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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 势函数的构件
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yongning88

铜虫 (小有名气)

[求助] 势函数的构件 已有1人参与

我按照文献中的公式和参数计算了一下pair-potentiial, 算出的值和文献中给出的图一样（如图3所示），可为什么当 r 小于1.5 A 时，对势就很大（如图5所示），文献中没给出这部分的值，而LAMMPS中给出的势文件却是有个峰值的（如图4所示）。跪求大牛们的帮助。

势函数的构件
function.PNG


势函数的构件-1
parmeters.PNG


势函数的构件-2
pair_potential_in-paper.PNG


势函数的构件-3
pair_potential_for_LAMMPS.PNG


势函数的构件-4
pair_potenial_in_paper.PNG
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1楼 2014-04-29 09:51:37
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+10, 感谢指导！ 2014-05-16 20:11:55
引用回帖:
17楼: Originally posted by yongning88 at 2014-05-14 21:28:31
谢谢您的回复，其他的都明白了，可现在还是不明白的是，如果势函数不能取很大，也就是 r 的值不能太小，但构件势函数文件时，r得以零为起点，那对于这个部分的势函数值怎么得到？...

这个，我想，我已经说得比较清楚了。可是你好像还是不大清楚。现在我给你一个例子，比如说，我要对某种立方晶体拟合L-J势函数的参数： E=(A/r)^6-(B/r)^12，要拟合的就是A和B两个参数。我选择晶体的结合能Ec，晶胞体积V0， 体弹性模量B，以及弹性系数C11和C12等来做为拟合目标。拟合之后：
1）我获得了A和B的值。现在我的势函数就完整了。
2）现在我做E-r图。做为一个数学函数，r 可以从零取到无穷大，都有对应的E值。
3）但是对于我的模拟工作来说，r很小的时候，虽然有对应的E值，但这些值在模拟上是用不到的。r很大的时候，同样如此。
4）我发表这个势函数的曲线图的时候，我不需要从r=0开始画图，并且我要避免从r=0开始画图。因为r很小的时候，势能非常大，比如在30000以上，这样我就需要把纵坐标范围定得很大，这就把后面实际上有用的部分掩盖掉了，后面的E值的波动在图上就反映不出来了。
5）所以我画图的时候，要从某个r值开始画，这个时候，E值还是比较大，但是能够保证我后面的E值的波动可以清楚地显示。
6）这就是你看到的文献的图上，r不从零画的原因。

总结一下，
我没有说势函数不能取很大，我是说两点：
A) 作图的时候，如果把r 很小的时候的势函数曲线作出来，纵坐标范围就要定得很大，后面的E值的波动在图上就反映不出来了，而只有后面的E值才对于模拟是真正有用的。
B） r很小的时候，模拟上用不到，所以你根本不要去纠结r很小时候的势能的情况，你计算势函数值的时候，要把精力放在后面的部分。后面的部分和文献一致了，你就算对了，后面的部分和文献不一致，那么说明你和文献作者之间至少有一方出错了。但是前面的r很小的部分的一致性是不需要考虑的。
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18楼2014-05-15 08:25:12
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
你是如何用lammps得到图4和图5的？
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2楼2014-04-29 10:31:08
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2014-04-29 10:31:08
你是如何用lammps得到图4和图5的？

这个不是用LAMMPS得到的，是用MATLAB 算的，我是想自己构架那个可以在LAMMPS中用的势函数
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3楼2014-04-29 10:37:08
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fanarsenal

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-30 13:22:50
mark一下。
楼主的那张图跟文献一样？我觉得从这个尺度看哪有一样的，或者楼主标清楚一下图几。。。
最好把文献贴出来，帖子里面只放自己的图。
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4楼2014-04-30 09:37:56
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老虎大王

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-30 11:06:35
原子离得近，当然势能就很大了，但是原子不可能离那么近的。像你这么做图，把势函数的细节全部掩盖掉了。
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5楼2014-04-30 10:20:36
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-04-30 10:20:36
原子离得近，当然势能就很大了，但是原子不可能离那么近的。像你这么做图，把势函数的细节全部掩盖掉了。

不好意思这几天放假，没及时回复，那对于原子很近的情况是怎么处理的呢？
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6楼2014-05-03 19:02:45
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老虎大王

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-05-16 20:10:35
引用回帖:
6楼: Originally posted by yongning88 at 2014-05-03 19:02:45
不好意思这几天放假，没及时回复，那对于原子很近的情况是怎么处理的呢？...

原子离得很近的情况，比如r<1.0ang，那基本上是没有什么实际意义的，原子不会靠得这么近，如果你模拟中原子真要是靠得这么近，那一定是弄错了。这一部分的势函数不需要拟合，因为实际上用不到。只要在r 比较小的的时候势能足够大，能够阻止原子继续靠近就可以了。你忽略掉这一部分就行了，不必纠结。主要是看后面的是否一致。
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7楼2014-05-05 09:13:09
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-05-05 09:13:09
原子离得很近的情况，比如r<1.0ang，那基本上是没有什么实际意义的，原子不会靠得这么近，如果你模拟中原子真要是靠得这么近，那一定是弄错了。这一部分的势函数不需要拟合，因为实际上用不到。只要在r 比较小的 ...

谢谢您的解释，既然r很小是可以忽略不用拟合，那为什么在有些已有的势函数文件中，对势值是从零开始增长，直到出现峰值，他这有事怎么处理的呢？？
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8楼2014-05-05 09:42:33
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-05-16 20:11:11
引用回帖:
8楼: Originally posted by yongning88 at 2014-05-05 09:42:33
谢谢您的解释，既然r很小是可以忽略不用拟合，那为什么在有些已有的势函数文件中，对势值是从零开始增长，直到出现峰值，他这有事怎么处理的呢？？...

他既然提出了一个函数，这个函数的参数拟合出来之后，自然会有一个函数值随r变化的过程，r从零开始增长，不久出现峰值，这是这个函数的性质所决定的，是一个数学问题。而这个函数在r很小的时候的性质，是不影响它的使用的。一个势函数的可用性和势函数的好坏，不是看这个函数在r很小的时候的情况，而是看这个函数在原子最近邻距离的附近开始之后的情况，比如r＝1.0ang 或者1.5ang以后的情况。
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9楼2014-05-06 09:36:17
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-05-06 09:36:17
他既然提出了一个函数，这个函数的参数拟合出来之后，自然会有一个函数值随r变化的过程，r从零开始增长，不久出现峰值，这是这个函数的性质所决定的，是一个数学问题。而这个函数在r很小的时候的性质，是不影响它的 ...

对于我问题中给出的对势公式和拟合出来的参数值，我用MATLAB从r=0开始算了下，如图5所示，这个关于r的函数就没有峰值，也就是从无穷大趋向于零。如果我要用这个公式来建立一个势函数文件，需要从r=0，dr=0.0134A，截断半径取为6.68A，也就是500个对势值。选取r=0.67A时，对势值为910eV，这个为最小的原子间距，也就是最大的对势值，那对于r<0.67A的对势值怎么选取？
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10楼2014-05-06 11:14:56
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