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material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办
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| 各位大神，我想用Materials Studio的Morphology模块来进行一下模拟，材料是一种金属和有机配体形成的无限配位聚合物，但是算的时候软件说不支持无限的体系，但是我看文献上确实有算成功的例子，该怎么处理呢？Morphology模块是不是只能算分子晶体这种有限的体系？第二个问题，在具体算的时候力场选择好了之后，是选择自动标记原子还是其他的？原子的电荷，之间的键是自动还是手动加上？非常感谢 |
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2楼2014-04-28 05:35:07
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The growth morphology method cannot be applied to crystal structures containing an infinite network of bonded atoms. This is because the formation of surfaces in such systems involves breaking chemical bonds and bond breaking is not described by the available forcefields. The equilibrium morphology method cannot be applied to crystal structures containing an infinite network of bonded atoms. This is because the formation of surfaces in such systems involves breaking chemical bonds and bond breaking is not described by the available forcefields. 以上是关于为什么你的结构不能计算的原因，简单说，晶胞内，无穷长分子链，例如聚乙烯晶胞，是不能用这两个方法计算的 两个解决办法 1、BFDH，BFDH会生成一个数据表，包含晶面间距d，这个d值与最终形貌有关，根据d值删除不可能成面的hkl，修正形貌，看是否与实际情况符合 2、除BFDH外的两种方法限制了无穷长链，既然如此，就把结构改成有限长度 定义一晶胞链长尾1单元，建立10单元长链，放入比10倍长度多点的晶胞内，末端封闭。不是无穷长链，就符合growth 、equilibrium的计算要求了  |
6楼2014-04-28 08:53:08
pigrass
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import eth0的晶胞【polymer——crystal】 make P1 build supercell 1*1*3 C轴方向上无穷重复，删除OAB面跨晶胞的化学键 rebuild crystal ，将C值改为60【原先为58，改62也没关系】 在之前删除化学键的地方补足所需的原子，缺H就自动生成H，缺其他的自己画 最后优化一下 其他的A、B轴方向封端也是类似操作 |
15楼2014-04-28 09:21:53
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22楼2014-04-29 06:33:47
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