表示感谢。

安装过程中发现，最新的Intel Fortran XE用了编译Music是有点问题的，不可避免的出现了“段错误”，所以不推荐使用，我最终是用来11.0的版本才解决了“段错误”的问题。

我最初曾经尝试过在windows下编译安装Music code，那时候经验不多，后来放弃了。但是经过此次在linux下的安装经验，终于解决了原先的一些问题。现在可以正常的在Windows7操作系统下编译运行Music了，也成功的重复了IRMOF1吸附甲烷的例子。

现将在windows下安装的一些经验分享给大家，这也是对版主ghcacj帖子的一个小小补充。这对于一些不熟悉linux的网友还是有可取之处的。Music中的每个文件的具体内容和含义，请参见版主ghcacj的帖子，这里只描述具体的安装编译过程。

1. 所需程序
（1）Visual Studio 2008: 只需要安装其中的C++组件即可（如果你不需要其他的应用，完全安装需要很大的磁盘空间）。VS2008可以用学校的邮箱在微软网页上申请到免费的版本，目前应该是VS2010了，具体的可以在网上查找一下；
（2）Intel Visual FORTRAN Complier 11.0.072：最新的XE版有点小问题，会出现段错误，不建议使用。11.0这个版本网上也很容易找到；
（3）Windows下的perl：strawberry-perl-5.12.3.0，用来运行makemake，生产编译用的makefile文件。可以从其官方网页下载，是免费的（http://strawberryperl.com/ ）；
（4）Windows下的Make：GNUwin32 Make-3.81，用了执行makefile文件，可以从其官方网页下载，也是免费的  （http://gnuwin32.sourceforge.net/packages.html ）。
GNUMake和perl都是很小的软件，安装之后，可以在系统环境变量中path中添加C:\strawberry\perl\bin;C:\Program Files\GnuWin32\bin这两条路径，注意用分号与原先的项隔开，这样可以避免运行的时候输入完整的路径。这里给的路径是默认安装的路径，如果选择了其他路径，要做相应的修改。

2. 编译  （编译过程和版主ghcacj介绍的在linux下的方法类似，只是稍有不同。）
（1）MuSic源代码的获取：直接从Snurr Research Group的主页下载，下载之前先需要先给Snurr教授发封邮件。http://zeolites.cqe.northwestern.edu/software.php ；
（2）将MuSic源代码解压到D:\music目录下，（或者你喜欢的工作目录），解压之后其中应该包含[ctrlfiles], [drivers], [src], [tests]和[utils] 5个目录以及GPL和license 2个文件；
（3）编辑makemake文件
   首先需要修改 [scr]目录中的makemake文件，修改项如下（假设你用的是UltraEdit编辑器，可以显示行号，此处的行号指的是修改之前的行号）：
第120行: FC = defaultCompiler  >>> FC = ifort                (! 设定ifort为默认编译器)
第149行：F90FLAGS = -g -debug all -check all # -O3 # -DSPME # untested options >>>
               F90FLAGS = /heap-arrays:64 /fpp /fpe:3 /fast /debug:full /check:noarg_temp_created /O3 # -DSPME # untested options
第150行：F77FLAGS =  # -O3 >>>    F77FLAGS = /heap-arrays:64 /fpp /fpe:3 /fast /debug:full /check:noarg_temp_created /O3    （！添加适当的编译选项）
第209行：%.o : %.F90 >>> %.obj : %.F90    （！windows下编译过程中的目标文件为*.obj，linux下的为*.o）
第211行：%.o : %.F    >>> %.obj : %.F
第221行：$objectfile =~ s/(.*?\.)F90/$1o/i; >>>    $objectfile =~ s/(.*?\.)F90/$1obj/i;
第222行：$objectfile =~ s/(.*?\.)F/$1o/;    >>>    $objectfile =~ s/(.*?\.)F/$1obj/;
第235行：$(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(LINKERFLAGS) $(OBJECTS)  -o ../$(CMD) >>>
               $(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(LINKERFLAGS) $(OBJECTS)  /o ../$(CMD)
第238行：$(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(OBJECTS) -o ../$(CMD)       >>>
               $(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(OBJECTS) /o ../$(CMD)
第241行：/bin/rm -f *.o *.i *.il *.mod a.out make.log >>> /bin/rm -f *.obj *.i *.il *.mod a.out make.log
第244行：rm -f *.o *.i          >>>    rm -f *.obj *.i
第266行：$objfile = $rootname.".o"; >>>  $objfile = $rootname.".obj";
第270行：print OUTFILE (" $$sortedfiles[$f]{modarray}[$i].o"

