24小时热门版块排行榜    

查看: 1108  |  回复: 5

chixl

金虫 (正式写手)

[求助] 请教一个A类错误 已有2人参与

我有一个晶体,基本结构解好,但是最后checkif时有两个A类错误
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H2A    ..  H22A    ..       1.47 Ang.  
PLAT411_ALERT_2_A Short Inter H...H Contact  H4A    ..  H17A    ..       1.78 Ang.  
PLAT411 Type_2 Test for short non-bonding inter H..H contacts
Short intermolecular H..H contacts may indicate incorrectly determined
structures (i.e. wrong symmetry, missed translation symmetry, wrong position
with reference to the symmetry elements, hydrogen atoms on atoms where there
should not be any  etc..)
Short intermolecular contacts may be indicative for inconsistent symmetry
data (e.g. coordinates for space-group P43 and symmetry specified as P41 or
P21/n & P21/c confusions). Short contacts are defined using a van der Waals
radius of 1.2 Angstrom. For intermolecular contacts, an alert is generated
for contacts less than 2.4 Angstrom.
曾尝试理论加氢以及定Q加氢都未解决,在ins文件中dfix 0.97 0.01 C(?)  H(?)dfix 1.37 0.02 H(?)  H(?)也未解决,请教大家,这个问题该怎样解决?谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nokian1985

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
HH距离太近,需要重新加氢
2楼2014-05-04 20:41:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
出错误的是c上的氢吗?应该理论加就可以了,这么近的距离应该不是无序造成的,是不是氢原子本身的问题啊?比如不应该出现这个H。
3楼2014-05-04 21:29:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chixl

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jackdeng at 2014-05-04 21:29:50
出错误的是c上的氢吗?应该理论加就可以了,这么近的距离应该不是无序造成的,是不是氢原子本身的问题啊?比如不应该出现这个H。

嗯,是C上的氢,都是六圆环上的氢,这个氢应该是存在的,尝试过理论加氢,还是存在这个问题啊
4楼2014-05-05 08:16:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chixl

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by nokian1985 at 2014-05-04 20:41:54
HH距离太近,需要重新加氢

我尝试过理论加氢和定Q加氢都存在这个问题,需要再多长几个Q,再重新加吗?
5楼2014-05-05 08:18:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by chixl at 2014-05-05 08:18:05
我尝试过理论加氢和定Q加氢都存在这个问题,需要再多长几个Q,再重新加吗?...

如果是六圆环上的氢,那就应该看看是不是结构的问题了,C上的氢应该用理论加氢的方法。
6楼2014-05-05 08:30:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chixl 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天放榜吗? +7 布布和一二 2026-08-19 7/350 2026-08-19 09:17 by 陈晨晨陈啊
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 不应该看fileCode +8 且听虎啸 2026-08-12 10/500 2026-08-19 08:03 by luw152
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +52 医学老男孩 2026-08-13 113/5650 2026-08-19 07:58 by 医学老男孩
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +4 Tide man 2026-08-12 5/250 2026-08-19 07:41 by 201120518022
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 27/1350 2026-08-18 21:44 by Noways
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 9/450 2026-08-18 20:09 by 奶牛小黑
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +8 基诺咪客 2026-08-17 11/550 2026-08-18 17:13 by 悠然熊猫
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
信息提示
请填处理意见