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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办
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金虫 (小有名气)

[求助] material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办

各位大神，我想用Materials Studio的Morphology模块来进行一下模拟，材料是一种金属和有机配体形成的无限配位聚合物，但是算的时候软件说不支持无限的体系，但是我看文献上确实有算成功的例子，该怎么处理呢？Morphology模块是不是只能算分子晶体这种有限的体系？第二个问题，在具体算的时候力场选择好了之后，是选择自动标记原子还是其他的？原子的电荷，之间的键是自动还是手动加上？非常感谢
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1楼 2014-04-27 22:26:15
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mylogo: 金币+5, ★有帮助 2014-04-28 08:05:47
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-04-28 18:39:17
growth morph和equi morph有很多限制，具体去查help，BFDH可以用

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-04-28 05:35:07
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 05:35:07
growth morph和equi morph有很多限制，具体去查help，BFDH可以用

BFDH是可以算，但是感觉误差有点大，所以想算一下equi morph，结果算不了，不知道该怎么办。谢谢！
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3楼2014-04-28 08:06:59
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
最好给出具体的提示错误的图。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-04-28 08:49:32
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
以及你研究的晶体的晶胞结构、参数。
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5楼2014-04-28 08:49:54
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
mylogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-28 09:04:52
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 专家考核, 感谢指导！ 2014-04-28 09:22:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by mylogo at 2014-04-28 08:06:59
BFDH是可以算，但是感觉误差有点大，所以想算一下equi morph，结果算不了，不知道该怎么办。谢谢！...

The growth morphology method cannot be applied to crystal structures containing an infinite network of bonded atoms. This is because the formation of surfaces in such systems involves breaking chemical bonds and bond breaking is not described by the available forcefields.

The equilibrium morphology method cannot be applied to crystal structures containing an infinite network of bonded atoms. This is because the formation of surfaces in such systems involves breaking chemical bonds and bond breaking is not described by the available forcefields.


以上是关于为什么你的结构不能计算的原因，简单说，晶胞内，无穷长分子链，例如聚乙烯晶胞，是不能用这两个方法计算的

两个解决办法
1、BFDH，BFDH会生成一个数据表，包含晶面间距d，这个d值与最终形貌有关，根据d值删除不可能成面的hkl，修正形貌，看是否与实际情况符合
2、除BFDH外的两种方法限制了无穷长链，既然如此，就把结构改成有限长度
定义一晶胞链长尾1单元，建立10单元长链，放入比10倍长度多点的晶胞内，末端封闭。不是无穷长链，就符合growth 、equilibrium的计算要求了
material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办
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6楼2014-04-28 08:53:08
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-28 08:49:32
最好给出具体的提示错误的图。

我这个晶体是最经典的MOF材料：HKUST（或者Cu3（BTC）2）（Science,1999,283,1148）。cif文件我一会想办法传上去
material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办-1
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7楼2014-04-28 09:02:54
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 08:53:08
The growth morphology method cannot be applied to crystal structures containing an infinite network of bonded atoms. This is because the formation of surfaces in such systems involves breaking chemi ...

第二种方法您能说的更详细一点吗？我当时也想说怎么样改成有限长度，但是没有成功。我当时把边上的键打开之后整个晶体内部的键也都打断了，就成一个一个分立的单元了，但是还是无限的。谢谢
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8楼2014-04-28 09:07:11
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mylogo at 2014-04-28 09:02:54
我这个晶体是最经典的MOF材料：HKUST（或者Cu3（BTC）2）（Science,1999,283,1148）。cif文件我一会想办法传上去

报错.png
...

cif文档传上来看看。
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9楼2014-04-28 09:07:35
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pigrass

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伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

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mylogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-28 09:14:22
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-04-28 09:22:11
引用回帖:
7楼: Originally posted by mylogo at 2014-04-28 09:02:54
我这个晶体是最经典的MOF材料：HKUST（或者Cu3（BTC）2）（Science,1999,283,1148）。cif文件我一会想办法传上去

报错.png
...

非要用growth 、equilibrium算那就按我第二个方法来

MOF材料 建立比5*5*5稍大的晶胞 把MOF结构放进去 所有方向封端
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10楼2014-04-28 09:09:04
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