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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 势函数的构件
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-16 20:11:27
引用回帖:
10楼: Originally posted by yongning88 at 2014-05-05 15:14:56
对于我问题中给出的对势公式和拟合出来的参数值，我用MATLAB从r=0开始算了下，如图5所示，这个关于r的函数就没有峰值，也就是从无穷大趋向于零。如果我要用这个公式来建立一个势函数文件，需要从r=0，dr=0.0134A， ...

貌似楼主的主要困惑是他得到的势能曲线在 r< 0.67 下与文献结果不一致。特别是，paper给出的曲线是无穷大，但LAMMPS得到的却是向下的。各位回答强调6<0.67A下没有意义，因为实际模拟当中原子间距不可能这么小，但是，仍然没有解决楼主的困惑。

我的意见是你的计算中肯定有哪个地方出错了，或者没有完全理解文献的意思。比如，你给出的图3和图5，势能最低点明显不一致。图5很可能只是用来作者用来示意势能函数中排斥部分的。如果加上吸引部分，总势能很有可能得到类似你图4的曲线，但我也不确信你的matlab计算是否完全follow了文献的公式。图2参数表给出的参数，有几个明显没有出现在图1的公式当中，你是否遗漏了什么？
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11楼2014-05-12 08:11:56
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-05-12 08:11:56
貌似楼主的主要困惑是他得到的势能曲线在 r< 0.67 下与文献结果不一致。特别是，paper给出的曲线是无穷大，但LAMMPS得到的却是向下的。各位回答强调6<0.67A下没有意义，因为实际模拟当中原子间距不可能这么小 ...

谢谢您的回答，我只列出了对势求解的公式，对于电子密度和嵌入式能的公式没有给出，这就是为什么有的参数在公式上没有出现，
matlab计算没有问题，我特意取了个值手算了一下，结果是一样的。
我把文献帖出来，希望您能给点意见

Structural stability and lattice defects in copper: Ab initio, tight-binding,
and embedded-atom calculations


PDF文件怎么上传？？？
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12楼2014-05-12 15:00:16
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by ChemiAndy at 2014-05-12 08:11:56
貌似楼主的主要困惑是他得到的势能曲线在 r< 0.67 下与文献结果不一致。特别是，paper给出的曲线是无穷大，但LAMMPS得到的却是向下的。各位回答强调6<0.67A下没有意义，因为实际模拟当中原子间距不可能这么小 ...

刚学习了下，上传成功。
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    • 2014-05-12 15:08:48, 253.61 K
13楼2014-05-12 15:09:19
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老虎大王

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 20:11:38
我的意思是你根本不要纠结r很小的地方的势函数的值。文献中的图就没有给出来r<2的地方的情况，所以你做图也要照着文献上一样的范围作图才能有比较。像你这么作图，r 很小的地方排斥势很强，势函数中有用的部分全部被掩盖掉了。
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14楼2014-05-14 08:32:43
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-05-14 08:32:43
我的意思是你根本不要纠结r很小的地方的势函数的值。文献中的图就没有给出来r<2的地方的情况，所以你做图也要照着文献上一样的范围作图才能有比较。像你这么作图，r 很小的地方排斥势很强，势函数中有用的部分全 ...

那我可不可以理解为    在构架势函数时，对势和电子密度中的r 的值是以 2 为起始点，然后逐渐增长到截断半径？
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15楼2014-05-14 09:06:35
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老虎大王

木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by yongning88 at 2014-05-14 09:06:35
那我可不可以理解为    在构架势函数时，对势和电子密度中的r 的值是以 2 为起始点，然后逐渐增长到截断半径？...

No No No，是不是以2为起始点我们不知道。光知道人家只显示了这以后的部分。你要比较的话，也只需要比较这以后的部分。
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16楼2014-05-14 09:12:59
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-05-14 09:12:59
No No No，是不是以2为起始点我们不知道。光知道人家只显示了这以后的部分。你要比较的话，也只需要比较这以后的部分。...

谢谢您的回复，其他的都明白了，可现在还是不明白的是，如果势函数不能取很大，也就是 r 的值不能太小，但构件势函数文件时，r得以零为起点，那对于这个部分的势函数值怎么得到？
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17楼2014-05-14 21:28:31
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+10, 感谢指导！ 2014-05-16 20:11:55
引用回帖:
17楼: Originally posted by yongning88 at 2014-05-14 21:28:31
谢谢您的回复，其他的都明白了，可现在还是不明白的是，如果势函数不能取很大，也就是 r 的值不能太小，但构件势函数文件时，r得以零为起点，那对于这个部分的势函数值怎么得到？...

这个，我想，我已经说得比较清楚了。可是你好像还是不大清楚。现在我给你一个例子，比如说，我要对某种立方晶体拟合L-J势函数的参数： E=(A/r)^6-(B/r)^12，要拟合的就是A和B两个参数。我选择晶体的结合能Ec，晶胞体积V0， 体弹性模量B，以及弹性系数C11和C12等来做为拟合目标。拟合之后：
1）我获得了A和B的值。现在我的势函数就完整了。
2）现在我做E-r图。做为一个数学函数，r 可以从零取到无穷大，都有对应的E值。
3）但是对于我的模拟工作来说，r很小的时候，虽然有对应的E值，但这些值在模拟上是用不到的。r很大的时候，同样如此。
4）我发表这个势函数的曲线图的时候，我不需要从r=0开始画图，并且我要避免从r=0开始画图。因为r很小的时候，势能非常大，比如在30000以上，这样我就需要把纵坐标范围定得很大，这就把后面实际上有用的部分掩盖掉了，后面的E值的波动在图上就反映不出来了。
5）所以我画图的时候，要从某个r值开始画，这个时候，E值还是比较大，但是能够保证我后面的E值的波动可以清楚地显示。
6）这就是你看到的文献的图上，r不从零画的原因。

总结一下，
我没有说势函数不能取很大，我是说两点：
A) 作图的时候，如果把r 很小的时候的势函数曲线作出来，纵坐标范围就要定得很大，后面的E值的波动在图上就反映不出来了，而只有后面的E值才对于模拟是真正有用的。
B） r很小的时候，模拟上用不到，所以你根本不要去纠结r很小时候的势能的情况，你计算势函数值的时候，要把精力放在后面的部分。后面的部分和文献一致了，你就算对了，后面的部分和文献不一致，那么说明你和文献作者之间至少有一方出错了。但是前面的r很小的部分的一致性是不需要考虑的。
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18楼2014-05-15 08:25:12
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老虎大王

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

至于Lammps的势函数数值文件要求r从零开始，那你完全可以按照势函数公式计算对应的能量值，那当然是没有问题的，但是r很小的时候你也可以不按势函数公式取值，对模拟结果不会有影响。
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19楼2014-05-15 08:29:00
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yongning88

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-05-15 08:29:00
至于Lammps的势函数数值文件要求r从零开始，那你完全可以按照势函数公式计算对应的能量值，那当然是没有问题的，但是r很小的时候你也可以不按势函数公式取值，对模拟结果不会有影响。

那您的意思是不是：人为随便的给出相应的值，只要不是很大就行了，反正对模拟结果也不会有影响。
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20楼2014-05-15 12:44:17
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