应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 过渡态计算求助？
81/1返回列表
查看: 1777  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

robertslim

金虫 (小有名气)

[求助] 过渡态计算求助？ 已有2人参与

最近求一个亲核反应的过渡态，我用次氯根离子和六氟丙烯作为反应物一起优化的时候，优化完成之后直接氧原子直接和碳原子连在一起，成反应物六氟环氧丙烷和氯离子了，即使我在优化前把次氯酸跟离子跟六氟丙烯放很远都不管用啊！是不是双分子反应物不能放在一起优化，跪求各位大侠给点建议？是不是我的方法不对。最近大论文想加点机理方面的东西，愁死了

过渡态计算求助？
反应机理.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-05-07 15:44:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liebegll

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
robertslim: 金币+20, ★有帮助 2014-05-07 19:11:02
gkf高: 金币+2 2014-05-08 09:14:29
robertslim: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-05-08 10:26:45
robertslim: 金币+10, ★★★很有帮助, 再给金币 2014-05-08 10:33:20
一般双分子反应里的两种反应物需要分开优化，过渡态肯定是要在一个结构里。优化不成功的原因有很多，需要慢慢找。看了一下你给的示意图，反应是一个加成然后解离的过程，第一个加成产物的形成可能是没有过渡态的，建议你先寻找一下第一步的加成产物。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

robertslim
2楼2014-05-07 17:55:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robertslim

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liebegll at 2014-05-07 17:55:23
一般双分子反应里的两种反应物需要分开优化，过渡态肯定是要在一个结构里。优化不成功的原因有很多，需要慢慢找。看了一下你给的示意图，反应是一个加成然后解离的过程，第一个加成产物的形成可能是没有过渡态的，建 ...

1.对于两种反应物我是分开优化的，然后不需要放在一起重新优化直接黏贴在一起QST2求过渡态？
2.我给出的示意图中第一部加成产物按你的意思是中间体而不是过渡态？那样的话是不是要分好几部算啊？
能不能详细跟我讲讲啊？真的好急
赞一下 回复此楼
3楼2014-05-07 19:17:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robertslim

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liebegll at 2014-05-07 17:55:23
一般双分子反应里的两种反应物需要分开优化，过渡态肯定是要在一个结构里。优化不成功的原因有很多，需要慢慢找。看了一下你给的示意图，反应是一个加成然后解离的过程，第一个加成产物的形成可能是没有过渡态的，建 ...

对了，我把六氟丙烯和ClO-放在一起优化的时候就优化出过第一个加成产物，是不是用这个来计算qst2过渡态就可以了呢
赞一下 回复此楼
4楼2014-05-07 19:56:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liebegll

木虫 (小有名气)
★ ★
gkf高: 金币+2 2014-05-08 09:14:35
引用回帖:
3楼: Originally posted by robertslim at 2014-05-07 19:17:38
1.对于两种反应物我是分开优化的，然后不需要放在一起重新优化直接黏贴在一起QST2求过渡态？
2.我给出的示意图中第一部加成产物按你的意思是中间体而不是过渡态？那样的话是不是要分好几部算啊？
能不能详细跟我 ...

1.不需要放在一起重新优化
2.是中间体，算完这个中间体以后（你好像已经得到了），之后的那个结构是过渡态，单独计算；最后的是产物，分开优化。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2014-05-08 08:59:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵文华110

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
robertslim: 金币+10, ★有帮助 2014-05-08 10:27:19
双分子反应是要放在一个体系中优化的，首先，将反应物A和B分别优化，然后，再将两个分子放在一个窗口中优化，另外，使用QST2的话，A+B=C可能会出错，系统会提醒使用QST3，所以还是先猜出过渡态在计算的好。输入文件要注意电荷及自旋多重度，计算过渡态时输入坐标最好不要用三维（xyz）坐标，易出错。
赞一下 回复此楼
我相信我就是我，我相信明天，我相信青春没有地平线
6楼2014-05-08 09:23:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robertslim

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liebegll at 2014-05-08 08:59:39
1.不需要放在一起重新优化
2.是中间体，算完这个中间体以后（你好像已经得到了），之后的那个结构是过渡态，单独计算；最后的是产物，分开优化。...

我用六氟丙烯和ClO-放在一起优化可以得到那个中间体，你说的单独计算式用TS方法吗还是用中间体和产物用qst2？我以前试过感觉都不对，TS猜对我测有点难
赞一下 回复此楼
7楼2014-05-08 10:32:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liebegll

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by robertslim at 2014-05-08 10:32:43
我用六氟丙烯和ClO-放在一起优化可以得到那个中间体，你说的单独计算式用TS方法吗还是用中间体和产物用qst2？我以前试过感觉都不对，TS猜对我测有点难...

我一般会猜测TS，直接TS方法优化。你给出的反应图里那个TS示意图就可以作为指导
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2014-05-08 10:57:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 robertslim 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 18:46 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 15:33 by KM5EcsNQRBPn
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 15:18 by KM5EcsNQRBPn
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 6/300 2026-08-23 14:45 by KM5EcsNQRBPn
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +3 process2012 2026-08-23 4/200 2026-08-23 12:54 by huixian257
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 5/250 2026-08-23 12:09 by LR9qGULyN2ew
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 07:41 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 10/500 2026-08-23 07:17 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