| 查看: 6972 | 回复: 22 | |||||||||
| 【奖励】 本帖被评价10次，作者lmylmy增加金币 8 个 | |||||||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||||||
[资源]
Windows下编译安装MuSic code
|
|||||||||
|
最近学习了版主ghcacj关于Music的帖子，受益良多，终于成功的在Linux下重复了Tina主页提供的IRMOF1吸附甲烷的例子，在此对版主ghcacj的无私奉献表示感谢。 安装过程中发现，最新的Intel Fortran XE用了编译Music是有点问题的，不可避免的出现了“段错误”，所以不推荐使用，我最终是用来11.0的版本才解决了“段错误”的问题。 我最初曾经尝试过在windows下编译安装Music code，那时候经验不多，后来放弃了。但是经过此次在linux下的安装经验，终于解决了原先的一些问题。现在可以正常的在Windows7操作系统下编译运行Music了，也成功的重复了IRMOF1吸附甲烷的例子。 现将在windows下安装的一些经验分享给大家，这也是对版主ghcacj帖子的一个小小补充。这对于一些不熟悉linux的网友还是有可取之处的。Music中的每个文件的具体内容和含义，请参见版主ghcacj的帖子，这里只描述具体的安装编译过程。 1. 所需程序 （1）Visual Studio 2008: 只需要安装其中的C++组件即可（如果你不需要其他的应用，完全安装需要很大的磁盘空间）。VS2008可以用学校的邮箱在微软网页上申请到免费的版本，目前应该是VS2010了，具体的可以在网上查找一下； （2）Intel Visual FORTRAN Complier 11.0.072：最新的XE版有点小问题，会出现段错误，不建议使用。11.0这个版本网上也很容易找到； （3）Windows下的perl：strawberry-perl-5.12.3.0，用来运行makemake，生产编译用的makefile文件。可以从其官方网页下载，是免费的 （http://strawberryperl.com/ ）； （4）Windows下的Make：GNUwin32 Make-3.81，用了执行makefile文件，可以从其官方网页下载，也是免费的 （http://gnuwin32.sourceforge.net/packages.html ）。 GNUMake和perl都是很小的软件，安装之后，可以在系统环境变量中path中添加C:\strawberry\perl\bin;C:\Program Files\GnuWin32\bin这两条路径，注意用分号与原先的项隔开，这样可以避免运行的时候输入完整的路径。这里给的路径是默认安装的路径，如果选择了其他路径，要做相应的修改。 2. 编译 （编译过程和版主ghcacj介绍的在linux下的方法类似，只是稍有不同。） （1）MuSic源代码的获取：直接从Snurr Research Group的主页下载，下载之前先需要先给Snurr教授发封邮件。http://zeolites.cqe.northwestern.edu/software.php ； （2）将MuSic源代码解压到D:\music目录下，（或者你喜欢的工作目录），解压之后其中应该包含[ctrlfiles], [drivers], [src], [tests]和[utils] 5个目录以及GPL和license 2个文件； （3）编辑makemake文件 首先需要修改 [scr]目录中的makemake文件，修改项如下（假设你用的是UltraEdit编辑器，可以显示行号，此处的行号指的是修改之前的行号）： 第120行: FC = defaultCompiler >>> FC = ifort (! 设定ifort为默认编译器) 第149行：F90FLAGS = -g -debug all -check all # -O3 # -DSPME # untested options >>> F90FLAGS = /heap-arrays:64 /fpp /fpe:3 /fast /debug:full /check:noarg_temp_created /O3 # -DSPME # untested options 第150行：F77FLAGS = # -O3 >>> F77FLAGS = /heap-arrays:64 /fpp /fpe:3 /fast /debug:full /check:noarg_temp_created /O3 （！添加适当的编译选项） 第209行：%.o : %.F90 >>> %.obj : %.F90 （！windows下编译过程中的目标文件为*.obj，linux下的为*.o） 第211行：%.o : %.F >>> %.obj : %.F 第221行：$objectfile =~ s/(.*?\.)F90/$1o/i; >>> $objectfile =~ s/(.*?\.)F90/$1obj/i; 第222行：$objectfile =~ s/(.*?\.)F/$1o/; >>> $objectfile =~ s/(.*?\.)F/$1obj/; 第235行：$(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(LINKERFLAGS) $(OBJECTS) -o ../$(CMD) >>> $(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(LINKERFLAGS) $(OBJECTS) /o ../$(CMD) 第238行：$(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(OBJECTS) -o ../$(CMD) >>> $(FC) $(DEBUG_FLAGS) $(OFLAGS) $(OBJECTS) /o ../$(CMD) 第241行：/bin/rm -f *.o *.i *.il *.mod a.out make.log >>> /bin/rm -f *.obj *.i *.il *.mod a.out make.log 第244行：rm -f *.o *.i >>> rm -f *.obj *.i 第266行：$objfile = $rootname.".o"; >>> $objfile = $rootname.".obj"; 第270行：print OUTFILE (" $$sortedfiles[$f]{modarray}[$i].o"  ; >>>print OUTFILE (" $$sortedfiles[$f]{modarray}[$i].obj" ; 另外从第157至199行的内容可以删除，对我们没什么用处，保留也可以，没有影响。 （4）编译 （编译了tinu网页上给出的5个代码：music_mapmaker.F90， music_mapdisplay.F90， music_md.F90， music_gcmc.F90， music_post.F90） 以music_mapmaker.F90为例： 从[drivers]中将music_mapmaker.F90复制到[src]中，将文件名改为music.F90，网页上说明F必须大写，这可能与linux下实施区分字母大小有关。 