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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于用thermodynamic integration计算吉布斯自由能的求助
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neresearch

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于用thermodynamic integration计算吉布斯自由能的求助 已有2人参与

大家好， 我想用TI 方法来 计算吉布斯自由能，找了一些资料，一般就说两个系统，一个是要计算的系统，势能是U_I， 另一个是参考系统，势能是 U_II。然后创建一个U(lambda)=lambda*U_II + (1-lambda)* U_I, lambda =0 对应初态，=1对应末态。然后就说能用分子动力学方法计算出来 <d U(lambda) / d lambda)>。一直没太明白，d U(lambda)/ d lambda 能不能写成 U_II-U_I ? 如果能写成这样的话怎么感觉跟lambda没什么关系了。。另外如果在模拟中lambda假如取0.1，那初始化的时候系统是个什么状态呢？ 恳请大家指点一二！！非常感谢！！！
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1楼 2014-05-13 00:26:25
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
neresearch: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-05-15 21:14:56
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:53:24
你说的没错，d U(lambda)/ d lambda = U_II-U_I ，但是<d U(lambda) / d lambda)>还是要依赖lambda，因为你要用U(lambda)做系综平均。
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2楼2014-05-13 09:06:36
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
neresearch: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-05-15 21:15:14
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-16 19:53:30
http://scitation.aip.org/content ... 7/10.1063/1.2830715
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0770155
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3楼2014-05-13 11:51:40
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neresearch

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-05-13 09:06:36
你说的没错，d U(lambda)/ d lambda = U_II-U_I ，但是<d U(lambda) / d lambda)>还是要依赖lambda，因为你要用U(lambda)做系综平均。

谢谢！好像明白了！如果用MC 的话，就要用U(lambda)做系综平均
；要是MD的话，在算 U_II-U_I 之前，粒子的分布要用U(lambda)来确定。是这样吗？谢谢！！！
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4楼2014-05-13 21:29:38
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neresearch

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lei0736 at 2014-05-13 11:51:40
http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jcp/128/7/10.1063/1.2830715
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0770155

谢谢提供的参考！
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5楼2014-05-13 21:31:04
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:53:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by neresearch at 2014-05-13 21:29:38
谢谢！好像明白了！如果用MC 的话，就要用U(lambda)做系综平均
；要是MD的话，在算 U_II-U_I 之前，粒子的分布要用U(lambda)来确定。是这样吗？谢谢！！！...

算分布干嘛？MD系综平均就是对时间平均
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6楼2014-05-14 08:47:22
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neresearch

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-05-14 08:47:22
算分布干嘛？MD系综平均就是对时间平均...

嗯，我的意思是 MD 每个step计算的话都要计算粒子所受的力，然后再计算粒子位置。这个过程使用U(lambda)计算。新一轮的位置确定后再计算 U_II-U_I，所以是跟lambda有关的。谢谢~
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7楼2014-05-14 22:37:18
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花儿微笑

新虫 (小有名气)
楼主，我也想算下自由能，但没懂lammps到底怎么算，有什么资料可以发给我参考一下吗？我QQ2547517021，谢谢，谢谢！
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8楼2018-07-18 22:16:46
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cuso4852cuoh

新虫 (小有名气)
emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2018-12-18 09:48:06
本帖内容被屏蔽
9楼2018-12-17 22:32:19
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