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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...

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专业: 环境污染化学

[交流] [求助]怎样做势能面扫描

要做Scan命令
之前要设置虚原子，完全没有头绪
求高手指教
我qq2150308

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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……

1楼 2008-03-11 18:03:09

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liliracial

银虫 (小有名气)

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专业: 催化化学

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢

虚原子的设定，主要是破坏对称性，比如直线性分子CO，虚原子就该设在中轴线上，保证其二面角。而NH3之类的，就该设在对称中心所在的中轴线上。中心轴的设定，应该先看其对称群，对称群确定后，把虚原子放在中心轴的任何一个位置就可以拉。

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修炼成一块愚钝的大石头

5楼2008-03-12 09:05:25

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K372

铜虫 (小有名气)

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注册: 2008-02-29
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专业: 理论和计算化学

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):欢迎常来，谢谢关注

GAUSS的势能面扫描有两种——刚性的和柔性的
刚性的扫描是只改变指定坐标，其他分子坐标都不随之变化的扫描
柔性的扫描是将指定变化的坐标按要求赋值以后，再对其他分子坐标进行优化使之满足一个最小值（相当于通往鞍点的最低脊线）
不同的势能面扫描方案适用于不同要求，不知LZ做势能面扫描是为了何种目的？若是为了研究反应机理和动力学过程，那么应该使用柔性扫描，柔性扫描由于对分子几何构型进行优化，计算代价高昂，需要大量的机时才能完成。

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2楼2008-03-11 18:45:28

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