从开始--程序--intel fortran的目录中进入带fortran编译环境的命令提示符窗口（cmd窗口），我用的是IA-32模式。 在此cmd窗口中进入工作目录，比如 d:\music\src 输入 perl makemake 回车 （！生产一个新的makefile文件） 输入 make 回车，编译开始 编译结束后在music目录中会生成一个post.exe文件，将其重新命名为mapmaker.exe。至此，完成一个完整的编译过程。 将[src]目录中的music.F90以及编译过程中生存*.obj *.mod文件全部删除，按照以上的步骤编译下一个代码。 最终得到mapmaker.exe，mapdisplay.exe，md.exe，gcmc.exe和post.exe 这5个可执行文件。 3. 运行 首先从tinu的主页上下载IRMOF1吸附CH4的例子 Pmap make : http://www.see.ed.ac.uk/~tduren/ ... orial/make_pmap.tar gcmc : http://www.see.ed.ac.uk/~tduren/research/music/Tutorial/gcmc.tar （1）将make_pmap.tar解压到 d:\make_pmap, 在其中发现4个文件夹[atoms], [molecules], [pmaps]和 [run]， 新开一个cmd窗口，进入 d:\make_pmap\run 设置环境变量 windows下与linux少有不同，就是将set_path中的内容稍加修改: set ATOMSDIR=d:\make_pmap\atoms 回车 set MOLSDIR=d:\make_pmap\molecules 回车 set PMAPDIR=d:\make_pmap\pmaps 回车 如果不想逐条输入，也可以建一个*.bat的批处理文件将上面的内容写进去，然后执行。 环境变量设定好之后，就可以开始运行，生产Pmap文件，将mapmaker.exe复制到[run],然后在cmd中执行： mapmaker.exe ctr.map.IRMOF1.CH4 > pmap.log （！> pmap.log 会生成一个记录文件，其中包含了一些有用的信息，不加也行，建议加上） 运行结束后会生成IRMOF1.CH4.UFF.pmap文件，~50M，备用。 （2）将gcmc.tar解压到 d:\gcmc, 其中也包含4个文件夹[atoms], [molecules], [pmaps]和 [run]， 将先前得到的IRMOF1.CH4.UFF.pmap文件复制到 [pmaps]中，将gcmc.exe和post.exe复制到[run]中。 新开一个cmd窗口，进入 d:\gcmc\run 设置环境变量: set ATOMSDIR=d:\gcmc\atoms 回车 set MOLSDIR=d:\gcmc\molecules 回车 set PMAPDIR=d:\gcmc\pmaps 回车 然后执行gcmc.exe gcmc.Methane.IRMOF1 > gcmc.log 运行结束后，生产各15个*.res和*.con文件。 （3）继续进行post得到isotherm数据 d:\gcmc\run 中的post.ctr文件有个小错误，要修改一下 第8行：IRMOF.Methane.con # basename for config files >>> IRMOF1.Methane.con # basename for config files 继续在先前的cmd窗口中执行（若新开cmd窗口，要再次设定环境变量） post.exe post.ctr > post.log 运行结束后会得到isotherm.Methane文件，其中包含了isotherm的信息。 至此全部运行结束，至于将吸附数值由total转换成excess，可以在excel中完成，可参见版主ghcacj的相关帖子。 ************************** 欢迎讨论！ [ Last edited by lmylmy on 2011-7-14 at 01:25 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 材料计算模拟实用技巧 | 多孔材料 | 有机场效应晶体管及有机太阳能电池 | MS & VASP |
| condensed matter physics | 感兴趣的问题 | xp经典收藏 |
» 猜你喜欢
2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？
已经有19人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
今天务委会开完了，明天出结果吗
已经有21人回复
-
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。
已经有9人回复
-
明天应该可查了！？
已经有6人回复
-
有没有大神帮我看看基金代码
已经有10人回复
-
放榜前的不淡定
已经有19人回复
-
某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感
已经有10人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有23人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有22人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- autodock与gromacs在Windows下的安装
已经有10人回复
- 如何安装FORTRAN软件
已经有23人回复
- 有谁有在Windows 7运行的Fortran软件吗，分享分享呗 万分感谢
已经有3人回复
- Lammps在fedora14下并行安装出错
已经有3人回复
- visual fortran
已经有4人回复
- 在苹果操作系统下,fortran 用什么编译系统?
已经有12人回复
- gromacs编译安装
已经有11人回复
- 大家用的MUsic是什么版本的
已经有8人回复
- Linux下编译F程序的问题
已经有4人回复
- 安裝完VS2010與IVF11.1.072後在cmd下指令編譯程序時出現錯誤
已经有4人回复
- 关于perl在windowsxp下安装的一个问题
已经有4人回复
- Windows下的免费C/C++编译环境下载
已经有40人回复
- 各位高手，怎么在windows下编译LAMMPS？
已经有4人回复
- Code::Blocks IDE for Fortran windows上的完整使用心得
已经有12人回复
- 在linux下编FORTRAN程序
已经有14人回复
- 【求助】windows下intel MKL的安装和使用
已经有3人回复
- 【求助】分子模拟的学习路径
已经有23人回复
- 【求助】关于VS2008的环境变量的设置
已经有8人回复
- 【求助】请问有使用Flexible Atomic Code(FAC)程序包的虫虫吗
已经有13人回复
8楼2011-09-01 15:18:28
2楼2011-07-14 10:04:34
3楼2011-07-14 11:25:58
4楼2011-07-14 11:50:53
简单回复
niliu9楼
2011-12-04 22:36
回复
五星好评 
感谢分享！！
感谢分享！！
