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chixl

金虫 (正式写手)

[求助] 请教一个A类错误 已有2人参与

我有一个晶体,基本结构解好,但是最后checkif时有两个A类错误
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H2A    ..  H22A    ..       1.47 Ang.  
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H4A    ..  H17A    ..       1.78 Ang.  
PLAT411 Type_2 Test for short non-bonding inter H..H contacts
Short intermolecular H..H contacts may indicate incorrectly determined
structures (i.e. wrong symmetry, missed translation symmetry, wrong position
with reference to the symmetry elements, hydrogen atoms on atoms where there
should not be any  etc..)
Short intermolecular contacts may be indicative for inconsistent symmetry
data (e.g. coordinates for space-group P43 and symmetry specified as P41 or
P21/n & P21/c confusions). Short contacts are defined using a van der Waals
radius of 1.2 Angstrom. For intermolecular contacts, an alert is generated
for contacts less than 2.4 Angstrom.
曾尝试理论加氢以及定Q加氢都未解决,在ins文件中dfix 0.97 0.01 C(?)  H(?)dfix 1.37 0.02 H(?)  H(?)也未解决,请教大家,这个问题该怎样解决?谢谢。
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nokian1985

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
HH距离太近,需要重新加氢
2楼2014-05-04 20:41:54
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
出错误的是c上的氢吗?应该理论加就可以了,这么近的距离应该不是无序造成的,是不是氢原子本身的问题啊?比如不应该出现这个H。
3楼2014-05-04 21:29:50
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chixl

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jackdeng at 2014-05-04 21:29:50
出错误的是c上的氢吗?应该理论加就可以了,这么近的距离应该不是无序造成的,是不是氢原子本身的问题啊?比如不应该出现这个H。

嗯,是C上的氢,都是六圆环上的氢,这个氢应该是存在的,尝试过理论加氢,还是存在这个问题啊
4楼2014-05-05 08:16:51
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chixl

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nokian1985 at 2014-05-04 20:41:54
HH距离太近,需要重新加氢

我尝试过理论加氢和定Q加氢都存在这个问题,需要再多长几个Q,再重新加吗?
5楼2014-05-05 08:18:05
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by chixl at 2014-05-05 08:18:05
我尝试过理论加氢和定Q加氢都存在这个问题,需要再多长几个Q,再重新加吗?...

如果是六圆环上的氢,那就应该看看是不是结构的问题了,C上的氢应该用理论加氢的方法。
6楼2014-05-05 08:30:54
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