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agou

金虫 (正式写手)

[求助] 一个关于氢键的A类错误 已有2人参与

自由水分子加氢,不管怎么调整就是有一个A类错误:PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H4W6   ..  H4W6    ..       1.69 Ang.  
,实在处理不了了,忘哪位高手帮处理下。
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小木虫三戒总理事
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的A类错显示是自由水分子与相邻单胞中的自身H原子间距过短,说明该氢原子加的有问题,首先你要看看水分子的Ueq是不是合理,再者,该水分子是不是出于特殊点,如果前两者都ok,那就从氢键的合理性出发找氢原子,但切记,水分子不能与其自身形成氢键,所以,指向对称操作的水分子的q峰不能被命名成H原子。
2楼2014-04-28 12:49:24
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agou

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jackdeng at 2014-04-28 12:49:24
你的A类错显示是自由水分子与相邻单胞中的自身H原子间距过短,说明该氢原子加的有问题,首先你要看看水分子的Ueq是不是合理,再者,该水分子是不是出于特殊点,如果前两者都ok,那就从氢键的合理性出发找氢原子,但 ...

谢谢专家。
水分子的温度因子没有问题。水分子O原子也不是处于特殊位置。我也尝试其它位置加氢,但是限制精修下,都会慢慢精修到对称操作的方向。我的操作哪里有问题呢?
小木虫三戒总理事
3楼2014-04-28 14:56:25
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羊倌

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
agou: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-04-29 16:42:55
agou: 金币+1, 非常感谢,看你不是做晶体的,还挺专业的。 2014-04-29 16:43:44
agou: 金币+4 2014-04-29 16:46:29
准备架人
4楼2014-04-28 17:59:07
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
agou: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 专家,谢谢。 2014-04-29 16:44:01
agou: 金币+5 2014-04-29 16:46:33
找到合适的H原子以后可以用Afix3将其固定,再精修的时候就不会乱动了。
5楼2014-04-29 08:27:49
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范二青年

金虫 (著名写手)

我以前找测试中心的老师测单晶得到的结果也出现过这个问题,最近看到一篇文章,里面把氢修了无序,应该对你有用。
“In the present structure, one H atom of the water molecule has two disordered sites with 50:50 occupancy. The O1-H1B bond points in the direction of the inversion center. This H atom is found at the correct distance to form a hydrogen bond with the water molecule related by the inversion center, which means that the H atom can not have full occupancy. The other half occupancy is found with H1C which forms a hydrogen bond with another symmetry-related water molecule.”
什么情况嘛
6楼2014-04-29 09:43:54
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agou

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 范二青年 at 2014-04-29 09:43:54
我以前找测试中心的老师测单晶得到的结果也出现过这个问题,最近看到一篇文章,里面把氢修了无序,应该对你有用。
“In the present structure, one H atom of the water molecule has two disordered sites with  ...

谢谢你的帮助。
为什么不能给你金币?我只能给上面的两位专家了哈
小木虫三戒总理事
7楼2014-04-29 16:45:57
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