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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...

[交流] [求助]怎样做势能面扫描

要做Scan命令
之前要设置虚原子，完全没有头绪
求高手指教
我qq2150308
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
1楼 2008-03-11 18:03:09
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K372

铜虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):欢迎常来，谢谢关注
GAUSS的势能面扫描有两种——刚性的和柔性的
刚性的扫描是只改变指定坐标，其他分子坐标都不随之变化的扫描
柔性的扫描是将指定变化的坐标按要求赋值以后，再对其他分子坐标进行优化使之满足一个最小值（相当于通往鞍点的最低脊线）
不同的势能面扫描方案适用于不同要求，不知LZ做势能面扫描是为了何种目的？若是为了研究反应机理和动力学过程，那么应该使用柔性扫描，柔性扫描由于对分子几何构型进行优化，计算代价高昂，需要大量的机时才能完成。
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2楼2008-03-11 18:45:28
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sandf

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
这本书上有一个很好的例子：
Exploring Chemistry With Electronic Structure
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努力呀努力，不要成为奴隶。
3楼2008-03-12 08:43:04
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
书我有，但是看不懂。
不知倒怎样在g view 中怎样把虚原子设置出来。还有怎样定中心轴
我做刚性的，找一个最低势能面
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
4楼2008-03-12 08:48:31
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liliracial

银虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢
虚原子的设定，主要是破坏对称性，比如直线性分子CO，虚原子就该设在中轴线上，保证其二面角。而NH3之类的，就该设在对称中心所在的中轴线上。中心轴的设定，应该先看其对称群，对称群确定后，把虚原子放在中心轴的任何一个位置就可以拉。
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修炼成一块愚钝的大石头
5楼2008-03-12 09:05:25
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Roseshu

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢
引用回帖:
Originally posted by yyx19840628 at 2008-3-12 08:48:
书我有，但是看不懂。
不知倒怎样在g view 中怎样把虚原子设置出来。还有怎样定中心轴
我做刚性的，找一个最低势能面

在gv中的选择元素的元素周期表上面有个按钮是“X”，这个就表示虚原子。
你可以用两个虚原子，它们形成的直线作为整个分子的中心轴。
如果你对结构输入的要求比较多的话，建议最好点“atom list editor”按钮自己编辑坐标，比直接画了再调整好些。
刚性扫描只要在关键词行加上scan,最后再加上你要扫描的变量的起始值，步长，步数就好了。
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6楼2008-03-12 09:34:21
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mscic

金虫 (正式写手)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):感谢应助！欢迎长来！
刚性的扫描是只改变指定坐标，其他分子坐标都不随之变化的扫描



扫描不一定要用ＳＣＡＮ
可以用ＯＰＴ＝ＭＯＤＲＥＤＵＮＤＡＮＴ做，在分子结构后面给出你要扫描的键参数就ＯＫ．
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7楼2008-03-12 17:33:44
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
欸
说了好多
没人教我具体怎么做
加我QQ把
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
8楼2008-03-13 16:41:02
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mscic

金虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
楼上的没ＱＱ，你可以看ＧＡＵＳＳＩＡＮ手册里面的ＯＰＴ，在ＯＰＴ的选项里有ＭＯＤＲＥＤＵＡＮＤＡＮＴ，而且接下来有例子．自己先看看
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9楼2008-03-17 09:17:52
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ppwzq

木虫 (正式写手)
为何要设置虚原子呢，直接scan不就可以了么
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10楼2008-03-24 14:56:13
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