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tingting1204

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[求助] 怎么从cif文件中看出化合物有几个氢键

如题，因为本人不是专门搞晶体的，精修老师又没有给出氢键信息，所以条件有限，知识有限，只能求助各位虫友了，我现有软件仅仅是publcif，，我想知道怎么从cif文件中找到我究竟有几个氢键，谢谢虫友啦

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1楼 2012-05-27 17:53:42

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tingting1204

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lst文件中得到如下信息：
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O2-H2O       0.839 1.902 170.60 2.733 O2 [ y, x, -z ]

O2-H2O'       0.839 ** Short contact  1.166 Angstroms to H3O'  **
O2-H2O'       0.839 1.942 148.14 2.691 O3
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
1.0565  0.6834  0.0160  O..O3 2.691   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3O       0.834 1.878 166.85 2.697 O3 [ y+1, x-1, -z ]

O3-H3O'       0.835 ** Short contact  1.166 Angstroms to H2O'  **
O3-H3O'       0.835 1.975 143.23 2.691 O2

这是意味着有两个氢键么？

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2楼2012-05-27 17:57:25

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引用回帖:

2楼: Originally posted by tingting1204 at 2012-05-27 17:57:25
lst文件中得到如下信息：
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and  <DHA > 110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A) <DHA d(D..A) A

O2-H2O       0.839 1.90 ...

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H       H...A       D...A       <(DHA)

  0.839(10) 1.902(13) 2.733(3)    171(5)    O2-H2O...O2_$3
** No suitable H-bond found for O4...C8_$2 = 3.225(3) A **

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O2-H2O       0.839 1.902 170.60 2.733 O2 [ y, x, -z ]

O2-H2O'       0.839 ** Short contact  1.166 Angstroms to H3O'  **
O2-H2O'       0.839 1.942 148.14 2.691 O3
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
1.0565  0.6834  0.0160  O..O3 2.691   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3O       0.834 1.878 166.85 2.697 O3 [ y+1, x-1, -z ]

O3-H3O'       0.835 ** Short contact  1.166 Angstroms to H2O'  **
O3-H3O'       0.835 1.975 143.23 2.691 O2
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
1.1678  0.5790  0.0148  O..O2 2.691

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3楼2012-05-27 17:58:26

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