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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-28 09:07:35
cif文档传上来看看。...

我没找到怎么上传啊，稍等
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11楼2014-04-28 09:09:31
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-28 09:07:35
cif文档传上来看看。...

http://dl.vmall.com/c0m3dhg92l
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12楼2014-04-28 09:11:35
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 09:09:04
非要用growth 、equilibrium算那就按我第二个方法来

MOF材料 建立比5*5*5稍大的晶胞 把MOF结构放进去 所有方向封端...

嗯，先建立一个超胞，您能说一下具体怎么封端吗？非常感谢
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13楼2014-04-28 09:13:13
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
11楼: Originally posted by mylogo at 2014-04-28 09:09:31
我没找到怎么上传啊，稍等...

回复--回复框底部--高级回复--底部--迅雷上传--添加文件--必须点击“插入”--提交回复
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
14楼2014-04-28 09:21:01
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
mylogo: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2014-04-28 09:27:12
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-04-28 10:12:31
引用回帖:
13楼: Originally posted by mylogo at 2014-04-28 09:13:13
嗯，先建立一个超胞，您能说一下具体怎么封端吗？非常感谢...

import eth0的晶胞【polymer——crystal】
make P1
build supercell 1*1*3
C轴方向上无穷重复，删除OAB面跨晶胞的化学键
rebuild crystal ，将C值改为60【原先为58，改62也没关系】
在之前删除化学键的地方补足所需的原子，缺H就自动生成H，缺其他的自己画
最后优化一下

其他的A、B轴方向封端也是类似操作
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
15楼2014-04-28 09:21:53
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
10楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 09:09:04
非要用growth 、equilibrium算那就按我第二个方法来

MOF材料 建立比5*5*5稍大的晶胞 把MOF结构放进去 所有方向封端...

这是我做的效果 时间关系只是简单的H封端

material studio的morphology模块进行分析，不支持无限配位聚合物怎么办
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
16楼2014-04-28 09:25:29
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 09:21:53
import eth0的晶胞【polymer——crystal】
make P1
build supercell 1*1*3
C轴方向上无穷重复，删除OAB面跨晶胞的化学键
rebuild crystal ，将C值改为60【原先为58，改62也没关系】
在之前删除化学键的地方补 ...

谢谢您！我先试试。有问题再找您问可以吗？非常感谢！
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17楼2014-04-28 09:27:45
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-28 09:21:01
回复--回复框底部--高级回复--底部--迅雷上传--添加文件--必须点击“插入”--提交回复...

我上传到网盘了，谢谢斑竹
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18楼2014-04-28 09:28:24
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
17楼: Originally posted by mylogo at 2014-04-28 09:27:45
谢谢您！我先试试。有问题再找您问可以吗？非常感谢！...

可以@我 有时间我会看的
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
19楼2014-04-28 10:39:29
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 09:09:04
非要用growth 、equilibrium算那就按我第二个方法来

MOF材料 建立比5*5*5稍大的晶胞 把MOF结构放进去 所有方向封端...

我今天试了试，封端还是搞不定啊。我那个是MOF材料，末端要加上羧基，跟高分子的加上H还不一样，5*5*5如果手动加羧基工作量很大啊，而且那么多分子看着就有密集恐惧症，有没有什么好的方法？而且我加羧基一直加不上去，不知道为什么。能具体指导一下吗？谢谢
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20楼2014-04-28 23:49:29
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