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金虫 (小有名气)

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[求助] material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办

各位大神，我想用Materials Studio的Morphology模块来进行一下模拟，材料是一种金属和有机配体形成的无限配位聚合物，但是算的时候软件说不支持无限的体系，但是我看文献上确实有算成功的例子，该怎么处理呢？Morphology模块是不是只能算分子晶体这种有限的体系？第二个问题，在具体算的时候力场选择好了之后，是选择自动标记原子还是其他的？原子的电荷，之间的键是自动还是手动加上？非常感谢

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@月只蓝

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1楼 2014-04-27 22:26:15

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pigrass

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伊卡斯特的小猪

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专业: 高分子材料结构与性能
管辖: 分子模拟

【答案】应助回帖

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mylogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-28 09:04:52
月只蓝: 金币+3, 应助指数+1, 专家考核, 感谢指导！ 2014-04-28 09:22:05

引用回帖:

3楼: Originally posted by mylogo at 2014-04-28 08:06:59
BFDH是可以算，但是感觉误差有点大，所以想算一下equi morph，结果算不了，不知道该怎么办。谢谢！...

The growth morphology method cannot be applied to crystal structures containing an infinite network of bonded atoms. This is because the formation of surfaces in such systems involves breaking chemical bonds and bond breaking is not described by the available forcefields.

The equilibrium morphology method cannot be applied to crystal structures containing an infinite network of bonded atoms. This is because the formation of surfaces in such systems involves breaking chemical bonds and bond breaking is not described by the available forcefields.

以上是关于为什么你的结构不能计算的原因，简单说，晶胞内，无穷长分子链，例如聚乙烯晶胞，是不能用这两个方法计算的

两个解决办法
1、BFDH，BFDH会生成一个数据表，包含晶面间距d，这个d值与最终形貌有关，根据d值删除不可能成面的hkl，修正形貌，看是否与实际情况符合
2、除BFDH外的两种方法限制了无穷长链，既然如此，就把结构改成有限长度
定义一晶胞链长尾1单元，建立10单元长链，放入比10倍长度多点的晶胞内，末端封闭。不是无穷长链，就符合growth 、equilibrium的计算要求了