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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请教一个A类错误
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chixl

金虫 (正式写手)

[求助] 请教一个A类错误 已有2人参与

我有一个晶体，基本结构解好，但是最后checkif时有两个A类错误
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H2A    ..  H22A    ..       1.47 Ang.  
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H4A    ..  H17A    ..       1.78 Ang.  
PLAT411 Type_2 Test for short non-bonding inter H..H contacts
Short intermolecular H..H contacts may indicate incorrectly determined
structures (i.e. wrong symmetry, missed translation symmetry, wrong position
with reference to the symmetry elements, hydrogen atoms on atoms where there
should not be any  etc..)
Short intermolecular contacts may be indicative for inconsistent symmetry
data (e.g. coordinates for space-group P43 and symmetry specified as P41 or
P21/n & P21/c confusions). Short contacts are defined using a van der Waals
radius of 1.2 Angstrom. For intermolecular contacts, an alert is generated
for contacts less than 2.4 Angstrom.
曾尝试理论加氢以及定Q加氢都未解决，在ins文件中dfix 0.97 0.01 C(?)  H(?)dfix 1.37 0.02 H(?)  H(?)也未解决，请教大家，这个问题该怎样解决？谢谢。
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1楼 2014-05-04 17:00:57
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nokian1985

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
HH距离太近，需要重新加氢
赞一下 回复此楼
2楼2014-05-04 20:41:54
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