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tingting1204金虫 (正式写手)
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[求助]
怎么从cif文件中看出化合物有几个氢键
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| 如题，因为本人不是专门搞晶体的，精修老师又没有给出氢键信息，所以条件有限，知识有限，只能求助各位虫友了，我现有软件仅仅是publcif，，我想知道怎么从cif文件中找到我究竟有几个氢键，谢谢虫友啦 |
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tingting1204
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lst文件中得到如下信息： Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O2-H2O 0.839 1.902 170.60 2.733 O2 [ y, x, -z ] O2-H2O' 0.839 ** Short contact 1.166 Angstroms to H3O' ** O2-H2O' 0.839 1.942 148.14 2.691 O3 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O2: 1.0565 0.6834 0.0160 O..O3 2.691 O3-H3O 0.834 1.878 166.85 2.697 O3 [ y+1, x-1, -z ] O3-H3O' 0.835 ** Short contact 1.166 Angstroms to H2O' ** O3-H3O' 0.835 1.975 143.23 2.691 O2 这是意味着有两个氢键么？ |
2楼2012-05-27 17:57:25
tingting1204
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Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.839(10) 1.902(13) 2.733(3) 171(5) O2-H2O...O2_$3 ** No suitable H-bond found for O4...C8_$2 = 3.225(3) A ** Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O2-H2O 0.839 1.902 170.60 2.733 O2 [ y, x, -z ] O2-H2O' 0.839 ** Short contact 1.166 Angstroms to H3O' ** O2-H2O' 0.839 1.942 148.14 2.691 O3 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O2: 1.0565 0.6834 0.0160 O..O3 2.691 O3-H3O 0.834 1.878 166.85 2.697 O3 [ y+1, x-1, -z ] O3-H3O' 0.835 ** Short contact 1.166 Angstroms to H2O' ** O3-H3O' 0.835 1.975 143.23 2.691 O2 ------------------------------------------------------------------------------ Alternative approximate positions for H attached to O3: 1.1678 0.5790 0.0148 O..O2 2.691 |
3楼2012-05-27 17:58:26
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