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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛,狼的耳朵,豹的速 ...

[交流] [求助]怎样做势能面扫描

要做Scan命令
之前要设置虚原子,完全没有头绪
求高手指教
我qq2150308
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人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的,轻易地放弃了不该放弃的……
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liliracial

银虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢
虚原子的设定,主要是破坏对称性,比如直线性分子CO,虚原子就该设在中轴线上,保证其二面角。而NH3之类的,就该设在对称中心所在的中轴线上。中心轴的设定,应该先看其对称群,对称群确定后,把虚原子放在中心轴的任何一个位置就可以拉。
修炼成一块愚钝的大石头
5楼2008-03-12 09:05:25
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K372

银虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):欢迎常来,谢谢关注
GAUSS的势能面扫描有两种——刚性的和柔性的
刚性的扫描是只改变指定坐标,其他分子坐标都不随之变化的扫描
柔性的扫描是将指定变化的坐标按要求赋值以后,再对其他分子坐标进行优化使之满足一个最小值(相当于通往鞍点的最低脊线)
不同的势能面扫描方案适用于不同要求,不知LZ做势能面扫描是为了何种目的?若是为了研究反应机理和动力学过程,那么应该使用柔性扫描,柔性扫描由于对分子几何构型进行优化,计算代价高昂,需要大量的机时才能完成。
2楼2008-03-11 18:45:28
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sandf

木虫 (正式写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
这本书上有一个很好的例子:
Exploring Chemistry With Electronic Structure
努力呀努力,不要成为奴隶。
3楼2008-03-12 08:43:04
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛,狼的耳朵,豹的速 ...

书我有,但是看不懂。
不知倒怎样在g view 中怎样把虚原子设置出来。还有怎样定中心轴
我做刚性的,找一个最低势能面
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的,轻易地放弃了不该放弃的……
4楼2008-03-12 08:48:31
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