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板桥霜木虫 (正式写手)
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[求助]
求助--Openmpi-1.8集群编译问题 已有2人参与
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各位大侠，本人纯属菜鸟，最近出于好奇，爱好，兴趣。。。。。搞了几台台古董，想自己搭建集群，怎奈基础不牢，从开始到现在快两个周了，还没有成功，废话不多说，上问题，忘各位不吝赐教。 硬件环境：1台浪潮服务器：2个CPU，两核，Intel Xeon 2.4GHz. 2台并行机，1个CPU，Pentium D 3.4GHz，1000M交换机。 软件：redhat linux 6.2，Intel l_fcompcxe_2013_sp1.2.144 & l_ccompcxe_3013_sp1.2.144, Openmpi-1.8，目标是并行编译安装vasp5.2，实现并行运算。 目前进行到单机并行编译VASP，运算没有问题，但是无法实现集群并行运算。我感觉问题出现在Openmpi上，经过我自己的测试，编译Openmpi用以下指令： ./configure --prefix=/usr/local/openmpi-1.8 FC=/opt/intel/bin/ifort CC=/opt/intel/bin/icc CXX=/opt/intel/bin/cipc make make install 后测试运行hello_c 结果： hello, world, I am 0 of 2,..... hello, world, I am 1 of 2,.... 如果修改openmpi-default-hostfile添加各节点； LAB-P1 slots=1 LAB-P2 slots=2 运行测试 mpirun hello_c 得到结果如下： bash: orted: command not found bash: orted: command not found 请问各位大侠，是我的openmpi 没有编译对吗？如果是，问题出在哪？我该怎么做？如果不是又该怎么处理呢？ 谢谢！ |
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板桥霜
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历尽千辛万苦，并行测试48个原子的体系，优化截断能算到350就完蛋了，古董就是古董，哎。。。。。。。命苦。。。。。。。。筹钱买服务器去。 ENCUT=150 ev running on 12 nodes distr: one band on 1 nodes, 12 groups vasp.5.2.12 26May11 complex POSCAR found type information on POSCAR O Ti POSCAR found : 2 types and 48 ions LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup FFT: planning ...( 1 ) WAVECAR not read entering main loop N E dE d eps ncg rms rms(c) DAV: 1 0.125860090062E+04 0.12586E+04 -0.54010E+04 24288 0.597E+02 DAV: 2 -0.322243701208E+03 -0.15808E+04 -0.15271E+04 29808 0.242E+02 算的超级慢，根本不像12核工作啊。是不是我的系统还有问题？大侠继续帮忙指导下啊，谢谢！ |
37楼2014-10-13 11:39:41
mywai520
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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问一句，你的两台机器做了共享NFS服务否，还有吉他相关集群设置问题。可以参考一下我以前做搭建做的一些笔记: http://vasp1860.blog.edu.cn/home ... g&id=159741 |
2楼2014-04-27 20:48:58
板桥霜
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3楼2014-04-27 21:49:37
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4楼2014-04-27 21:55:20
