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平和必取

银虫 (正式写手)

[求助] 关于platon和cif文件

在用diamond画图时，经常涉及到氢键和pi-pi堆积等东西，但是在diamond里边一个一个地找氢键，实在是非常费事，有时候找一个数据的氢键得花一天的时间，还不见得能找对。请问大牛：
    能不能在cif文件里边写入氢键数据和pi-pi堆积的数据，然后直接在diamond中，就可以自动画出来氢键了？
    虽然金币只是一种心意，没有实际用途，但是我还是先拿出100个略表心意，要是哪位朋友能帮我解决这个问题，我将为您单独奉上100金币以表感谢！如果我的问题不够清晰的话，您可以站内信给我。谢谢！！
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1楼2013-03-24 20:51:08
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
updayday: 金币+1, 感谢您参与应助 2013-03-26 01:16:50
只要你对氢键的键长有了解，可以在diamond中通过设置成键距离来自动成键，然后再修改氢键的形式即可。还有就是不要将图绘得太大，能说明问题就行。
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What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
2楼2013-03-24 22:56:01
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)

不提供晶体解析服务

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
同意楼上的说法，画氢键基本上是在diamond里面限制键长，然后长一下，删除一些，说明问题就好。
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记忆像是掌心里的水，不论你摊开还是紧握，终究还是会从指缝中一滴一滴流淌干净。
3楼2013-03-24 23:52:18
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
平和必取: 金币+10, ★★★很有帮助, 请问能具体点儿吗，有没有相应的教程或者说明？有的话，麻烦您给一点儿。上面两位朋友的建议也很好，但是在diamond里操作，我会的，但是想尝试直接在cif文件里写入的新方法。 2013-03-25 16:28:35
首先可以在cif文件中写入氢键数据。具体方法是在lst文件中查到氢键列表和相应的对称操作，然后在最新的ins文件中通过加入EQIV和HTAB等2个命令把所有的氢键写出来，存好文件，再做refinement，这样新产生的cif文件就会被自动写入氢键数据。
例如，这2个命令的具体使用如下：
EQIV  $1  x  y-1 z
HTAB O1w O8_$1
........
这样列出在Lst文件中出现的所有的氢键。

在diamond中，你可以根据cif文件（或者Lst文件，或者生成的晶体数据表格的Word文件）中的氢键列表展示出的氢键最小和最大的距离和角度，进行手动设置这些参数。这样就可以画出来符合cif文件中氢键数据和数量的氢键出来了。
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老歪博
4楼2013-03-25 04:27:35
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gongwei924

金虫 (正式写手)

九五之尊

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以先用Hg软件检查氢键，量一下长度。然后到diamond里面直接设置距离就OK了
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5楼2013-03-25 17:07:04
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
updayday: 金币+1, 感谢您参与应助 2013-03-26 01:17:19
你在diamond里头会操作画出氢键就好，一般都是手动操作的。就我目前的理解，diamond似乎不会自动画出氢键，尽管你在cif文件里列出了氢键数据。你应该知道，在diamond里有一个create H bonds命令，一般是通过点击这个命令来产生氢键，如果让产生的氢键符合cif文件里的氢键数据要求，你需要进去进行具体的键长、键角设置才行。
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平和必取
老歪博
6楼2013-03-25 17:44:11
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平和必取

银虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by p452_1 at 2013-03-25 17:44:11
你在diamond里头会操作画出氢键就好，一般都是手动操作的。就我目前的理解，diamond似乎不会自动画出氢键，尽管你在cif文件里列出了氢键数据。你应该知道，在diamond里有一个create H bonds命令，一般是通过点击这个 ...

谢谢您！我开始想的就是能不能在cif文件里写入氢键，然后打开cif文件就可以自动生成相应的氢键了，看来是不行。
对了，再请教您两个问题：
1.请问能不能在diamond里批量操作氢键？比如说批量选择氢键进行颜色粗细的操作；能不能在diamond中固定地删除某几种对讨论结构没有多大意义的氢键，而剩下别的氢键。
2.在画氢键的时候，假如说两条链是通过3类氢键连接成二维结构的，那我们可以只画其中的一类，这样，更有利于图形的美观和直观。在这方面，请问有些什么注意事项呢？
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7楼2013-03-26 21:17:45
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 平和必取 at 2013-03-26 21:17:45
谢谢您！我开始想的就是能不能在cif文件里写入氢键，然后打开cif文件就可以自动生成相应的氢键了，看来是不行。
对了，再请教您两个问题：
1.请问能不能在diamond里批量操作氢键？比如说批量选择氢键进行颜色粗细 ...

下面只是讨论和陈诉我个人的经验和观点：
1，似乎在diamond里可以批量操作氢键。有可能不是你想象的那个样子，需要手选类似的氢键，然后同时进行颜色和粗细的操作。删除也是一样。
2，图形要求既要美观漂亮，更要表现事实真相。如果你在结构中只画其中的一类氢键，需要在图的标题中说明为了图形的更加清晰，其他2类氢键忽略了。
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老歪博
8楼2013-03-26 22:05:07
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