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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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robertslim

金虫 (小有名气)

[求助] 过渡态计算求助？ 已有2人参与

最近求一个亲核反应的过渡态，我用次氯根离子和六氟丙烯作为反应物一起优化的时候，优化完成之后直接氧原子直接和碳原子连在一起，成反应物六氟环氧丙烷和氯离子了，即使我在优化前把次氯酸跟离子跟六氟丙烯放很远都不管用啊！是不是双分子反应物不能放在一起优化，跪求各位大侠给点建议？是不是我的方法不对。最近大论文想加点机理方面的东西，愁死了

过渡态计算求助？
反应机理.jpg
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1楼 2014-05-07 15:44:52
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liebegll

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
robertslim: 金币+20, ★有帮助 2014-05-07 19:11:02
gkf高: 金币+2 2014-05-08 09:14:29
robertslim: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-05-08 10:26:45
robertslim: 金币+10, ★★★很有帮助, 再给金币 2014-05-08 10:33:20
一般双分子反应里的两种反应物需要分开优化，过渡态肯定是要在一个结构里。优化不成功的原因有很多，需要慢慢找。看了一下你给的示意图，反应是一个加成然后解离的过程，第一个加成产物的形成可能是没有过渡态的，建议你先寻找一下第一步的加成产物。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

robertslim
2楼2014-05-07 17:55:23
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robertslim

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liebegll at 2014-05-07 17:55:23
一般双分子反应里的两种反应物需要分开优化，过渡态肯定是要在一个结构里。优化不成功的原因有很多，需要慢慢找。看了一下你给的示意图，反应是一个加成然后解离的过程，第一个加成产物的形成可能是没有过渡态的，建 ...

1.对于两种反应物我是分开优化的，然后不需要放在一起重新优化直接黏贴在一起QST2求过渡态？
2.我给出的示意图中第一部加成产物按你的意思是中间体而不是过渡态？那样的话是不是要分好几部算啊？
能不能详细跟我讲讲啊？真的好急
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3楼2014-05-07 19:17:38
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robertslim

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liebegll at 2014-05-07 17:55:23
一般双分子反应里的两种反应物需要分开优化，过渡态肯定是要在一个结构里。优化不成功的原因有很多，需要慢慢找。看了一下你给的示意图，反应是一个加成然后解离的过程，第一个加成产物的形成可能是没有过渡态的，建 ...

对了，我把六氟丙烯和ClO-放在一起优化的时候就优化出过第一个加成产物，是不是用这个来计算qst2过渡态就可以了呢
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4楼2014-05-07 19:56:31
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liebegll

木虫 (小有名气)
★ ★
gkf高: 金币+2 2014-05-08 09:14:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by robertslim at 2014-05-07 19:17:38
1.对于两种反应物我是分开优化的，然后不需要放在一起重新优化直接黏贴在一起QST2求过渡态？
2.我给出的示意图中第一部加成产物按你的意思是中间体而不是过渡态？那样的话是不是要分好几部算啊？
能不能详细跟我 ...

1.不需要放在一起重新优化
2.是中间体，算完这个中间体以后（你好像已经得到了），之后的那个结构是过渡态，单独计算；最后的是产物，分开优化。
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5楼2014-05-08 08:59:39
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赵文华110

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
robertslim: 金币+10, ★有帮助 2014-05-08 10:27:19
双分子反应是要放在一个体系中优化的，首先，将反应物A和B分别优化，然后，再将两个分子放在一个窗口中优化，另外，使用QST2的话，A+B=C可能会出错，系统会提醒使用QST3，所以还是先猜出过渡态在计算的好。输入文件要注意电荷及自旋多重度，计算过渡态时输入坐标最好不要用三维（xyz）坐标，易出错。
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我相信我就是我，我相信明天，我相信青春没有地平线
6楼2014-05-08 09:23:26
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robertslim

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liebegll at 2014-05-08 08:59:39
1.不需要放在一起重新优化
2.是中间体，算完这个中间体以后（你好像已经得到了），之后的那个结构是过渡态，单独计算；最后的是产物，分开优化。...

我用六氟丙烯和ClO-放在一起优化可以得到那个中间体，你说的单独计算式用TS方法吗还是用中间体和产物用qst2？我以前试过感觉都不对，TS猜对我测有点难
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7楼2014-05-08 10:32:43
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liebegll

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by robertslim at 2014-05-08 10:32:43
我用六氟丙烯和ClO-放在一起优化可以得到那个中间体，你说的单独计算式用TS方法吗还是用中间体和产物用qst2？我以前试过感觉都不对，TS猜对我测有点难...

我一般会猜测TS，直接TS方法优化。你给出的反应图里那个TS示意图就可以作为指导
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8楼2014-05-08 10:57:13
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