24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1374  |  回复: 4

tingting1204

金虫 (正式写手)

[求助] 怎么从cif文件中看出化合物有几个氢键

如题,因为本人不是专门搞晶体的,精修老师又没有给出氢键信息,所以条件有限,知识有限,只能求助各位虫友了,我现有软件仅仅是publcif,,我想知道怎么从cif文件中找到我究竟有几个氢键,谢谢虫友啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingting1204

金虫 (正式写手)

lst文件中得到如下信息:
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O2-H2O         0.839    1.902   170.60    2.733    O2 [ y, x, -z ]

O2-H2O'        0.839 ** Short contact  1.166 Angstroms to H3O'  **
O2-H2O'        0.839    1.942   148.14    2.691    O3
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
   1.0565  0.6834  0.0160  O..O3   2.691   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3O         0.834    1.878   166.85    2.697    O3 [ y+1, x-1, -z ]

O3-H3O'        0.835 ** Short contact  1.166 Angstroms to H2O'  **
O3-H3O'        0.835    1.975   143.23    2.691    O2

这是意味着有两个氢键么?
2楼2012-05-27 17:57:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingting1204

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tingting1204 at 2012-05-27 17:57:25
lst文件中得到如下信息:
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and  <DHA > 110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   <DHA    d(D..A)   A

O2-H2O         0.839    1.90 ...

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

  0.839(10)    1.902(13)    2.733(3)     171(5)       O2-H2O...O2_$3
** No suitable H-bond found for O4...C8_$2 = 3.225(3) A **


Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O2-H2O         0.839    1.902   170.60    2.733    O2 [ y, x, -z ]

O2-H2O'        0.839 ** Short contact  1.166 Angstroms to H3O'  **
O2-H2O'        0.839    1.942   148.14    2.691    O3
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
   1.0565  0.6834  0.0160  O..O3   2.691   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3O         0.834    1.878   166.85    2.697    O3 [ y+1, x-1, -z ]

O3-H3O'        0.835 ** Short contact  1.166 Angstroms to H2O'  **
O3-H3O'        0.835    1.975   143.23    2.691    O2
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
   1.1678  0.5790  0.0148  O..O2   2.691  
3楼2012-05-27 17:58:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lijunjie84: 金币+1 2012-05-27 18:44:21
lijunjie84: , 感谢回帖交流! 2012-05-27 18:44:39
有不少氢键吧,只是没在CIF文件里用HTAB 进行具体的定义。
4楼2012-05-27 18:17:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

897614771

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lijunjie84: 金币+1 2012-05-27 18:44:50
lijunjie84: 专家考核 2012-05-27 18:45:03
lijunjie84: , 感谢提供建议! 2012-05-27 18:45:12
氢键好像好多加的都有问题啊,我记得cif里面不能看氢键的啊,lst里面有不就好了吗?用platon也行
5楼2012-05-27 18:29:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tingting1204 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +5 小刘同学吖吖 2026-04-06 5/250 2026-04-06 18:34 by sherry_1901
[考研] 一志愿211,0703化学305分求调剂 +4 严西西戏 2026-04-06 4/200 2026-04-06 18:10 by 猪会飞
[考研] 一志愿北京2,材料与化工308求调剂 +12 熊二想上岸 2026-04-04 13/650 2026-04-06 17:47 by lijunpoly
[考研] 求助 +3 卡卡东88 2026-04-06 4/200 2026-04-06 15:28 by going home
[考研] 085600,321分求调剂 +13 大馋小子 2026-04-04 14/700 2026-04-06 12:47 by barlinike
[考研] 324求调剂 +3 k可乐 2026-04-05 4/200 2026-04-06 09:54 by 蓝云思雨
[考研] 材料专硕322分 +10 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 21:22 by 学员8dgXkO
[考研] 282求调剂 +3 aaa车辆 2026-04-01 3/150 2026-04-05 17:03 by yulian1987
[考研] 一志愿华中农业大学0710(A)初试329分 求调剂 +4 一名26考研生 2026-04-04 4/200 2026-04-05 10:01 by barlinike
[考研] 一志愿电子科技大学085600材料与化工 329分求调剂 +10 Naiko 2026-04-04 10/500 2026-04-05 09:40 by sam3303
[考研] 342求调剂 +3 Liang7111 2026-04-04 5/250 2026-04-04 19:47 by dongzh2009
[考研] 336求调剂 +8 kiyy 2026-04-01 8/400 2026-04-03 19:41 by lijunpoly
[考研] 求调剂 +8 akdhjs 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by 戴维ING
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358 +4 cs0106 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:41 by 百灵童888
[考研] 071000生物学调剂 +8 知昭蔓 2026-04-02 8/400 2026-04-03 10:36 by macy2011
[考研] 316求调剂 +14 舟自梗 2026-04-01 18/900 2026-04-03 10:28 by linyelide
[考研] 一志愿华南师范大学-22408计算机-292分-求华南师范大学调剂 +4 爱读书的小鳄鱼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 18:35 by 求调剂zz
[考研] 学硕化学工程与技术,一志愿中国海洋大学320+求调剂 +8 披星河 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:12 by oooqiao
[考研] 296求调剂 +4 汪!?! 2026-03-31 7/350 2026-04-01 22:04 by 客尔美德
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:35 by wangjy2002
信息提示
请填处理意见