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板桥霜

木虫 (正式写手)

[求助] 求助--Openmpi-1.8集群编译问题 已有2人参与

各位大侠,本人纯属菜鸟,最近出于好奇,爱好,兴趣。。。。。搞了几台台古董,想自己搭建集群,怎奈基础不牢,从开始到现在快两个周了,还没有成功,废话不多说,上问题,忘各位不吝赐教。
硬件环境:1台浪潮服务器:2个CPU,两核,Intel Xeon 2.4GHz. 2台并行机,1个CPU,Pentium D 3.4GHz,1000M交换机。
软件:redhat linux 6.2,Intel l_fcompcxe_2013_sp1.2.144 & l_ccompcxe_3013_sp1.2.144, Openmpi-1.8,目标是并行编译安装vasp5.2,实现并行运算。
目前进行到单机并行编译VASP,运算没有问题,但是无法实现集群并行运算。我感觉问题出现在Openmpi上,经过我自己的测试,编译Openmpi用以下指令:
./configure --prefix=/usr/local/openmpi-1.8 FC=/opt/intel/bin/ifort CC=/opt/intel/bin/icc CXX=/opt/intel/bin/cipc
make
make install
后测试运行hello_c
结果:
hello, world, I am 0 of 2,.....
hello, world, I am 1 of 2,....
如果修改openmpi-default-hostfile添加各节点;
LAB-P1 slots=1
LAB-P2 slots=2
运行测试
mpirun hello_c
得到结果如下:
bash: orted: command not found
bash: orted: command not found
请问各位大侠,是我的openmpi 没有编译对吗?如果是,问题出在哪?我该怎么做?如果不是又该怎么处理呢?
谢谢!
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板桥霜

木虫 (正式写手)

引用回帖:
30楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-28 11:33:02
看来还是环境变量的问题,没有找到这个文件。

你是以找找:
# updatedb
# locate  libsvml.so...

您好,我执行了以上操作,可以找到该文件:
#updatedb
#locate libsvml.so
/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/compiler/lib/ia32/libsvml.so
我已经把该路径添加到LD_LIBRARY_PATH中了。。。。
31楼2014-04-28 11:45:25
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
问一句,你的两台机器做了共享NFS服务否,还有吉他相关集群设置问题。可以参考一下我以前做搭建做的一些笔记:
http://vasp1860.blog.edu.cn/home ... g&id=159741
2楼2014-04-27 20:48:58
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板桥霜

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-27 20:48:58
问一句,你的两台机器做了共享NFS服务否,还有吉他相关集群设置问题。可以参考一下我以前做搭建做的一些笔记:
http://vasp1860.blog.edu.cn/home.php?mod=space&uid=1556291&do=blog&id=159741...

作了共享了,我先学习下

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-04-27 21:49:37
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板桥霜

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-27 20:48:58
问一句,你的两台机器做了共享NFS服务否,还有吉他相关集群设置问题。可以参考一下我以前做搭建做的一些笔记:
http://vasp1860.blog.edu.cn/home.php?mod=space&uid=1556291&do=blog&id=159741...

大侠,你是用的mpi﹉

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-04-27 21:55:20
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