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tingting1204

金虫 (正式写手)

[求助] 怎么从cif文件中看出化合物有几个氢键

如题,因为本人不是专门搞晶体的,精修老师又没有给出氢键信息,所以条件有限,知识有限,只能求助各位虫友了,我现有软件仅仅是publcif,,我想知道怎么从cif文件中找到我究竟有几个氢键,谢谢虫友啦
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lijunjie84: 金币+1 2012-05-27 18:44:21
lijunjie84: , 感谢回帖交流! 2012-05-27 18:44:39
有不少氢键吧,只是没在CIF文件里用HTAB 进行具体的定义。
4楼2012-05-27 18:17:29
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查看全部 5 个回答

tingting1204

金虫 (正式写手)

lst文件中得到如下信息:
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O2-H2O         0.839    1.902   170.60    2.733    O2 [ y, x, -z ]

O2-H2O'        0.839 ** Short contact  1.166 Angstroms to H3O'  **
O2-H2O'        0.839    1.942   148.14    2.691    O3
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
   1.0565  0.6834  0.0160  O..O3   2.691   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3O         0.834    1.878   166.85    2.697    O3 [ y+1, x-1, -z ]

O3-H3O'        0.835 ** Short contact  1.166 Angstroms to H2O'  **
O3-H3O'        0.835    1.975   143.23    2.691    O2

这是意味着有两个氢键么?
2楼2012-05-27 17:57:25
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tingting1204

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by tingting1204 at 2012-05-27 17:57:25
lst文件中得到如下信息:
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and  <DHA > 110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   <DHA    d(D..A)   A

O2-H2O         0.839    1.90 ...

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

  0.839(10)    1.902(13)    2.733(3)     171(5)       O2-H2O...O2_$3
** No suitable H-bond found for O4...C8_$2 = 3.225(3) A **


Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
O2-H2O         0.839    1.902   170.60    2.733    O2 [ y, x, -z ]

O2-H2O'        0.839 ** Short contact  1.166 Angstroms to H3O'  **
O2-H2O'        0.839    1.942   148.14    2.691    O3
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
   1.0565  0.6834  0.0160  O..O3   2.691   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3O         0.834    1.878   166.85    2.697    O3 [ y+1, x-1, -z ]

O3-H3O'        0.835 ** Short contact  1.166 Angstroms to H2O'  **
O3-H3O'        0.835    1.975   143.23    2.691    O2
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
   1.1678  0.5790  0.0148  O..O2   2.691  
3楼2012-05-27 17:58:26
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897614771

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lijunjie84: 金币+1 2012-05-27 18:44:50
lijunjie84: 专家考核 2012-05-27 18:45:03
lijunjie84: , 感谢提供建议! 2012-05-27 18:45:12
氢键好像好多加的都有问题啊,我记得cif里面不能看氢键的啊,lst里面有不就好了吗?用platon也行
5楼2012-05-27 18:29:50
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