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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办
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金虫 (小有名气)

[求助] material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办

各位大神，我想用Materials Studio的Morphology模块来进行一下模拟，材料是一种金属和有机配体形成的无限配位聚合物，但是算的时候软件说不支持无限的体系，但是我看文献上确实有算成功的例子，该怎么处理呢？Morphology模块是不是只能算分子晶体这种有限的体系？第二个问题，在具体算的时候力场选择好了之后，是选择自动标记原子还是其他的？原子的电荷，之间的键是自动还是手动加上？非常感谢
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1楼 2014-04-27 22:26:15
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金虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 05:35:07
growth morph和equi morph有很多限制，具体去查help，BFDH可以用

BFDH是可以算，但是感觉误差有点大，所以想算一下equi morph，结果算不了，不知道该怎么办。谢谢！
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3楼2014-04-28 08:06:59
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-28 08:49:32
最好给出具体的提示错误的图。

我这个晶体是最经典的MOF材料：HKUST（或者Cu3（BTC）2）（Science,1999,283,1148）。cif文件我一会想办法传上去
material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办
报错.png
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7楼2014-04-28 09:02:54
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金虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 08:53:08
The growth morphology method cannot be applied to crystal structures containing an infinite network of bonded atoms. This is because the formation of surfaces in such systems involves breaking chemi ...

第二种方法您能说的更详细一点吗？我当时也想说怎么样改成有限长度，但是没有成功。我当时把边上的键打开之后整个晶体内部的键也都打断了，就成一个一个分立的单元了，但是还是无限的。谢谢
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8楼2014-04-28 09:07:11
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金虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-28 09:07:35
cif文档传上来看看。...

我没找到怎么上传啊，稍等
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11楼2014-04-28 09:09:31
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-28 09:07:35
cif文档传上来看看。...

http://dl.vmall.com/c0m3dhg92l
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12楼2014-04-28 09:11:35
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 09:09:04
非要用growth 、equilibrium算那就按我第二个方法来

MOF材料 建立比5*5*5稍大的晶胞 把MOF结构放进去 所有方向封端...

嗯，先建立一个超胞，您能说一下具体怎么封端吗？非常感谢
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13楼2014-04-28 09:13:13
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 09:21:53
import eth0的晶胞【polymer——crystal】
make P1
build supercell 1*1*3
C轴方向上无穷重复，删除OAB面跨晶胞的化学键
rebuild crystal ，将C值改为60【原先为58，改62也没关系】
在之前删除化学键的地方补 ...

谢谢您！我先试试。有问题再找您问可以吗？非常感谢！
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17楼2014-04-28 09:27:45
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金虫 (小有名气)
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14楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-28 09:21:01
回复--回复框底部--高级回复--底部--迅雷上传--添加文件--必须点击“插入”--提交回复...

我上传到网盘了，谢谢斑竹
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18楼2014-04-28 09:28:24
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 09:09:04
非要用growth 、equilibrium算那就按我第二个方法来

MOF材料 建立比5*5*5稍大的晶胞 把MOF结构放进去 所有方向封端...

我今天试了试，封端还是搞不定啊。我那个是MOF材料，末端要加上羧基，跟高分子的加上H还不一样，5*5*5如果手动加羧基工作量很大啊，而且那么多分子看着就有密集恐惧症，有没有什么好的方法？而且我加羧基一直加不上去，不知道为什么。能具体指导一下吗？谢谢
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20楼2014-04-28 23:49:29
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