; >>>
print OUTFILE (" $$sortedfiles[$f]{modarray}[$i].obj"

;
另外从第157至199行的内容可以删除，对我们没什么用处，保留也可以，没有影响。
（4）编译  （编译了tinu网页上给出的5个代码：music_mapmaker.F90， music_mapdisplay.F90， music_md.F90， music_gcmc.F90， music_post.F90）
   以music_mapmaker.F90为例：
   从[drivers]中将music_mapmaker.F90复制到[src]中，将文件名改为music.F90，网页上说明F必须大写，这可能与linux下实施区分字母大小有关。
   从开始--程序--intel fortran的目录中进入带fortran编译环境的命令提示符窗口（cmd窗口），我用的是IA-32模式。
   在此cmd窗口中进入工作目录，比如 d:\music\src
   输入 perl makemake 回车（！生产一个新的makefile文件）
   输入 make 回车，编译开始
   编译结束后在music目录中会生成一个post.exe文件，将其重新命名为mapmaker.exe。至此，完成一个完整的编译过程。
   将[src]目录中的music.F90以及编译过程中生存*.obj *.mod文件全部删除，按照以上的步骤编译下一个代码。
   最终得到mapmaker.exe，mapdisplay.exe，md.exe，gcmc.exe和post.exe 这5个可执行文件。

3. 运行
首先从tinu的主页上下载IRMOF1吸附CH4的例子
Pmap make : http://www.see.ed.ac.uk/~tduren/ ... orial/make_pmap.tar
gcmc    : http://www.see.ed.ac.uk/~tduren/research/music/Tutorial/gcmc.tar

（1）将make_pmap.tar解压到 d:\make_pmap, 在其中发现4个文件夹[atoms], [molecules], [pmaps]和 [run]，
新开一个cmd窗口，进入 d:\make_pmap\run
设置环境变量 windows下与linux少有不同，就是将set_path中的内容稍加修改:

set ATOMSDIR=d:\make_pmap\atoms 回车
set MOLSDIR=d:\make_pmap\molecules 回车
set PMAPDIR=d:\make_pmap\pmaps  回车

如果不想逐条输入，也可以建一个*.bat的批处理文件将上面的内容写进去，然后执行。

环境变量设定好之后，就可以开始运行，生产Pmap文件，将mapmaker.exe复制到[run],然后在cmd中执行：
mapmaker.exe ctr.map.IRMOF1.CH4 > pmap.log             （！> pmap.log 会生成一个记录文件，其中包含了一些有用的信息，不加也行，建议加上）
运行结束后会生成IRMOF1.CH4.UFF.pmap文件，~50M，备用。

（2）将gcmc.tar解压到 d:\gcmc, 其中也包含4个文件夹[atoms], [molecules], [pmaps]和 [run]，
   将先前得到的IRMOF1.CH4.UFF.pmap文件复制到 [pmaps]中，将gcmc.exe和post.exe复制到[run]中。

新开一个cmd窗口，进入 d:\gcmc\run
设置环境变量:
set ATOMSDIR=d:\gcmc\atoms 回车
set MOLSDIR=d:\gcmc\molecules 回车
set PMAPDIR=d:\gcmc\pmaps  回车

然后执行gcmc.exe gcmc.Methane.IRMOF1 > gcmc.log
运行结束后，生产各15个*.res和*.con文件。
（3）继续进行post得到isotherm数据
d:\gcmc\run 中的post.ctr文件有个小错误，要修改一下
第8行：IRMOF.Methane.con       # basename for config files    >>>
            IRMOF1.Methane.con       # basename for config files
继续在先前的cmd窗口中执行（若新开cmd窗口，要再次设定环境变量）
post.exe post.ctr > post.log

运行结束后会得到isotherm.Methane文件，其中包含了isotherm的信息。

至此全部运行结束，至于将吸附数值由total转换成excess，可以在excel中完成，可参见版主ghcacj的相关帖子。
**************************
欢迎讨论！

[ Last edited by lmylmy on 2011-7-14 at 01:25 ]

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