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ririgay

木虫 (小有名气)

[求助] gaussian求助 计算后出现新的键以及生成FCHK文件后出现新的键 已有1人参与

求助，有时候计算金属离子与配体络合之后会在金属离子与配体间出现新的键，看起来就像是金属离子直接连在配体分子上一样
还有就是计算后的结果OUT文件没有问题，生成的FCHK文件却出现了金属与配体相连的键，请问这是什么原因？
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仲尼厄而作春秋
1楼 2014-04-22 09:28:45
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youyno

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2014-04-22 17:20:10
这种情况很正常，我也出现过在out文件里面通过高斯view显示有键的，到了fch文件里面用高斯view打开又消失了！
其实成键与否单纯的通过高斯view观察就能得出确切的结论吗？
   肯定不是啊！我们两个人的情况说明，高斯view对于out文件和fch文件的成键定义不相同或者有其他原因，从而显示出这种情况，关键是转换成fch文件后，体系的结构参数肯定是没有变化的，所以对于你接下来的分析应该完全没有影响！也就是说高斯view显示的成键与否对于你判断其真正的成键作用并不具有绝对的指导作用，需通过其他手段加以佐证或批判。
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平生多磨砺，男儿自横行！
2楼2014-04-22 09:45:28
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ririgay

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by youyno at 2014-04-22 09:45:28
这种情况很正常，我也出现过在out文件里面通过高斯view显示有键的，到了fch文件里面用高斯view打开又消失了！
其实成键与否单纯的通过高斯view观察就能得出确切的结论吗？
   肯定不是啊！我们两个人的情况说明， ...

你好！谢谢回帖！
请问可以有办法避免出现这样的情吗？
特别是FCHK文件里面，如果需要查看可视化的话，这些键无疑会有很大的干扰，如果能避免出现理论上不可能的键的出现，那就很好了
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仲尼厄而作春秋
3楼2014-04-22 10:57:00
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youyno

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by ririgay at 2014-04-22 10:57:00
你好！谢谢回帖！
请问可以有办法避免出现这样的情吗？
特别是FCHK文件里面，如果需要查看可视化的话，这些键无疑会有很大的干扰，如果能避免出现理论上不可能的键的出现，那就很好了...

这个我没有试过，可以用其他软件进行可视化，或者得到图像后自己通过画图软件人工消除。可能在高斯view的设置文件中有关于成键判定的标准，更改一下。（没有尝试过）给你上传一个高斯view的手册，你自己尝试着学习一下，我看了一下手册的24页Rebonding Structures部分好像是你需要的，我还没试，共同学习吧！可能版内有高手会这些处理。睡午觉了！下午再说
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  • 附件 1 : gv5ref.pdf
    • 2014-04-22 12:35:38, 36.12 M
平生多磨砺，男儿自横行！
4楼2014-04-22 12:38:43
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