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lczaisj

新虫 (初入文坛)

[求助] LAMMPS并行的问题,并行运行过程出错。

小弟刚刚开始接触lammps有些地方弄的不太懂,自己的写了一个in文件,但是并行运算的时候却出错了,刚刚安装好的时候用examples试试没出错啊
in文件:
units            real
atom_style       full
dimension        3
boundary         p p p
read_data       nacl.dat
mass             1 22.990
mass             2 35.45
mass             3 12.011

pair_style       lj/cut/coul/long 12.0 10.0
#pair_style lj/cut 10.0
pair_coeff       1 1  0.1247       2.8760   10.0
pair_coeff       1 2  0.1247       3.3305   10.0
pair_coeff       1 3  0.1715       3.0455   10.0
pair_coeff       2 2  0.1247       3.785    10.0
pair_coeff       2 3  0.2353       3.5      10.0
pair_coeff       3 3  0.23590      3.215   10.0
#pair_coeff       3 4  0.00000      0.0000   10.0
#pair_coeff       4 4  0.1554253    3.165492 10.0

#bond_style       harmonic
#bond_coeff       1  1059.162 1.0   
#angle_style      harmonic
#angle_coeff      1  75.90   109.47

kspace_style     pppm 1.0e-5  

#region           1  block -1.000  111.0729 -1.000 111.0729 -1.000 19.7200 units box  
#group            wall region 1
#group            boundary  union  wall
group            wall type 3
velocity         wall set 0.0 0.0 0.0 units box
fix             freeze wall setforce 0.0 0.0 0.0

#region           2  block 35.97588  74.18446 35.92865 74.42011 19.80574 57.4911 units box  
group            salt type 1 2
velocity         salt create 1500.0 4928459 dist gaussian
#fix   fixShake water shake 0.0001 20 0 b 1 a 1
#fix              1 wall nvt temp 0.00 0.00 0.05
fix              1 salt nvt temp 1500.0 1500.0 50
#fix              1 all wall/region 1 lj126 1.0 1.0 10.0
#fix              1 all wall/lj126 v_wiggle 23.2 1.0 1.0 10.0


thermo_style        custom step temp press  pe etotal ke enthalpy evdwl ecoul epair ebond eangle emol vol lx ly lz
thermo          100
timestep        0.5
compute 1 all temp
dump 1 salt custom 100 dump.atom id type mass x y z xs ys zs vx vy vz fx fy fz
#restart         100000 poly.restart
run                50000
并行出现的错误:Step Temp Press PotEng TotEng KinEng Enthalpy E_vdwl E_coul E_pair E_bond E_angle E_mol Volume Lx Ly Lz
       0    371.45178          nan          nan          nan    11584.918          nan 2.2250234e+08   -122066.63          nan            0            0            0    1132876.4       101.88     109.1452       101.88
ERROR on proc 0: Out of range atoms - cannot compute PPPM (../pppm.cpp:1905)
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0

===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 1
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGE
但是 让小弟有人说是timesetp太大,该了之后还是不行,但是用单机的lmp——serial却是可以跑!
那就是说是并行问题,但是好多人都说是模型问题,真心求大神解释下是什么原因,怎么该才好
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江夏青年

铜虫 (小有名气)

我现在也遇到了这个情况,楼主现在解决了么?
4楼2016-02-27 16:35:17
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mileyfan

新虫 (小有名气)

请问楼主现在解决这个问题了么?
2楼2015-07-18 17:27:34
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fenqin

铜虫 (小有名气)

我也遇到过串行能算,并行不能算的情况
3楼2015-07-27 10:02:26
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tyfx123

木虫 (正式写手)

我也遇到相同的问题,请问楼主怎么解决的?
5楼2018-06-26 19:32:55
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