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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求助--Openmpi-1.8集群编译问题
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板桥霜

木虫 (正式写手)
引用回帖:
30楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-28 11:33:02
看来还是环境变量的问题，没有找到这个文件。

你是以找找：
# updatedb
# locate  libsvml.so...

您好，我执行了以上操作，可以找到该文件：
#updatedb
#locate libsvml.so
/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/ia32/libsvml.so
我已经把该路径添加到LD_LIBRARY_PATH中了。。。。
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31楼2014-04-28 11:45:25
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
31楼: Originally posted by 板桥霜 at 2014-04-28 11:45:25
您好，我执行了以上操作，可以找到该文件：
#updatedb
#locate libsvml.so
/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/ia32/libsvml.so
我已经把该路径添加到LD_LIBRARY_PATH中了。。。。...

source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/composerxe/mkl/bin/mklvars.sh intel64 lp64
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32楼2014-04-28 11:49:10
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
板桥霜: 金币+10, ★★★★★最佳答案, thanks 2014-08-28 09:42:09
source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/composerxe/mkl/bin/mklvars.sh intel64 lp64

这只是例子，按照你的路劲来
加入.bashrc
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33楼2014-04-28 11:49:48
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bluesxn

银虫 (正式写手)
检查一下环境变量，尤其是计算节点的PATH。
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34楼2014-04-29 13:57:44
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tony611

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

一个是共享目录的问题，还有一个，你有ssh通吗
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自强不自，厚德载物
35楼2014-09-01 13:34:54
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板桥霜

木虫 (正式写手)
问题解决了，感谢各位老大，现在并行到12核，但是到14核就出现问题了，估计是系统或者mpi，或者vasp哪儿有限制核数。。。。。。。
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36楼2014-10-09 11:16:16
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板桥霜

木虫 (正式写手)
历尽千辛万苦，并行测试48个原子的体系，优化截断能算到350就完蛋了，古董就是古董，哎。。。。。。。命苦。。。。。。。。筹钱买服务器去。
ENCUT=150 ev
running on   12 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   12 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found type information on POSCAR  O  Ti
POSCAR found :  2 types and      48 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.125860090062E+04    0.12586E+04   -0.54010E+04 24288   0.597E+02
DAV:   2    -0.322243701208E+03   -0.15808E+04   -0.15271E+04 29808   0.242E+02
算的超级慢，根本不像12核工作啊。是不是我的系统还有问题？大侠继续帮忙指导下啊，谢谢！
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37楼2014-10-13 11:39:41
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板桥霜

木虫 (正式写手)
各节点上top结果显示CPU均100%工作，内存则4%左右，正常吗啊？是并行运算还是每个节点都算一边啊？
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38楼2014-10-13 11:41:17
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