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山石岩

金虫 (著名写手)

[求助] 晶体E编辑意见,急求怎么解决

本人新手,对晶体一窍不通。最近投了一篇晶体E编辑提出错误如下,请大侠们指教怎么改正。错误:
1.In the abstract and comments section, could you please provide standard uncertainties for all dihedral angles quoted
2.In '_publ_section_exptl_refinement' you have indicated that the Friedel pairs were merged,  This is, in fact, not the case.  Friedel pairs were refined in the structure and the absolute configuration determined from this data.  Could you please check and correct.
3. In '_publ_section_exptl_refinement' could you provide details of the disorder present in the structure.
4. In '_publ_section_exptl_refinement'  could you provide details of the location and refinement of the N-H proton in this compound.
本人是药物化学专业的,对这个实在是搞不明白,希望专业人士帮帮忙啊。要是需要数据我发到你们邮箱里。谢谢啊!
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山石岩

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lgzhu1964 at 2012-04-06 21:46:40:
怎么修的怎么写,CIF中能看出来(主要写占有率是多少)键长限制看CIF也可看ins文件.

谢谢啦,但是要看那些数据才能看出来呢 ?
8楼2012-04-08 11:14:52
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山石岩

金虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by lgzhu1964 at 2012-04-08 14:14:40:
CIF中有如下数据:
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_o ...

谢谢啦,这个找到了非常感谢
弱弱的再问一下有关N-H质子的问题。在哪能够看到N-H的修饰细节?
10楼2012-04-08 14:31:10
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普通回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lijunjie84: 金币+1, 欢迎回帖交流! 2012-04-06 15:48:52
山石岩: 金币+10, 有帮助, 谢谢 2012-04-13 09:24:34
1. 给出二面角的标准偏差 一般用xp的mpla吧
2.检查一下解析时Friedel pairs应该精修了,没有merged
3.简要描述下无序的处理
4.N-H的处理,一般是从傅里叶图中找到然后适当限制的吧,具体看自己的结构

不懂的话请教解析的老师吧
2楼2012-04-06 11:24:33
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lgzhu1964

至尊木虫 (著名写手)


lijunjie84: 金币+1, nice!!! 2012-04-06 15:49:09
1.摘要与评论部分所有二面角增加偏差值(用括号括起来);
2.在实验精修部分,你指出了Friedal对合并了,但事实上不是如此,请再检查并改正.
3.请在实验精修部分提供有关结构中无序的详细信息.即你这个结构中有无序,应该加以描述.
4.在实验精修部分请提供有关N-H质子确定与精修的细节,即你是如何加这个氢的,如何精修的,例如有否键长限制等.

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3楼2012-04-06 11:26:30
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山石岩

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huahua1216 at 2012-04-06 11:24:33:
1. 给出二面角的标准偏差 一般用xp的mpla吧
2.检查一下解析时Friedel pairs应该精修了,没有merged
3.简要描述下无序的处理
4.N-H的处理,一般是从傅里叶图中找到然后适当限制的吧,具体看自己的结构

不懂的 ...

呵呵,谢谢。我还想请教一下,第二个问题是想让我将Friendel pairs Merged 吗?不是我自己处理的晶体,我要怎么描述无序呢?
4楼2012-04-06 18:39:55
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山石岩

金虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by lgzhu1964 at 2012-04-06 11:26:30:
1.摘要与评论部分所有二面角增加偏差值(用括号括起来);
2.在实验精修部分,你指出了Friedal对合并了,但事实上不是如此,请再检查并改正.
3.请在实验精修部分提供有关结构中无序的详细信息.即你这个结构中 ...

谢谢哦,我再请教一下,那个结构有一个苯环无序,具体要怎么描述呢?还有最后一个键长的限制之类的我应该在哪里看?
Ps:我是找人帮忙精修的晶体,所以基本上不懂。谢谢啊
5楼2012-04-06 18:43:01
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lgzhu1964

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 山石岩 at 2012-04-06 18:43:01:
谢谢哦,我再请教一下,那个结构有一个苯环无序,具体要怎么描述呢?还有最后一个键长的限制之类的我应该在哪里看?
Ps:我是找人帮忙精修的晶体,所以基本上不懂。谢谢啊

怎么修的怎么写,CIF中能看出来(主要写占有率是多少)键长限制看CIF也可看ins文件.
6楼2012-04-06 21:46:40
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vink

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
别折腾了,找人帮忙吧,有无序,你一会半会弄不明白的,何况都投稿了,哪里有那么多时间等。
7楼2012-04-07 10:01:00
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lgzhu1964

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
8楼: Originally posted by 山石岩 at 2012-04-08 11:14:52:
谢谢啦,但是要看那些数据才能看出来呢 ?

CIF中有如下数据:
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_calc_flag
_atom_site_refinement_flags
_atom_site_disorder_assembly
_atom_site_disorder_group

其中: _atom_site_occupancy,就是占有率.

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9楼2012-04-08 14:14:40
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